Protein Families: Relating Protein Sequence, Structure, and Function

ویرایش: 1 
نویسندگان: Christine Orengo,  Alex Bateman,  Vladimir Uversky  
سری:  
ISBN (شابک) : 9780470624227, 0470624221 
ناشر: Wiley 
سال نشر: 2013 
تعداد صفحات: 567 
زبان: English 
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 12 مگابایت 

قیمت کتاب (تومان) : 72,000



بینش های جدید در مورد تکامل و ماهیت پروتئین ها

این کتاب با کاوش چندین رویکرد متمایز، روش هایی را برای مقایسه توالی های پروتئین و ساختارهای پروتئینی به منظور شناسایی روابط همولوگ و طبقه بندی پروتئین ها و حوزه های پروتئینی به تکاملی شرح می دهد. خانواده ها. خوانندگان ویژگی های مشترک و همچنین تفاوت های کلیدی فلسفی زیربنای سیستم های اصلی طبقه بندی پروتئین، از جمله Pfam، Panther، SCOP و CATH را کشف خواهند کرد. علاوه بر این، آنها کشف خواهند کرد که چگونه می توان از این سیستم ها برای درک تکامل خانواده های پروتئینی و همچنین درک و پیش بینی درجه اشتراک اطلاعات ساختاری و عملکردی بین بستگان یک خانواده پروتئینی استفاده کرد.

ویرایش و تألیف متخصصان برجسته بین المللی، خانواده های پروتئین بینش های جدیدی را در مورد خانواده های پروتئینی که برای تحقیقات پزشکی مهم هستند و همچنین خانواده های پروتئینی ارائه می دهد که به ما در درک سیستم های بیولوژیکی و فرآیندهای بیولوژیکی کلیدی مانند سلول کمک می کند. سیگنالینگ و پاسخ ایمنی این کتاب به سه بخش تقسیم می‌شود:

• بخش اول: مفاهیم زیربنایی طبقه‌بندی خانواده پروتئین استراتژی‌های اصلی برای شناسایی پروتئین‌های همولوگ و طبقه‌بندی آنها به خانواده‌ها را بررسی می‌کند.
• بخش دوم: بررسی‌های عمیق خانواده‌های پروتئینی بر برخی از خانواده‌های فوق‌پروتئینی شگفت‌انگیز تمرکز می‌کند که برای آنها مقادیر قابل‌توجهی از داده‌های توالی، ساختاری و عملکردی در اختیار داریم، که امکان ردیابی پیدایش اقوام مختلف از نظر عملکردی را ممکن می‌سازد.
• بخش سوم: بررسی خانواده‌های پروتئینی در سیستم‌های مهم زیستی خانواده‌های پروتئینی مرتبط با یک موضوع بیولوژیکی خاص، مانند اسکلت سلولی را بررسی می‌کند.

همه فصل ها به طور گسترده نشان داده شده اند، از جمله تصاویری از روابط تکاملی. مراجع در پایان هر فصل خوانندگان را به مقالات پژوهشی و بررسی های اصلی در این زمینه راهنمایی می کند.

