Plant Genomes: Methods for Genetic and Physical Mapping

JACQUES S. BECKMANN & THOMAS C. OSBORN پیشرفت فوق العاده ای در تجزیه و تحلیل ساختارهای ژنتیکی ژنوم های یوکاریوتی بالاتر حاصل شده است. تنها ده سال بین پیشنهادهای اولیه برای استفاده از نشانگرهای DNA مولکولی برای تولید یک نقشه پیوند کامل از ژنوم انسان [5، 17] و اولین توصیف نقشه 10 سانتی مورگانی یکی از کروموزوم های آن [22] گذشت. توسط دیگران دنبال شود. در دسترس بودن نشانگرهای DNA مولکولی که از این پس نشانگرهای ژنومی نامیده می شوند [برای بررسی خواص آنها به 1، 2، 20 مراجعه کنید]، نشان دهنده نقطه عطفی در ژنتیک با فراهم کردن ظرفیت برای پوشش کامل ژنتیکی همه ژنوم ها است. مهم است که به یاد داشته باشید که ماهیت پلی‌مورفیسم DNA یا روش خاصی که برای کشف آن استفاده می‌شود می‌تواند برای مکان‌های نشانگر مختلف کاملاً متفاوت باشد. تنوع ژنتیکی شناسایی‌شده می‌تواند نتیجه یک جهش نقطه‌ای ساده، یک رویداد درج/حذف DNA، یا تغییر در تعداد کپی‌های تکراری در برخی از DNA بیش‌متغیر [11] یا موتیف میکرو ماهواره [21] باشد. در حال حاضر، روش‌های تشخیص می‌تواند شامل استفاده از اندونوکلئازهای محدود، هیبریداسیون اسید نوکلئیک یا تقویت توالی DNA باشد. هر یک از این منابع تغییر و روش‌های تشخیص می‌تواند برای کاربردهای مختلف کاربرد داشته باشد. علاوه بر این، رویکردهای جدید برای تشخیص پلی مورفیسم DNA به طور مداوم در حال ظهور هستند. نگرانی اصلی در اینجا این است که پلی مورفیسم نظارت شده یک نشانگر ژنتیکی "مفید" را برای کاربرد مورد نظر تعریف می کند.

JACQUES S. BECKMANN & THOMAS C. OSBORN Extraordinary progress has been made in the analyses of the genetic structures of higher eukaryotic genomes. Only ten years elapsed between the initial proposals to use molecular DNA markers for the generation of a complete linkage map of the human genome [5, 17] and the first description of a 10 centimorgan map of one of its chromosomes [22], soon to be followed by others. The availability of molecular DNA markers, henceforth called genomic markers [for a review of their properties see 1, 2, 20], represents a milestone in genetics by providing the capacity for complete genetic coverage of all genomes. It is important to remember that the nature of the DNA polymorphism or of the specific method used to uncover it can be quite different for different marker loci. The genetic variation detected can be a result of a simple point mutation, a DNA insertion/deletion event, or a change in repeat copy number at some hypervariable DNA [11] or micro satellite [21] motif. Currently, the methods of detection can involve use of restriction endonucleases, nucleic acid hybridization, or DNA sequence amplification. Each of these sources of var­ iation and methods of detection can have utility for different applications. Furthermore, new approaches for the detection of DNA polymorphism are constantly emerging. The primary concern here is that the monitored poly­ morphism defines a genetic marker 'useful' for the desired application.