The Spruce Genome

این کتاب اطلاعات جامعی در مورد ژنومیک صنوبرها (Picea spp.)، گونه‌های درختان مخروطی طبیعی فراوان که به طور گسترده در نیمکره شمالی پراکنده هستند، ارائه می‌دهد. با توجه به اهمیت اکولوژیکی و اقتصادی فوق العاده آنها، مدیریت منابع ژنتیکی جنگل عمدتاً بر حفظ و اصلاح درختان متمرکز شده است.

پیش نویس توالی ژنومی از ژنوم صنوبر نروژ 20 گیگا باز در مجله Nature در سال 2013 منتشر شد. تلاش های مستمر برای بهبود مجموعه ژنوم صنوبر در حال انجام است، اما با مانع مواجه می شوند. ویژگی‌های ذاتی ژنوم‌های مخروطی‌ها: مقادیر بالای توالی‌های تکراری (اینترون‌ها و عناصر قابل انتقال) در ژنوم و گسترش خانواده ژنی بزرگ با توجه به استرس غیرزیستی، متابولیسم ثانویه و پاسخ‌های دفاعی صنوبر به پاتوژن‌ها و گیاه‌خواری.

این کتاب آخرین اطلاعات را در مورد وضعیت مجموعه‌های ژنوم ارائه می‌کند، بینش‌های دقیقی را در مورد عناصر قابل انتقال و الگوهای متیلاسیون ارائه می‌کند و منابع ژنومی گسترده‌ای را که برای استنتاج ژنومیک جمعیت و سازگاری آب و هوا و همچنین ژنومیک در حال ظهور در دسترس است، برجسته می‌کند. ابزارهایی برای برنامه های بهبود درخت علاوه بر این، این جلد شامل مقایسه‌های کل ژنوم در میان گونه‌های مخروطی است و نشان می‌دهد که چگونه ژنومیک عملکردی می‌تواند برای بهبود حاشیه‌نویسی عملکرد ژن استفاده شود. این کتاب با نگاهی به زمینه های تحقیقاتی نوظهور در ژنومیک صنوبر پایان می یابد.

This book offers comprehensive information on the genomics of spruces (Picea spp.), naturally abundant conifer tree species that are widely distributed in the Northern Hemisphere. Due to their tremendous ecological and economic importance, the management of forest genetic resources has chiefly focused on conservation and tree improvement.

A draft genome sequence of the 20-gigabase Norway spruce genome was published in the journal Nature in 2013. Continuous efforts to improve the spruce genome assembly are underway, but are hindered by the inherent characteristics of conifer genomes: high amounts of repetitive sequences (introns and transposable elements) in the genome and large gene family expansions with regards to abiotic stress, secondary metabolism and spruces' defense responses to pathogens and herbivory.

This book presents the latest information on the status of genome assemblies, provides detailed insights into transposable elements and methylation patterns, and highlights the extensive genomic resources available for inferring population genomics and climate adaptation, as well as emerging genomics tools for tree improvement programs. In addition, this volume features whole-genome comparisons among conifer species, and demonstrates how functional genomics can be used to improve gene function annotations. The book closes with an outlook on emerging fields of research in spruce genomics.