Modeling Dose-Response Microarray Data in Early Drug Development Experiments Using R: Order-Restricted Analysis of Microarray Data

ویرایش: 1 
نویسندگان: Dan Lin,  Willem Talloen,  Luc Bijnens,  Hinrich W. H. Göhlmann,  Dhammika Amaratunga (auth.),  Dan Lin,  Ziv Shkedy,  Daniel Yekutieli,  Dhammika Amaratunga,  Luc Bijnens (eds.)  
سری: Use R! 
ISBN (شابک) : 9783642240065, 9783642240072 
ناشر: Springer-Verlag Berlin Heidelberg 
سال نشر: 2012 
تعداد صفحات: 284 
زبان: English 
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 8 مگابایت 

قیمت کتاب (تومان) : 57,000



این کتاب بر تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه دوز-پاسخ در تنظیمات دارویی متمرکز است، هدف آن پوشش این موضوع مهم برای آزمایش‌های اولیه توسعه دارو و ارائه بسته‌های R کاربرپسند است که می‌تواند برای تجزیه و تحلیل این مورد استفاده شود. داده ها. این برای آمار زیستی و بیوانفورماتیکان در صنعت داروسازی، زیست شناسان و دانشجویان فارغ التحصیل آمار زیستی/بیوانفورماتیک در نظر گرفته شده است.

قسمت اول کتاب مقدمه ای است که در آن تنظیمات دوز-پاسخ و مشکل را مورد بحث قرار می دهیم. تخمین میانگین های عادی تحت محدودیت های سفارش به طور خاص، ما در مورد الگوریتم تلفیقی-مجاور- نقض کننده (PAV) و رگرسیون ایزوتونیک، و همچنین استنتاج تحت محدودیت‌های نظم و مدل‌های پارامتری غیرخطی، که در قسمت دوم کتاب استفاده شده‌اند، بحث می‌کنیم.

بخش دوم هسته اصلی کتاب است که در آن بر تجزیه و تحلیل داده های ریزآرایه دوز-پاسخ تمرکز می کنیم. موضوعات روش‌شناختی مورد بحث عبارتند از:

• تعدیل تعدد

• آمار و روش‌های آزمایش برای تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه دوز-پاسخ

• استنتاج و استفاده مبتنی بر نمونه‌گیری مجدد روش SAM برای ژن‌های با واریانس کوچک در داده‌ها

• شناسایی و طبقه‌بندی شکل‌های منحنی دوز-پاسخ

• خوشه‌بندی دوز محدود شده (اما نه لزوماً یکنواخت) پروفایل های پاسخ

• تجزیه و تحلیل مجموعه ژن برای تسهیل تفسیر نتایج ریزآرایه

• مدل های بیزی سلسله مراتبی و انتخاب متغیر بیزی

• مدل های غیر خطی برای دوز- داده های ریزآرایه پاسخ

• تست های کنتراست چندگانه

• فواصل اطمینان چندگانه برای پارامترهای انتخابی تنظیم شده برای نرخ پوشش نادرست-گزاره

همه مسائل روش شناختی در کتاب با استفاده از نمونه‌های دنیای واقعی مجموعه داده‌های ریزآرایه دوز-پاسخ از آزمایش‌های اولیه توسعه دارو نشان داده شده است.

This book focuses on the analysis of dose-response microarray data in pharmaceutical settings, the goal being to cover this important topic for early drug development experiments and to provide user-friendly R packages that can be used to analyze this data. It is intended for biostatisticians and bioinformaticians in the pharmaceutical industry, biologists, and biostatistics/bioinformatics graduate students.

Part I of the book is an introduction, in which we discuss the dose-response setting and the problem of estimating normal means under order restrictions. In particular, we discuss the pooled-adjacent-violator (PAV) algorithm and isotonic regression, as well as inference under order restrictions and non-linear parametric models, which are used in the second part of the book.

Part II is the core of the book, in which we focus on the analysis of dose-response microarray data. Methodological topics discussed include:

• Multiplicity adjustment

• Test statistics and procedures for the analysis of dose-response microarray data

• Resampling-based inference and use of the SAM method for small-variance genes in the data

• Identification and classification of dose-response curve shapes

• Clustering of order-restricted (but not necessarily monotone) dose-response profiles

• Gene set analysis to facilitate the interpretation of microarray results

• Hierarchical Bayesian models and Bayesian variable selection

• Non-linear models for dose-response microarray data

• Multiple contrast tests

• Multiple confidence intervals for selected parameters adjusted for the false coverage-statement rate

All methodological issues in the book are illustrated using real-world examples of dose-response microarray datasets from early drug development experiments.

Front Matter....Pages i-xv
Front Matter....Pages 9-9
Introduction....Pages 1-7
Estimation Under Order Restrictions....Pages 11-27
Testing of Equality of Means Against Ordered Alternatives....Pages 29-42
Nonlinear Modeling of Dose-Response Data....Pages 43-66
Front Matter....Pages 67-67
Functional Genomic Dose-Response Experiments....Pages 69-80
Adjustment for Multiplicity....Pages 81-101
Single Contrast Tests....Pages 103-121
Significance Analysis of Dose-Response Microarray Data....Pages 123-133
δ-Clustering of Monotone Profiles....Pages 135-149
Classification of Monotone Gene Profiles Using Information Theory Selection Methods....Pages 151-163
Beyond the Simple Order Alternatives....Pages 165-180
Gene Set Analysis as a Means of Facilitating the Interpretation of Microarray Results....Pages 181-191
Estimation and Inference Under Simple Order Restrictions: Hierarchical Bayesian Approach....Pages 193-214
Model-Based Approaches....Pages 215-232
Multiple Contrast Tests for Testing Dose–Response Relationships Under Order-Restricted Alternatives....Pages 233-247
Simultaneous Inferences for Ratio Parameters Using Multiple Contrasts Test....Pages 249-258
Multiple Confidence Intervals for Selected Ratio Parameters Adjusted for the False Coverage-Statement Rate....Pages 259-267
Interfaces for Analyzing Dose–Response Studies in Microarray Experiments: IsoGeneGUI and ORIOGEN....Pages 269-279
Back Matter....Pages 281-282