The Ubiquitin Code

این جلد به جزئیات جدید و رویکردهای رایج برای رمزگشایی کد یوبیکوئیتین می‌پردازد. فصل‌ها خوانندگان را از طریق پیچیدگی زنجیره یوبی‌کوئیتین، روش‌هایی برای تولید یوبی‌کوئیتین-NEDD8 غیرقابل هیدرولیز، روشی کاملاً مصنوعی برای سنتز خطی رودامین LC3A و LC3B با برچسب فلورسنت، یک HECT با واسطه لیگاز ubiquitylation یک غربالگری مبتنی بر RNAi برای شناسایی DUBها، یک آزمایش فعالیت Yuh1 ، یک کششی برای جداسازی زنجیره K48 و K63 با استفاده از نانوبادی های خاص ، شناسایی پروتئین NeDDylated مبتنی بر NEDD8 ^R74K جهش، in vivo شناسایی پروتئین‌های NEDDylated از بیماری‌های کبدی ، روش UbL-ID برای شناسایی یوبیکوئیتین‌مانند پروتئین‌های اصلاح‌شده، سیستم جذب LC3/GABARAP، و روش‌هایی برای جداسازی پپتیدهایی که ارتباط نزدیکی با پروتئازوم‌ها دارند یا در داخل ذرات هسته پروتئازوم‌ها در سلول‌های یوکاریوتی به دام افتاده‌اند. این فصل‌ها با فرمت موفق روش‌ها در زیست‌شناسی مولکولی  نوشته شده‌اند و شامل مقدمه‌ای بر موضوعات مربوطه، فهرستی از مواد و معرف‌های لازم، پروتکل‌های گام به گام و به راحتی قابل تکرار است. و یادداشت هایی در مورد عیب یابی و اجتناب از دام های شناخته شده.

معتبر و پیشرفته،  کد Ubiquitin در نظر دارد راهنمای کاربردی مفیدی برای تحقیقات باشد تا به مطالعه آنها در این زمینه کمک کند.

This volume details novel and popular approaches to decipher the Ubiquitin Code. Chapters guide readers through ubiquitin chain complexity, methods to generate non-hydrolysable ubiquitin-NEDD8, a fully synthetic method for the linear synthesis of fluorescently labelled rhodamine LC3A and LC3B, a HECT ligase-mediated ubiquitylation in vitro, a RNAi-based screening to identify DUBs, a Yuh1 activity assay, a pull-down to isolate K48 and K63 chains using specific nanobodies, identification of NeDDylated protein based in a NEDD8^R74K mutant, in vivo identification of NEDDylated proteins from liver diseases, UbL-ID method to identify ubiquitin-like modified proteins, a LC3/GABARAP capturing system, and methods to isolate peptides that are closely associated with proteasomes or trapped inside the core particle of proteasomes in eukaryotic cells, among others. Written in the successful Methods in Molecular Biology series format, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible protocols, and notes on troubleshooting and avoiding known pitfalls.

Authoritative and cutting-edge, The Ubiquitin Code aims to to be a useful practical guide to researches to help further their study in this field.