Mass Spectrometry of Proteins: Methods and Protocols

بینش‌های جدید در پزشکی مدرن و زیست‌شناسی سیستم‌ها با پروتکل‌های نوآورانه و فناوری‌های پیشرفته در پروتئومیکس مبتنی بر طیف‌سنجی جرمی فعال می‌شوند. این جلد جزئیات خطوط لوله جدید، گردش کار، و روش‌های پردازش داده‌ها را نشان می‌دهد که اجازه می‌دهد مرزهای جدید در پروتئومیکس به جلو کشیده شود. با کاربردهایی برای کشف نشانگرهای زیستی، تعامل بین پروتئین‌ها، بین سیستم‌های بیولوژیکی، پویایی تغییرات پس از ترجمه در میان سایر موارد، پروتکل‌های جدیدی توسعه یافته و به طور مکرر برای بررسی پیچیدگی بی‌پایان پروتئوم در جزئیات بیشتر اصلاح شده‌اند. این جلد به روش هایی برای تجزیه و تحلیل طیف سنجی جرمی وابسته به داده و مستقل از داده می پردازد. اطلاعات با ارزش و دست اول از طراحی آزمایش‌ها، آماده‌سازی و تجزیه و تحلیل نمونه، بهره‌برداری از مجموعه داده‌های عمومی و انجام خطوط لوله داده‌های تکرارپذیر، با استفاده از ابزارهای محاسباتی مدرن مانند Galaxy یا Jupyter ارائه می‌شود. این فصل‌ها که با فرمت بسیار موفق روش‌ها در زیست‌شناسی مولکولی نوشته شده‌اند، شامل مقدمه‌ای بر موضوعات مربوطه، فهرستی از مواد و معرف‌های لازم، پروتکل‌های آزمایشگاهی گام به گام، قابل تکرار آسان و نکاتی در مورد عیب‌یابی است. و اجتناب از دام های شناخته شده

معتبر و پیشرفته، طیف سنجی جرمی پروتئین ها: روش ها و پروتکل ها با هدف اطمینان از نتایج موفقیت آمیز در مطالعه بیشتر این زمینه حیاتی است.

New insights into modern medicine and systems biology are enabled by innovative protocols and advanced technologies in mass spectrometry-based proteomics. This volume details new pipelines, workflows, and ways to process data that allow for new frontiers in proteomics to be pushed forward. With applications to biomarker discovery, interactions between proteins, between biological systems, dynamics of post-translational modifications among others, new protocols have been developed and iteratively refined to probe the endless complexity of the proteome in ever greater details. This volume deals with methods for data dependent and data independent mass spectrometry analyses. Valuable, first-hand information is provided from designing experiments, sample preparation and analysis, exploitation of public datasets and carrying out reproducible data pipelines, using modern computational tools such as Galaxy or Jupyter. Written in the highly successful Methods in Molecular Biology series format, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.

Authoritative and cutting-edge, Mass Spectrometry of Proteins: Methods and Protocols aims to ensure successful results in the further study of this vital field.