Genetic data analysis for plant and animal breeding

این کتاب شکاف بین کتاب‌های درسی نظریه ژنتیک کمی و کتاب‌های راهنمای نرم‌افزاری را پر می‌کند که جزئیاتی در مورد روش‌های تحلیلی ارائه می‌دهد، اما زمینه یا دیدگاه کمی در مورد اینکه کدام روش ممکن است برای یک کاربرد خاص مناسب‌تر باشد، ارائه می‌کند. بر این اساس این کتاب از دو بخش تشکیل شده است. بخش اول (فصل های 1 تا 8) موضوعات تجزیه و تحلیل داده های فنوتیپی کلاسیک برای پیش بینی ارزش های اصلاحی در برنامه های اصلاح نژاد حیوانات و گیاهان را پوشش می دهد. در بخش دوم (فصل 9 تا 13) مفهوم و بررسی کلی ابزارهای موجود برای استفاده از نشانگرهای DNA برای پیش‌بینی شایستگی‌های ژنتیکی در جمعیت‌های پرورشی را ارائه می‌کنیم. با پیشرفت در فناوری های توالی یابی DNA، داده های ژنومی، به ویژه نشانگرهای پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP) در سال های اخیر برای برنامه های اصلاح نژاد حیوانات و گیاهان در دسترس قرار گرفته اند. تجزیه و تحلیل نشانگرهای DNA برای پیش بینی شایستگی ژنتیکی یک حوزه تحقیقاتی نسبتا جدید و فعال است. الگوریتم ها و نرم افزارهای پیاده سازی این الگوریتم ها به سرعت در حال تغییر هستند. این بخش نشان دهنده دانش پیشرفته در مورد ابزارها و فناوری های موجود برای تجزیه و تحلیل ژنتیکی گیاهان و حیوانات است. با این حال، خوانندگان باید بدانند که روش‌ها یا بسته‌های آماری تحت پوشش ممکن است در دسترس نباشند یا ممکن است طی چند سال منسوخ شوند. در نهایت این کتاب برای پرورش دهندگان حرفه ای که علاقه مند به استفاده از این ابزارها و رویکردها در برنامه های اصلاح نژاد خود هستند در نظر گرفته شده است. در نهایت، ما پیش‌بینی می‌کنیم که از این حجم برای دوره‌های تحصیلات تکمیلی سطح پیشرفته در دوره‌های کشاورزی و اصلاحی استفاده شود.

This book fills the gap between textbooks of quantitative genetic theory, and software manuals that provide details on analytical methods but little context or perspective on which methods may be most appropriate for a particular application. Accordingly this book is composed of two sections. The first section (Chapters 1 to 8) covers topics of classical phenotypic data analysis for prediction of breeding values in animal and plant breeding programs. In the second section (Chapters 9 to 13) we provide the concept and overall review of available tools for using DNA markers for predictions of genetic merits in breeding populations. With advances in DNA sequencing technologies, genomic data, especially single nucleotide polymorphism (SNP) markers, have become available for animal and plant breeding programs in recent years. Analysis of DNA markers for prediction of genetic merit is a relatively new and active research area. The algorithms and software to implement these algorithms are changing rapidly. This section represents state-of-the-art knowledge on the tools and technologies available for genetic analysis of plants and animals. However, readers should be aware that the methods or statistical packages covered here may not be available or they might be out of date in a few years. Ultimately the book is intended for professional breeders interested in utilizing these tools and approaches in their breeding programs. Lastly, we anticipate the usage of this volume for advanced level graduate courses in agricultural and breeding courses.