دسترسی نامحدود
برای کاربرانی که ثبت نام کرده اند
دانلود کتاب Molecular kinetics in condensed phases: theory, simulation, and analysis
دانلود کتاب سینتیک مولکولی در فازهای متراکم: نظریه، شبیه سازی و تجزیه و تحلیل
مشخصات کتاب
Molecular kinetics in condensed phases: theory, simulation, and analysis
ویرایش: First edition نویسندگان: Elber. Ron, Makarov. Dmitrii E(Contributor), Orland. Henri(Contributor) سری: ISBN (شابک) : 9781119176770, 1119176778 ناشر: John Wiley & Sons سال نشر: 2020 تعداد صفحات: 261 زبان: English فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) حجم فایل: 6 مگابایت
قیمت کتاب (تومان) : 33,000
در صورت تبدیل فایل کتاب Molecular kinetics in condensed phases: theory, simulation, and analysis به فرمت های PDF، EPUB، AZW3، MOBI و یا DJVU می توانید به پشتیبان اطلاع دهید تا فایل مورد نظر را تبدیل نمایند.
توجه داشته باشید کتاب سینتیک مولکولی در فازهای متراکم: نظریه، شبیه سازی و تجزیه و تحلیل نسخه زبان اصلی می باشد و کتاب ترجمه شده به فارسی نمی باشد. وبسایت اینترنشنال لایبرری ارائه دهنده کتاب های زبان اصلی می باشد و هیچ گونه کتاب ترجمه شده یا نوشته شده به فارسی را ارائه نمی دهد.
توضیحاتی در مورد کتاب سینتیک مولکولی در فازهای متراکم: نظریه، شبیه سازی و تجزیه و تحلیل
"رویکردهای مدرن برای مطالعه سینتیک به طور معمول استفاده از شبیه سازی های کامپیوتری را با تجزیه و تحلیل تحلیلی ترکیب می کنند. این کتاب بر نظریه، الگوریتم ها، روش های شبیه سازی و تجزیه و تحلیل سینتیک مولکولی در فازهای متراکم متمرکز شده است. شرح مفصل و جامعی از نظریه‌های مدرن و روش‌های شبیه‌سازی برای مدل‌سازی رویدادهای مولکولی. تأکید بر مدل‌سازی تصادفی دقیق فرآیندهای مولکولی و استفاده از مدل‌های ریاضی برای بازتولید مشاهدات تجربی، مانند ضرایب سرعت، میانگین زمان‌های عبور اول و زمان‌های انتقال است. شبیه‌سازی‌ها بر روی اتمی تمرکز دارند. مدل‌سازی دقیق مولکول‌ها در عمل و ارتباط این شبیه‌سازی‌ها با تئوری و آزمایش. کاربردهایی شرح داده شده است که از نمونه‌های ساده بصری سیستم‌های یک و دو بعدی تا ماکرومولکول‌های پیچیده حل‌شده را شامل می‌شود. این کتاب به پنج بخش تقسیم شده است و موضوعات تحت پوشش شامل : مقدمه: دینامیک لانگوین، معادله فوکر پلانک، انتگرال های مسیر، معادله لانگوین تعمیم یافته، معادله اصلی تعمیم یافته، نظریه مسیرهای بهینه. نظریه جنبشی: نظریه حالت گذار، ضریب انتقال، مدت مسیر انتقال، نظریه کرامرز، نظریه گروت هاینز، معادله لانگوین تعمیم یافته و نظریه حالت گذار، واکنش های کنترل شده انتشار، اثرات کوانتومی بر سرعت واکنش. شبیه سازی: شبیه سازی دینامیک مولکولی، روش مونت کارلو، رویکردهای دینامیک شتاب یافته برای سینتیک، محاسبات مسیرهای واکنش. تجزیه و تحلیل: متعهدها، نظریه مسیر گذار، شبکه های جنبشی، مدل های حالت مارکوف. مثال‌ها: مدل‌های یک‌بعدی و دو بعدی، شبیه‌سازی ماکرومولکول‌های بیولوژیکی، مدل‌های تا شدن پروتئین، ماشین‌های مولکولی، فرآیندهای حمل و نقل\"--
توضیحاتی درمورد کتاب به خارجی
"Modern approaches to the study of kinetics routinely combine the use of computer simulations with analytic analysis. This book is focused on the theory, algorithms, simulations methods, and analysis of molecular kinetics in condensed phases. It provides a detailed and comprehensive description of modern theories and simulation methods to model molecular events. Emphasis is placed on rigorous stochastic modeling of molecular processes and the use of the mathematical models to reproduce experimental observations, such as rate coefficients, mean first passage times, and transition times. Simulations focus on atomically detailed modeling of molecules in action and the connections of these simulations to theory and experiment. Applications are described that range from simple intuitive examples of one- and two-dimensional systems to complex solvated macromolecules. The book is divided into five sections and topics covered include: Introduction: Langevin dynamics, Fokker Planck equation, path integrals, generalized