این کتاب که سیستم‌های طبقه‌بندی خانواده پروتئین‌ها را در کنار توضیحات مفصلی از خانواده‌های پروتئینی منتخب پوشش می‌دهد، به بیوشیمی‌دانان، زیست‌شناسان مولکولی، دانشمندان پروتئین، زیست‌شناسان ساختاری، و بیوانفورماتیکان بینش جدیدی در مورد تکامل و ماهیت پروتئین‌ها ارائه می‌دهد. محتوا:
فصل 1 خودکار رویکردهای مبتنی بر توالی برای شناسایی خانواده‌های دامنه (صفحه‌های 1-24): لیزا هولم و آندریاس هگر
فصل 2 طبقه‌بندی توالی خانواده‌های پروتئین: Pfam و سایر منابع (صفحات 25-36): الکس بیتمن
طبقه‌بندی فصل 3 پروتئین ها در خانواده های ساختار دامنه (صفحه های 37-68): آلیسون کاف، الکسی مورزین و کریستین اورنگو
فصل 4 حاشیه نویسی ساختاری ژنوم ها با سوپرخانواده و G3D (صفحه های 69-97): جولیان گوف، کورین ییتس و کریستین اورنگو
>فصل 5 پایگاه های داده فیلوژنومیک و پیش بینی ارتولوژی (صفحات 99-124): کیمن سولاندر
فصل 6 ابرخانواده بتا پروانه شش پره شش پره (N6P) حمله هسته ای (صفحات 125-158): مایکل ای. هیکس، آلن E. Barber and Patricia C. Babbitt
فصل 7 تنوع عملکردی ابرخانواده HUP Domain (صفحات 159-189): Benoit H. Dessailly و Christine Orengo
فصل 8 دامنه اتصال NAD و دهیدروژناز با زنجیره کوتاه/ سوپرخانواده ردوکتاز (SDR) (صفحات 191-206): نیکلاس فورنهام، جما ال. هالیدی و جانت ام. تورنتون
فصل 9 خانواده گلوبین (صفحات 207-235): آرتور ام. لسک و جولیت تی.جی. Lecomte
فصل 10 سازگاری عملکردی و پلاستیسیته در حوزه‌های پروتئین اسکلت سلولی: درس‌هایی از مدل گلبول قرمز (صفحه‌های 237-284): آنتونی جی. بینز
فصل 11 توزیع غیرمعمول گونه‌ها و انتقال افقی 85–31 Pept : نیل دی. رالینگ
فصل 12 استنتاج تکامل پروتئین حمل و نقل بر اساس توالی، ساختار و عملکرد (صفحات 315-339): استیون تی واکابایاشی، ماکسیم آ. شلیکوف، اوجوال کومار، وامسی اس. ردی، آنکور مالهوترا، Erik L. Clarke، Jonathan S. Chen، Rostislav Castillo، Russell de La Mare، Eric I. Sun و Milton H. Saier
فصل 14 خانواده‌های دامنه‌های پیوند DNA با توالی خاص در فاکتورهای رونویسی در سراسر درخت زندگی ( صفحات 383-420): Varodom Charoensawan و Sarah Teichmann
فصل 15 تکامل پروتئین های کروماتین یوکاریوتی و عوامل رونویسی (صفحات 421-502): L. Aravind, Vivek Anantharaman, Saraswathi Abhiminarayan and Lak. CRISPR-Cas Systems و Cas Protein Families (صفحات 341 –381): Kira S. Makarova، Daniel H. Haft و Eugene V. Koonin

New insights into the evolution and nature of proteins

Exploring several distinct approaches, this book describes the methods for comparing protein sequences and protein structures in order to identify homologous relationships and classify proteins and protein domains into evolutionary families. Readers will discover the common features as well as the key philosophical differences underlying the major protein classification systems, including Pfam, Panther, SCOP, and CATH. Moreover, they'll discover how these systems can be used to understand the evolution of protein families as well as understand and predict the degree to which structural and functional information are shared between relatives in a protein family.

Edited and authored by leading international experts, Protein Families offers new insights into protein families that are important to medical research as well as protein families that help us understand biological systems and key biological processes such as cell signaling and the immune response. The book is divided into three sections:

• Section I: Concepts Underlying Protein Family Classification reviews the major strategies for identifying homologous proteins and classifying them into families.
• Section II: In-Depth Reviews of Protein Families focuses on some fascinating super protein families for which we have substantial amounts of sequence, structural and functional data, making it possible to trace the emergence of functionally diverse relatives.
• Section III: Review of Protein Families in Important Biological Systems examines protein families associated with a particular biological theme, such as the cytoskeleton.

All chapters are extensively illustrated, including depictions of evolutionary relationships. References at the end of each chapter guide readers to original research papers and reviews in the field.

