Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols: Synthetic and Systems Biology - Applications

این جلد پروتکل هایی را برای سیستم ها و کاربردهای زیست شناسی مصنوعی در زمینه میکروبیولوژی هیدروکربن و لیپید ارائه می دهد. این مکمل جلد دیگری است که پروتکل‌های عمومی را برای سیستم‌های آزمایشی مرطوب و مبتنی بر رایانه و مطالعات زیست‌شناسی مصنوعی توصیف می‌کند. پروتکل‌های این جلد نشان می‌دهد که چگونه می‌توان از سیستم‌ها و رویکردهای زیست‌شناسی مصنوعی در طراحی میکروب‌ها برای تولید استرها، ایزوپرنوئیدها، پلیمرهای آبگریز، بیوسورفکتانت رامنولیپید و مولکول‌های ضد میکروبی پپتیدی و تثبیت‌شده با تیواتر استفاده کرد. همچنین پروتکلی برای مهندسی حسگرهای زیستی مبتنی بر فاکتور رونویسی برای محصولات درون سلولی و پروتکل دیگری برای ایجاد یک هیدروکسیلاز مصنوعی با فعالیت جدید برای اکسی عامل‌سازی انتخابی آلکان‌های خطی ارائه شده است.

پروتکل های میکروبیولوژی هیدروکربن و لیپیدده ها هزار هیدروکربن، مشتقات هیدروکربنی و لیپیدهای ساختاری مختلف وجود دارد و مجموعه وسیعی از این مولکول ها برای عملکرد سلول ها مورد نیاز است. چرخه جهانی هیدروکربن، که عمدتا توسط میکروارگانیسم ها هدایت می شود، تأثیر زیادی بر محیط زیست و آب و هوای ما دارد. میکروب ها مسئول پاکسازی آلودگی های زیست محیطی ناشی از بهره برداری از مخازن هیدروکربنی هستند و همچنین در کاهش اتکای ما به سوخت های فسیلی با ارائه سوخت های زیستی، پلاستیک ها و مواد شیمیایی صنعتی نقش اساسی دارند. به دست آوردن درک درستی از عملکردهای مربوط به طیف وسیعی از میکروب ها که هیدروکربن ها و ترکیبات مرتبط را تولید، مصرف و اصلاح می کنند، کلید پاسخگویی به این چالش ها خواهد بود. این مجموعه جامع از پروتکل های فعلی و در حال ظهور، کسب این درک و بهره برداری از فعالیت های مفید این گونه میکروب ها را تسهیل می کند.

This Volume presents protocols for systems and synthetic biology applications in the field of hydrocarbon and lipid microbiology. It complements another Volume that describes generic protocols for wet experimental and computer-based systems and synthetic biology studies. The protocols in this Volume demonstrate how to employ systems and synthetic biology approaches in the design of microbes for the production of esters, isoprenoids, hydrophobic polymers, rhamnolipid biosurfactant, and peptide antimicrobial and thioether-stabilised molecules. Also presented is a protocol for the engineering of transcription factor-based biosensors for intracellular products, and another for the creation of a synthetic hydroxylase with novel activity for the selective oxyfunctionalisation of linear alkanes.

Hydrocarbon and Lipid Microbiology ProtocolsThere are tens of thousands of structurally different hydrocarbons, hydrocarbon derivatives and lipids, and a wide array of these molecules are required for cells to function. The global hydrocarbon cycle, which is largely driven by microorganisms, has a major impact on our environment and climate. Microbes are responsible for cleaning up the environmental pollution caused by the exploitation of hydrocarbon reservoirs and will also be pivotal in reducing our reliance on fossil fuels by providing biofuels, plastics and industrial chemicals. Gaining an understanding of the relevant functions of the wide range of microbes that produce, consume and modify hydrocarbons and related compounds will be key to responding to these challenges. This comprehensive collection of current and emerging protocols will facilitate acquisition of this understanding and exploitation of useful activities of such microbes.