Fragment-Based Methods in Drug Discovery

این جلد، تکنیک‌های لازم برای یک پروژه طراحی موفق دارو مبتنی بر قطعه را پوشش می‌دهد، که از تعریف مشکل از نظر تهیه مدل پروتئین، شناسایی مکان‌های اتصال بالقوه، و در نظر گرفتن قطعات مختلف کاندید برای شبیه‌سازی شروع می‌شود. بخش دوم جنبه‌های فنی را مورد بحث قرار می‌دهد که روش‌های مختلف برای شبیه‌سازی اتصال قطعه به پروتئین هدف با استفاده از مونت کارلو، دینامیک مولکولی و الگوریتم‌های داکینگ استفاده کرده‌اند. پس از شبیه سازی، قطعات با استفاده از روش های مختلف در مولکول ها مونتاژ می شوند که در ادامه بررسی می شوند. بحث در مورد استراتژی های طراحی و در نظر گرفتن خواص شبه دارو به عنوان بخشی از فرآیند طراحی در این مرحله گنجانده شده است. در نهایت، چندین نمونه از پروژه‌های موفق طراحی دارو مبتنی بر قطعه ارائه شده است. این کار که برای مجموعه روش‌ها در زیست‌شناسی مولکولی نوشته شده است، حاوی توصیفات دقیق و توصیه‌های اجرایی برای تشویق موفقیت در آزمایشگاه است.

عملی و پیشرفته، روش‌های مبتنی بر قطعه در کشف دارو دستاوردهای بزرگ در این زمینه را در نظر می‌گیرد تا راهنمای ایده‌آلی برای محققانی که به بررسی این حوزه هیجان‌انگیز از مطالعه دارویی ادامه می‌دهند، ارائه دهد.

This volume covers the techniques necessary for a successful fragment-based drug design project, beginning from defining the problem in terms of preparing the protein model, identifying potential binding sites, and the consideration of various candidate fragments for simulation. The second part discusses the technical aspects that various methods have used to simulate fragment binding to a target protein by using Monte Carlo, molecular dynamics, and docking algorithms. After simulations, fragments are assembled into molecules using a variety of approaches, which are explored next. A discussion of design strategies and consideration of drug-like properties is included as part of the design process at this stage. Finally, several examples of successful fragment-based drug design projects are presented. Written for the Methods in Molecular Biology series, this work contains the kind of detailed description and implementation advice to encourage success in the lab.

Practical and cutting-edge, Fragment-Based Methods in Drug Discovery takes into account the great accomplishments in the field to provide an ideal guide for researchers continuing to investigate this exciting area of pharmacological study.