Covering protein family classification systems alongside detailed descriptions of select protein families, this book offers biochemists, molecular biologists, protein scientists, structural biologists, and bioinformaticians new insight into the evolution and nature of proteins.Content:
Chapter 1 Automated Sequence‐Based Approaches for Identifying Domain Families (pages 1–24): Liisa Holm and Andreas Heger
Chapter 2 Sequence Classification of Protein Families: Pfam and other Resources (pages 25–36): Alex Bateman
Chapter 3 Classifying Proteins into Domain Structure Families (pages 37–68): Alison Cuff, Alexey Murzin and Christine Orengo
Chapter 4 Structural Annotations of Genomes with Superfamily and G3D (pages 69–97): Julian Gough, Corin Yeats and Christine Orengo
Chapter 5 Phylogenomic Databases and Orthology Prediction (pages 99–124): Kimmen Sjölander
Chapter 6 The Nucleophilic Attack Six‐Bladed β‐Propeller (N6P) Superfamily (pages 125–158): Michael A. Hicks, Alan E. Barber and Patricia C. Babbitt
Chapter 7 Functional Diversity of the HUP Domain Superfamily (pages 159–189): Benoit H. Dessailly and Christine Orengo
Chapter 8 The NAD Binding Domain and the Short‐Chain Dehydrogenase/Reductase (SDR) Superfamily (pages 191–206): Nicholas Furnham, Gemma L. Holliday and Janet M. Thornton
Chapter 9 The Globin Family (pages 207–235): Arthur M. Lesk and Juliette T.J. Lecomte
Chapter 10 Functional Adaptation and Plasticity in Cytoskeletal Protein Domains: Lessons from the Erythrocyte Model (pages 237–284): Anthony J. Baines
Chapter 11 Unusual Species Distribution and Horizontal Transfer of Peptidases (pages 285–314): Neil D. Rawlings
Chapter 12 Deducing Transport Protein Evolution Based on Sequence, Structure, and Function (pages 315–339): Steven T. Wakabayashi, Maksim A. Shlykov, Ujjwal Kumar, Vamsee S. Reddy, Ankur Malhotra, Erik L. Clarke, Jonathan S. Chen, Rostislav Castillo, Russell de La Mare, Eric I. Sun and Milton H. Saier
Chapter 14 Families of Sequence‐Specific DNA‐Binding Domains in Transcription Factors across the Tree of Life (pages 383–420): Varodom Charoensawan and Sarah Teichmann
Chapter 15 Evolution of Eukaryotic Chromatin Proteins and Transcription Factors (pages 421–502): L. Aravind, Vivek Anantharaman, Saraswathi Abhiman and Lakshminarayan M. Iyer
Chapter 13 CRISPR‐Cas Systems and Cas Protein Families (pages 341–381): Kira S. Makarova, Daniel H. Haft and Eugene V. Koonin

Content: Introduction vii     Contributors xiii     SECTION I. CONCEPTS UNDERLYING PROTEIN FAMILY CLASSIFICATION 1     1 Automated Sequence-Based Approaches for Identifying Domain Families 3  Liisa Holm and Andreas Heger     2 Sequence Classification of Protein Families: Pfam and other Resources 25  Alex Bateman     3 Classifying Proteins into Domain Structure Families 37  Alison Cuff, Alexey Murzin, and Christine Orengo     4 Structural Annotations of Genomes with Superfamily and Gene3D 69  Julian Gough, Corin Yeats, and Christine Orengo     5 Phylogenomic Databases and Orthology Prediction 99  Kimmen Sjolander     SECTION II. IN-DEPTH REVIEWS OF PROTEIN FAMILIES 125     6 The Nucleophilic Attack Six-Bladed   -Propeller (N6P) Superfamily 127  Michael A. Hicks, Alan E. Barber II, and Patricia C. Babbitt     7 Functional Diversity of the HUP Domain Superfamily 159  Benoit H. Dessailly and Christine Orengo     8 The NAD Binding Domain and the Short-Chain Dehydrogenase/Reductase (SDR) Superfamily 191  Nicholas Furnham, Gemma L. Holliday, and Janet M. Thornton     9 The Globin Family 207  Arthur M. Lesk and Juliette T.J. Lecomte     SECTION III. REVIEW OF PROTEIN FAMILIES IN IMPORTANT BIOLOGICAL SYSTEMS 237     10 Functional Adaptation and Plasticity in Cytoskeletal Protein Domains: Lessons from the Erythrocyte Model 239  Anthony J. Baines     11 Unusual Species Distribution and Horizontal Transfer of Peptidases 285  Neil D. Rawlings     12 Deducing Transport Protein Evolution Based on Sequence, Structure, and Function 315  Steven T. Wakabayashi, Maksim A. Shlykov, Ujjwal Kumar, Vamsee S. Reddy, Ankur Malhotra, Erik L. Clarke, Jonathan S. Chen, Rostislav Castillo, Russell De La Mare, Eric I. Sun, and Milton H. Saier     13 Crispr-CAS Systems and CAS Protein Families 341  Kira S. Makarova, Daniel H. Haft, and Eugene V. Koonin     14 Families of Sequence-Specific DNA-Binding Domains in Transcription Factors across the Tree of Life 383  Varodom Charoensawan and Sarah Teichmann     15 Evolution of Eukaryotic Chromatin Proteins and Transcription Factors 421  L. Aravind, Vivek Anantharaman, Saraswathi Abhiman, and Lakshminarayan M. Iyer     Index 503