Genomics, Proteomics and Vaccines

Figure 1......Page 19
Figure 3......Page 21
Figure 5......Page 22
Figure 7......Page 23
Figure 8......Page 24
Figure 9......Page 25
Figure 10......Page 26
1.1&X;Introduction......Page 28
1.2&X;Vaccination: the past......Page 29
1.3&X;Vaccination: the present......Page 31
1.3.1&Y;Conjugate vaccines......Page 32
1.3.2&Y;Recombinant DNA technology for subunit vaccines......Page 35
1.4.1&Y;‘Reverse vaccinology’......Page 37
1.4.2&Y;Improved delivery: mucosal vaccines......Page 38
1.5&X;Conclusion: the intangible value of vaccination......Page 39
mkr4......Page 40
mkr18......Page 41
mkr32......Page 42
mkr47......Page 43
mkr58......Page 44
2.1&X;Introduction......Page 48
2.2&X;From genome sequence to vaccine discovery......Page 50
Figure 1......Page 51
2.3&X;A case study: the anti-meningococcus B vaccine......Page 53
2.3.2&Y;The transcriptome analy?sis approach......Page 54
Table 1......Page 55
Figure 3......Page 58
Table 2......Page 59
Figure 2......Page 60
Figure 4......Page 61
2.5&X;Conclusions: a ‘nomics’ approach to vaccine discovery......Page 62
Figure 5......Page 64
mkr11......Page 65
mkr21......Page 66
3.1&X;Introduction......Page 68
3.2.1&Y;Library construction and template preparation......Page 69
Figure 1......Page 70
Figure 2......Page 72
3.2.2&Y;High-throughput sequencing......Page 73
Figure 3......Page 78
Equation 3......Page 79
3.2.4&Y;Genome finishing......Page 80
3.2.6&Y;Novel sequencing technologies......Page 82
3.3.1&Y;Annotation pipeline......Page 83
3.3.2&Y;Comparative genomics......Page 84
3.3.4&Y;Identification of vaccine candidates......Page 86
mkr2......Page 88
mkr17......Page 89
mkr31......Page 90
mkr44......Page 91
mkr48......Page 92
4.1&X;Introduction......Page 97
4.2.1&Y;&BI;In situ&N; synthesized oligonucleotide arrays......Page 98
4.2.3&Y;Filter-based DNA arrays......Page 99
Figure 1......Page 100
4.3&X;Data analy?sis meth?ods......Page 101
4.3.1&Y;Robust estimation of standard deviation with a small num?ber of replicates......Page 102
4.3.2&Y;Estimation of global false posi?tive levels......Page 103
Figure 3......Page 105
4.4.1&Y;Data sets......Page 106
Figure 4......Page 107
Figure 5......Page 108
4.4.2&Y;Data analy?sis......Page 109
4.4.4&Y;Correlations by pairs of experiments......Page 110
Table 1......Page 111
Table 2......Page 112
Table 3......Page 113
Table 4......Page 114
4.4.6&Y;Correlations be?tween GeneChip data processed with Affymetrix MAS 4.0, MAS 5.0 or dChip software......Page 115
Table 5......Page 117
Table 6......Page 118
Table 7......Page 119
mkr10......Page 122
mkr12......Page 123
5.1&X;Introduction......Page 124
Figure 1......Page 125
5.2&X;Some definitions......Page 126
5.3&X;What meth?ods exist to tackle the proteome complexity?......Page 128
5.3.1 Standard 2D map analy?sis......Page 129
5.4&X;Quantitative proteomics......Page 133
Figure 2......Page 134
Figure 3......Page 136
Figure 4......Page 137
5.5&X;Pre-fractionation in proteome analy?sis......Page 138
Figure 5......Page 139
Figure 6......Page 141
Figure 7......Page 143
5.7&X;Protein chip arrays......Page 144
Figure 8......Page 145
Figure 9......Page 146
5.8&X;Imaging mass spectrometry......Page 147
Figure 10......Page 148
mkr16......Page 149
mkr30......Page 150
mkr44......Page 151
mkr103......Page 155
6.1&X;Introduction......Page 156
6.2.1&Y;Ionization......Page 157
Figure 1......Page 158
Figure 2......Page 159
6.2.2&Y;Ion analy?sis......Page 160
Figure 3......Page 161
Figure 4......Page 162
Figure 5......Page 163
Figure 6......Page 165
6.2.3&Y;Tandem MS, MS/MS......Page 166
6.2.4&Y;Instrumentation......Page 167
6.3.1&Y;PMF and MS/MS......Page 168
Figure 7......Page 170
Figure 8......Page 172
Figure 9......Page 173
6.4&X;Proteomics workflows......Page 176
6.4.1&Y;The classical gel-based approach......Page 177
Figure 10......Page 178
