Sequence Data Analysis Guidebook

کامپیوترها انقلابی در تجزیه و تحلیل توالی داده ها ایجاد کرده اند. بعید است که در چند سال اخیر هیچ پروژه توالی یابی بدون کمک رایانه انجام شده باشد. اخیراً نقش آنها یک گام بزرگتر به جلو برداشته است. رایانه‌ها کوچک‌تر و قدرتمندتر شده‌اند و با پیشرفت نرم‌افزار، استفاده از آن ساده‌تر شده است. این کتاب منعکس کننده این تغییر است زیرا اکثر بسته های توضیح داده شده در اینجا برای استفاده در رایانه های رومیزی طراحی شده اند. نرم افزار رایانه ای اکنون در دسترس است که می تواند ژل ها را اجرا کند، داده ها را جمع آوری کند و دقت آن را ارزیابی کند. این می تواند چندین قطعه را جمع آوری، تراز یا مقایسه کند، تجزیه و تحلیل محدود انجام دهد، مناطق کدگذاری و موتیف های خاص را شناسایی کند، و حتی آغازگرهای مورد نیاز برای گسترش توالی را طراحی کند. بسیاری از این نرم افزار اکنون ممکن است در رایانه های نسبتاً ارزان استفاده شوند. اکنون می‌توان از جداسازی d DNA به ارسال پایگاه داده بدون نوشتن یک پایه پیش رفت. برای انعکاس این پیشرفت، فصل‌های کتاب راهنمای تحلیل داده‌های دنباله‌ای ما نه بر اساس بسته نرم‌افزاری، بلکه بر اساس داستان مرتب شده‌اند. فصل های اولیه به بررسی داده های تولید شده توسط توالی گیرهای خودکار مودم، ارزیابی کیفیت آن و حذف داده های اضافی می پردازد. فصل‌های زیر فرآیند هم‌تراز کردن توالی‌های متعدد را به منظور جمع‌آوری قطعات همپوشانی در مجموعه‌های دنباله برای مقایسه توالی‌های مشابه از منابع مختلف توضیح می‌دهند. فصل‌های بعدی روش‌هایی را برای مقایسه توالی تازه مشتق‌شده با مقادیر انبوه اطلاعات در پایگاه‌های اطلاعاتی توالی توصیف می‌کنند.

Computers have revolutionized the analysis of sequencing data. It is unlikely that any sequencing projects have been performed in the last few years without the aid of computers. Recently their role has taken a further major step forward. Computers have become smaller and more powerful and the software has become simpler to use as it has grown in sophistication. This book reflects that change since the majority of packages described here are designed to be used on desktop computers. Computer software is now available that can run gels, collect data, and assess its accuracy. It can assemble, align, or compare multiple fragments, perform restriction analyses, identify coding regions and specific motifs, and even design the primers needed to extend the sequencing. Much of this soft­ ware may now be used on relatively inexpensive computers. It is now possible to progress from isolate d DNA to database submission without writing a single base down. To reflect this progression, the chapters in our Sequence Data Analysis Guidebook are arranged, not by software package, but by fimction. The early chapters deal with examining the data produced by modem automated sequenc­ ers, assessing its quality, and removing extraneous data. The following chap­ ters describe the process of aligning multiple sequences in order to assemble overlapping fragments into sequence contigs to compare similar sequences from different sources. Subsequent chapters describe procedures for compar­ ing the newly derived sequence to the massive amounts of information in the sequence databases.