Modeling Peptide-Protein Interactions: Methods and Protocols

این جلد مجموعه‌ای از تکنیک‌های موجود برای مطالعه اتصال و طراحی پپتید-پروتئین را پوشش می‌دهد. این کتاب به چهار بخش تقسیم می شود: پیش بینی سایت اتصال پپتید. اتصال پپتید-پروتئین؛ پیش بینی و طراحی ویژگی اتصال پپتید. و طراحی پپتیدهای بازدارنده فصل‌های مدل‌سازی تعاملات پپتید-پروتئین: روش‌ها و پروتکل‌ها موضوعاتی مانند استفاده از ACCLUSTER و PeptiMap برای پیش‌بینی محل اتصال پپتید را پوشش می‌دهد. AnchorDock و ATTRACT برای اتصال کور و انعطاف پذیر پپتیدها به پروتئین ها. اتصال پپتید انعطاف پذیر با استفاده از HADDOCK و FlexPepDock. شناسایی برهمکنش های پروتئین-پروتئین با واسطه حلقه با استفاده از LoopFinder. و طراحی برهمکنش پروتئین-پپتید با استفاده از PinaColada. که در قالب بسیار موفق روش‌ها در زیست‌شناسی مولکولی نوشته شده‌اند، فصل‌ها شامل مقدمه‌ای بر موضوعات مربوطه، فهرست‌هایی از جزئیات لازم برای کاربرد موفقیت‌آمیز رویکردهای مختلف و پروتکل‌های گام به گام و به راحتی قابل تکرار است. و همچنین نکاتی در مورد عیب‌یابی و اجتناب از دام‌های شناخته شده.

پیش‌روز و کامل، مدل‌سازی تعاملات پپتید-پروتئین: روش‌ها و پروتکل‌ها یک نمای کلی متنوع و یکپارچه از این زمینه به سرعت در حال پیشرفت ارائه می‌کند. مورد علاقه و کاربردی است.

This volume covers an array of techniques available for studying peptide-protein docking and design. The book is divided into four sections: peptide binding site prediction; peptide-protein docking; prediction and design of peptide binding specificity; and the design of inhibitory peptides. The chapters in Modeling Peptide-Protein Interactions: Methods and Protocols cover topics such as the usage of ACCLUSTER and PeptiMap for peptide binding site prediction; AnchorDock and ATTRACT for blind, flexible docking of peptides to proteins; flexible peptide docking using HADDOCK and FlexPepDock; identifying loop-mediated protein-protein interactions using LoopFinder; and protein-peptide interaction design using PinaColada. Written in the highly successful Methods in Molecular Biology series format, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary details for successful application of the different approaches and step-by-step, readily reproducible protocols, as well as tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.

Cutting-edge and thorough, Modeling Peptide-Protein Interactions: Methods and Protocols provides a diverse and unified overview of this rapidly advancing field of major interest and applicability.