Sequence Comparison: Theory and Methods

مقایسه توالی بیومولکولی منشأ بیوانفورماتیک است. امروزه، روش‌های قدرتمند مقایسه توالی، همراه با پایگاه‌های اطلاعاتی بیولوژیکی جامع، عمل زیست‌شناسی مولکولی و ژنومیک را تغییر داده‌اند.

این مطالعه عمیق و پیشرفته در مورد هم‌ترازی توالی و جستجوی همسانی، طیف کامل این زمینه را پوشش می دهد - از روش های هم ترازی گرفته تا تئوری ماتریس های امتیازدهی و آمار نمره تراز. پس از مقدمه‌ای جامع، این متن/مرجع مفید بر روی الگوریتم‌ها و تکنیک‌ها تمرکز می‌کند و همچنین نظریه را مورد بحث قرار می‌دهد. این متن آسان برای دنبال کردن، روش‌ها و تکنیک‌های هم‌ترازی را بررسی می‌کند، یک مسئله جدید از مقایسه توالی (تکنیک بذر فاصله دار)، به چندین استراتژی انعطاف‌پذیر جدید برای مقابله با طرح‌های امتیازدهی مختلف می‌پردازد، و تئوری در مورد اهمیت بالا را پوشش می‌دهد. به ثمر رساندن جفت های بخش بین دو دنباله ناهمترازی. ضمیمه های مفیدی برای مفاهیم پایه در زیست شناسی مولکولی، پرایمر در آمار و نرم افزار برای تراز توالی ارائه شده است. این کتاب برای خوانندگانی نوشته شده است که دانش کمی از زیست‌شناسی، الگوریتم‌ها و احتمالات دارند.

ویژگی‌ها:

• متنی دقیق و در عین حال خواننده پسند در مورد تکنیک‌های الگوریتمی و مبانی ریاضی ارائه می‌کند. جستجوی همترازی دنباله و همسانی

• آموزشی برای کمک به تمام سطوح خوانندگان ارائه می‌دهد

• الگوریتم‌ها و روش‌های اساسی برای هم‌ترازی دنباله را پوشش می‌دهد

• معرفی محبوب برنامه های جستجوی همسانی

• خوانندگان را با هم ترازی چند توالی آشنا می کند

• با آمار کارلین-آلتشول نمرات تراز بهینه محلی سروکار دارد

• ماتریس های جایگزینی را مورد بحث قرار می دهد. P>

• یادداشت‌های کتابشناختی پایان فصل و پیشنهادات خواندن بیشتر را ارائه می‌کند که کار مرتبط و پیشرفت‌های اخیر را گزارش می‌کند

بر اساس سخنرانی‌هایی که برای دانش‌آموزانی که در رشته بیوانفورماتیک و ریاضیات مطالعه می‌کنند، ارائه می‌کند. مطالعه هنری تراز توالی و جستجوی همسانی یک منبع و ابزار ایده آل برای دانشجویان کارشناسی است و برای زیست شناسانی که مایلند بدانند چگونه از ابزارهای جستجوی همسانی هوشمندتر استفاده کنند، جذاب خواهد بود.

Biomolecular sequence comparison is the origin of bioinformatics. Today, powerful sequence comparison methods, together with comprehensive biological databases, have changed the practice of molecular biology and genomics.

This in-depth, state-of-the-art study of sequence alignment and homology search, covers the full spectrum of the field - from alignment methods to the theory of scoring matrices and alignment score statistics. Following a comprehensive introduction, this useful text/reference focuses on algorithms and techniques, as well as discusses the theory. This easy-to-follow text examines alignment methods and techniques, features a new issue of sequence comparison (the spaced-seed technique), addresses several new flexible strategies for coping with various scoring schemes, and covers the theory on the significance of high-scoring segment pairs between two unalignment sequences. Useful appendices are provided for basic concepts in molecular biology, primer in statistics and software for sequence alignment. The book is written for readers with little or no knowledge of biology, algorithms and probability.

Features:

• Presents a rigorous yet reader-friendly text on the algorithmic techniques and mathematical foundations of sequence alignment and homology search

• Offers a tutorial to aid all levels of readers

• Covers the basic algorithms and methods for sequence alignment

• Introduces popular homology search programs

• Familiarizes readers with multiple sequence alignment

• Deals with the Karlin-Altschul statistics of optimal local alignment scores

• Discusses substitution matrices

• Provides end-of-chapter bibliographic notes and further reading suggestions that report related work and recent progresses

Based on lectures given to students studying bioinformatics and mathematics, this state-of-the-art study of sequence alignment and homology search is an ideal resource and toolkit for undergraduates and will appeal to biologists who wish to know how to use homology search tools more intelligently.