Langevin equation, generalized master equation, theory of optimal pathways. Kinetic Theory: Transition state theory, transmission coefficient, duration of transition path, Kramers theory, Grote-Hynes theory, generalized Langevin equation and transition state theory, diffusion controlled reactions, quantum effects on reaction rates. Simulations: Molecular dynamics simulations, Monte Carlo method, accelerated dynamics approaches for kinetics, calculations of reaction pathways. Analysis: Committors, transition path theory, kinetic networks, Markov state models. Examples: One and two-dimensional models, simulations of biological macromolecules, models of protein folding, molecular machines, transport processes"--
فهرست مطالب
Cover
Title Page
Copyright
Contents
Acknowledgments
Introduction: Historical Background and Recent Developments that Motivate this Book
Chapter 1 The Langevin Equation and Stochastic Processes
1.1 General Framework
1.2 The Ornstein-Uhlenbeck (OU) Process
1.3 The Overdamped Limit
1.4 The Overdamped Harmonic Oscillator: An Ornstein-Uhlenbeck process
1.5 Differential Form and Discretization
1.5.1 Euler-Maruyama Discretization (EMD) and Ito Processes
1.5.2 Stratonovich Discretization (SD)
1.6 Relation Between Ito and Stratonovich Integrals
1.7 Space Varying Diffusion Constant 1.8 Ito vs Stratonovich1.9 Detailed Balance
1.10 Memory Kernel
1.11 The Many Particle Case
References
Chapter 2 The Fokker-Planck Equation
2.1 The Chapman-Kolmogorov Equation
2.2 The Overdamped Case
2.2.1 Derivation of the Smoluchowski (Fokker-Planck) Equation using the Chapman-Kolmogorov Equation
2.2.2 Alternative Derivation of the Smoluchowski (Fokker-Planck) Equation
2.2.3 The Adjoint (or Reverse or Backward) Fokker-Planck Equation
2.3 The Underdamped Case
2.4 The Free Case
2.4.1 Overdamped Case
2.4.2 Underdamped Case
2.5 Averages and Observables
References Chapter 3 The Schrodinger Representation3.1 The Schrodinger Equation
3.2 Spectral Representation
3.3 Ground State and Convergence to the Boltzmann Distribution
References
Chapter 4 Discrete Systems: The Master Equation and Kinetic Monte Carlo
4.1 The Master Equation
4.1.1 Discrete-Time Markov Chains
4.1.2 Continuous-Time Markov Chains, Markov Processes
4.2 Detailed Balance
4.2.1 Final State Only
4.2.2 Initial State Only
4.2.3 Initial and Final State
4.2.4 Metropolis Scheme
4.2.5 Symmetrization
4.3 Kinetic Monte Carlo (KMC)
References
Chapter 5 Path Integrals 5.1 The Ito Path Integral5.2 The Stratonovich Path Integral
References
Chapter 6 Barrier Crossing
6.1 First Passage Time and Transition Rate
6.1.1 Average Mean First Passage Time
6.1.2 Distribution of First Passage Time
6.1.3 The Free Particle Case
6.1.4 Conservative Force
6.2 Kramers Transition Time: Average and Distribution
6.2.1 Kramers Derivation
6.2.2 Mean First Passage Time Derivation
6.3 Transition Path Time: Average and Distribution
6.3.1 Transition Path Time Distribution
6.3.2 Mean Transition Path Time
References
Chapter 7 Sampling Transition Paths 7.1 Dominant Paths and Instantons7.1.1 Saddle-Point Method
7.1.2 The Euler-Lagrange Equation: Dominant Paths
7.1.3 Steepest Descent Method
7.1.4 Gradient Descent Method
7.2 Path Sampling
7.2.1 Metropolis Scheme
7.2.2 Langevin Scheme
7.3 Bridge and Conditioning
7.3.1 Free Particle
7.3.2 The Ornstein-Uhlenbeck Bridge
7.3.3 Exact Diagonalization
7.3.4 Cumulant Expansion
References
Appendix A: Gaussian Variables
Appendix B
Chapter 8 The Rate of Conformational Change: Definition and Computation
8.1 First-order Chemical Kinetics
8.2 Rate Coefficients from Microscopic Dynamics
8.2.1 Validity of First Order Kinetics
نظرات کاربران
کتاب های تصادفی
دانلود کتاب Glaucoma: Identification and Co-Management
