دسترسی نامحدود
برای کاربرانی که ثبت نام کرده اند
برای ارتباط با ما می توانید از طریق شماره موبایل زیر از طریق تماس و پیامک با ما در ارتباط باشید
در صورت عدم پاسخ گویی از طریق پیامک با پشتیبان در ارتباط باشید
برای کاربرانی که ثبت نام کرده اند
درصورت عدم همخوانی توضیحات با کتاب
از ساعت 7 صبح تا 10 شب
دسته بندی: ریاضیات کاربردی ویرایش: 1 نویسندگان: Mike Steel سری: CBMS-NSF regional conference series in applied mathematics #89 ISBN (شابک) : 2016019513, 9781611974478 ناشر: SIAM سال نشر: 2016 تعداد صفحات: 308 زبان: English فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) حجم فایل: 7 مگابایت
در صورت تبدیل فایل کتاب Phylogeny: Discrete and Random Processes in Evolution به فرمت های PDF، EPUB، AZW3، MOBI و یا DJVU می توانید به پشتیبان اطلاع دهید تا فایل مورد نظر را تبدیل نمایند.
توجه داشته باشید کتاب فیلوژنی: فرآیندهای گسسته و تصادفی در تکامل نسخه زبان اصلی می باشد و کتاب ترجمه شده به فارسی نمی باشد. وبسایت اینترنشنال لایبرری ارائه دهنده کتاب های زبان اصلی می باشد و هیچ گونه کتاب ترجمه شده یا نوشته شده به فارسی را ارائه نمی دهد.
Preface ix Acknowledgments xi Commonly Used Symbols xiii 1 Phylogeny 1 1.1 What is phylogenetics? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.2 Preliminaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.3 Phylogenetic trees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 2 Basic combinatorics of discrete phylogenies 15 2.1 Counting trees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 2.2 Rooted trees as nested sets of clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 2.3 Refinement, compatibility, and encoding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 2.4 Unrooted trees as systems of splits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 2.5 Tree rearrangement metrics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 2.6 Consensus functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 3 Tree shape and random discrete phylogenies 41 3.1 Tree shapes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 3.2 The shape of evolving trees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 3.3 Measuring and modeling tree shape . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 3.4 Cherries and extended Pólya urn models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 4 Pulling trees apart and putting trees together 63 4.1 Restriction and display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 4.2 When is a collection of trees compatible? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 4.3 Sets of trees that “define” and “identify” a phylogeny . . . . . . . . . . . 72 4.4 Agreement subtrees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 4.5 Phylogenetic decisiveness and terraces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 5 Phylogenies based on discrete characters 87 5.1 Characters, homoplasy, and perfect phylogeny . . . . . . . . . . . . . . . 87 5.2 Minimal evolution (maximum parsimony (MP)) . . . . . . . . . . . . . . 100 5.3 Minimal evolution trees for a sequence of characters . . . . . . . . . . . 107 6 Continuous phylogenies and distance-based tree reconstruction 111 6.1 Metrics from trees with edge lengths. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 6.2 Distance-based tree reconstruction methods . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 6.3 Generalizations and geometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129 6.4 Phylogenetic diversity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 7 Evolution on a tree: Part one 147 7.1 Nonhomogeneous Markov chains . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148 7.2 From Markov chains to processes on trees . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153 7.3 Classes and properties of models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157 7.4 The Hadamard story . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 7.5 Phylogenetic mixture models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171 8 Evolution on a tree: Part two 177 8.1 Preliminaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177 8.2 Phylogeny reconstruction methods and properties . . . . . . . . . . . . 180 8.3 Algebraic analysis of Markov models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191 8.4 The infinite-state random cluster model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197 8.5 Additional topics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203 9 Evolution of trees 205 9.1 Yule pure-birth trees: The simplest model . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206 9.2 Birth-death models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211 9.3 Gene trees and species trees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224 10 Introduction to phylogenetic networks 237 10.1 To tree or not to tree: Why networks? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237 10.2 Implicit (unrooted) networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238 10.3 Explicit (directed) networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245 10.4 Trees displayed by networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253 10.5 Reconstructing networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261 10.6 Additional topics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267 Bibliography 269 Index 291