Practical Protein Bioinformatics

این کتاب بیش از 60 ابزار محاسباتی قابل دسترسی به وب برای تجزیه و تحلیل پروتئین را توصیف می کند و کاملاً کاربردی است، با توضیحات مفصل در مورد نحوه استفاده از این ابزارها و تفسیر نتایج آنها و حداقل اشاره به مبانی نظری آنها (فقط زمانی که چنین باشد. برای استفاده بهتر از آنها لازم است). طیف وسیعی از ابزارها برای برخورد با جنبه‌های مختلف پروتئین‌ها، از توالی‌های آن‌ها، تا ساختارهای سه‌بعدی‌شان، و شبکه‌های بیولوژیکی که در آن غوطه‌ور هستند را پوشش می‌دهد. انتخاب ابزارها بر اساس تجربه نویسندگانی است که رهبری مرکز بیوانفورماتیک پروتئین در یک مرکز تحقیقاتی بزرگ، با محدودیت اضافی که ابزارها باید از طریق مرورگرهای وب استاندارد بدون نیاز به نصب محلی نرم‌افزار خاص، ابزارهای خط فرمان و غیره قابل دسترسی باشند.

ابزارهای تحت پوشش وب شامل مواردی با هدف بازیابی اطلاعات پروتئین، جستجوی پروتئین‌های مشابه، ایجاد هم‌ترازی‌های جفتی و چندگانه توالی‌های پروتئینی، کار با حوزه‌ها و موتیف‌های پروتئینی، مطالعه فیلوژنی یک خانواده از پروتئین‌ها، بازیابی، دستکاری و تجسم پروتئین سه‌بعدی است. ساختارها، پیش‌بینی ویژگی‌های ساختاری پروتئین و همچنین ساختارهای سه‌بعدی کامل، استخراج اطلاعات بیولوژیکی از ساختارهای پروتئینی، خلاصه کردن مجموعه‌های پروتئینی بزرگ، مطالعه برهم‌کنش پروتئین و شبکه‌های متابولیک و غیره.

این کتاب به یک پویا مرتبط است. وب‌سایتی که تغییرات در آدرس‌های وب ابزارها، به‌روزرسانی‌های این ابزارها، و غیره را منعکس می‌کند. همچنین حاوی کدهای QR است که می‌توان آن‌ها را با هر دستگاهی اسکن کرد تا مرورگر آن را به وب‌سایت ابزار هدایت کند.

این تک نگاری برای محققان در آزمایشگاه های تجربی بدون دانش خاصی در مورد بیوانفورماتیک یا محاسبات بسیار ارزشمند خواهد بود.

This book describes more than 60 web-accessible computational tools for protein analysis and is totally practical, with detailed explanations on how to use these tools and interpret their results and minimal mentions to their theoretical basis (only when that is required for making a better use of them). It covers a wide range of tools for dealing with different aspects of proteins, from their sequences, to their three-dimensional structures, and the biological networks they are immersed in. The selection of tools is based on the experience of the authors that lead a protein bioinformatics facility in a large research centre, with the additional constraint that the tools should be accessible through standard web browsers without requiring the local installation of specific software, command-line tools, etc.

The web tools covered include those aimed to retrieve protein information, look for similar proteins, generate pair-wise and multiple sequence alignments of protein sequences, work with protein domains and motifs, study the phylogeny of a family of proteins, retrieve, manipulate and visualize protein three-dimensional structures, predict protein structural features as well as whole three-dimensional structures, extract biological information from protein structures, summarize large protein sets, study protein interaction and metabolic networks, etc.

The book is associated to a dynamic web site that will reflect changes in the web addresses of the tools, updates of these, etc. It also contains QR codes that can be scanned with any device to direct its browser to the tool web site.

This monograph will be most valuable for researchers in experimental labs without specific knowledge on bioinformatics or computing.