6.4.2&Y;The molecular scanner approach......Page 179
Figure 11......Page 180
6.4.3&Y;The MuDPIT approach......Page 181
Figure 12......Page 182
6.4.4&Y;The ICAT approach......Page 183
Figure 13......Page 184
6.4.5&Y;The SELDI profiling approach......Page 185
mkr11......Page 186
mkr28......Page 187
mkr39......Page 188
7.1&X;Introduction......Page 191
7.2&X;Gene cloning......Page 192
7.3&X;Protein ex?pres?sion......Page 194
Figure 1......Page 195
Figure 2......Page 197
7.5&X;Validation of the pipeline and outlook......Page 198
Table 1......Page 199
mkr10......Page 200
mkr24......Page 201
mkr36......Page 202
8.1.1&Y;Microbiological features and pathogenesis......Page 204
Figure 1......Page 205
Figure 2......Page 206
8.1.2&Y;Prevention: state of the art on Neisseria vaccines......Page 207
8.2&X;Group B meningococcus as an example of reverse vaccinology......Page 209
8.2.2&Y;Experimental strategy......Page 210
Figure 3......Page 211
Figure 4......Page 212
8.2.3&Y;Functional characterization of novel candidates......Page 214
Figure 5......Page 216
8.3&X;Conclusions......Page 219
mkr17......Page 220
mkr35......Page 221
mkr54......Page 222
9.1&X;Introduction......Page 224
9.2&X;Comparative genomics of streptococci......Page 225
Figure 1......Page 226
9.3.1&Y;Rationale......Page 227
Figure 2......Page 228
9.3.3&Y;High-throughput cloning and ex?pres?sion......Page 229
Figure 3......Page 230
9.3.5&Y;Confirmation of protection......Page 231
Table 1......Page 232
9.3.6&Y;Strain variation in antigen sequences......Page 233
9.4&X;A vaccine against group A streptococcus......Page 234
9.5&X;Conclusions......Page 237
mkr1......Page 238
mkr13......Page 239
mkr26......Page 240
mkr27......Page 241
10.1&X;Introduction......Page 242
Table 1......Page 245
9.2&X;Small DNA insert libraries......Page 246
Figure 1......Page 248
10.3&X;Proper display platforms......Page 249
10.4&X;Selected human sera provide imprints of pathogen encounters......Page 250
Figure 2......Page 252
10.5&X;Cognate anti?bodies reveal the ‘antigenome’ of a pathogen......Page 253
9.6&X;How to retrieve the candidate antigens......Page 254
10.7&X;Summary and dis?cus?sion......Page 256
mkr1......Page 258
mkr16......Page 259
mkr31......Page 260
mkr43......Page 261
mkr50......Page 262
11.1&X;Old problems and new per?spec?tives for chlamydial vaccines......Page 263
11.2&X;Post-genomic ap?proaches......Page 268
11.3.1&Y;&BI;C. pneumoniae&N; vaccine candidates......Page 269
Figure 1......Page 270
Figure 2......Page 271
11.3.2&Y;&BI;C. trachomatis&N; vaccine candidates......Page 274
11.3.3&Y;&BI;In vivo&N; evaluations......Page 278
11.4&X;Concluding considerations......Page 280
mkr14......Page 281
mkr35......Page 282
mkr50......Page 283
mkr57......Page 284
12.1&X;Introduction......Page 285
12.2.1&Y;EBs proteins......Page 287
Figure 1......Page 289
12.2.2&Y;Comparison of EBs proteomes from dif?fer?ent serovars......Page 290
12.2.4&Y;IFN-......Page 291
12.2.5&Y;Induction of &BI;C. trachomatis&N; tryptophan synthase by IFN-......Page 292
12.2.6&Y;Protein compartmentalization......Page 293
12.2.7&Y;RB-specific proteins......Page 294
Figure 2......Page 295
12.3.2&Y;Small unrecognized ORFs......Page 296
12.4&X;Benefits that proteomics provide for vaccine develop?ment......Page 297
mkr8......Page 298
mkr20......Page 299
mkr34......Page 300
mkr44......Page 301
13.1&X;Introduction......Page 302
11.2&X;Membrane proteins in......Page 303
13.2.1&Y;Proteomics of &BI;P. aeruginosa&N; outer membrane proteins......Page 305
Figure 1......Page 306
Figure 2......Page 307
13.3&X;Extracellular proteins in......Page 309
13.3.1&Y;Proteomics of &BI;P. aeruginosa&N; extracellular proteins......Page 310
Figure 3......Page 312
Figure 4......Page 313
Figure 5......Page 314
13.5&X;Conclusions......Page 315
mkr12......Page 316
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