Plant Functional Genomics: Methods and Protocols

این جلد ویرایش دومدرباره توسعه انقلابی فناوری‌های توالی‌یابی DNA سریع‌تر و کم‌هزینه‌تر در 10 سال گذشته بحث می‌کند و بر فناوری‌های عمومی تمرکز دارد که می‌توانند توسط طیف وسیعی از زیست‌شناسان گیاهی مورد استفاده قرار گیرند. برای پاسخگویی به سوالات خاص در سیستم های مدل مورد علاقه خود. این کتاب در پنج بخش تنظیم شده است. بخش اول ابزارها و روش‌های مورد نیاز برای شناسایی تغییرات اپی ژنتیکی و ساختاری در سطح کل ژنوم را بررسی می‌کند. بخش دوم رویکردهایی را ارائه می‌کند که برای تعیین جنبه‌های کلیدی عملکرد یک ژن، مانند تکنیک‌های مورد استفاده برای شناسایی و توصیف شبکه‌های تنظیم‌کننده ژن استفاده می‌شوند. این با بحث در مورد ابزارهای مورد استفاده برای تجزیه و تحلیل سطوح mRNA، نرخ ترجمه mRNA و متابولیت ها دنبال می شود. بخش سوم مجموعه ای از رویکردهای ژنتیکی رو به جلو و معکوس را شامل می شود که شامل اجرای اخیر توالی یابی با توان بالا در روش های کلاسیک مانند نقشه برداری QTL است. دو بخش پایانی به بررسی استراتژی‌هایی برای تسهیل و تسریع تولید و آزمایش عناصر DNA عملکردی و ابزارهای محاسباتی اساسی مورد استفاده برای تسهیل استفاده از زیست‌شناسی سیستم‌ها می‌پردازد که طیف وسیعی از محققان گیاهی به آن نزدیک شده‌اند. این فصل‌ها که با فرمت بسیار موفق مجموعه روش‌های زیست‌شناسی مولکولی نوشته شده‌اند، شامل مقدمه‌ای بر موضوعات مربوطه، فهرستی از مواد و معرف‌های لازم، پروتکل‌های آزمایشگاهی گام به گام و به آسانی قابل تکرار و نکات کلیدی در مورد عیب‌یابی است. و اجتناب از دام های شناخته شده.

عملی و به موقع، ژنومیکس عملکردی گیاهی: روش ها و پروتکل ها، ویرایش دوم آخرین پیشرفت ها در فناوری های توالی یابی DNA را برجسته می کند که احتمالاً به شکل گیری ادامه می دهند. آینده ژنومیک عملکردی.

This second edition volumediscusses the revolutionary development of faster and less expensive DNA sequencing technologies from the past 10 years and focuses on general technologies that can be utilized by a wide array of plant biologists to address specific questions in their favorite model systems. This book is organized into five parts. Part I examines the tools and methods required for identifying epigenetic and conformational changes at the whole-genome level. Part II presents approaches used to determine key aspects of a gene’s function, such as techniques used to identify and characterize gene regulatory networks. This is followed by a discussion of tools used to analyze the levels of mRNA, mRNA translation rates and metabolites. Part III features a compilation of forward and reverse genetic approaches that include recent implementation of high-throughput sequencing in classical methodologies such as QTL mapping. The final two parts explore strategies to facilitate and accelerate the generation and testing of functional DNA elements and basic computational tools used to facilitate the use of systems biology approached by a broad spectrum of plant researchers. Written in the highly successful Methods of Molecular Biology series format, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols and key tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.

Practical and timely, Plant Functional Genomics: Methods and Protocols, Second Edition highlights the latest developments in DNA sequencing technologies that are likely to continue shaping the future of functional genomics.