Foundations of Systems Biology: Using Cell Illustrator® and Pathway Databases

پیمایش ایمن در میان انبوهی از اطلاعات ژنوم، پروتئین و متابولیت، و همچنین مجموعه ای از ابزارهای پردازش اطلاعات، بدون گم شدن، برای تحقیقات موفق در - و آموزش - زیست شناسی مولکولی بسیار مهم است.
این کتاب درسی/راهنمای مختصر و آسان به عنوان مقدمه ای ارزشمند برای زیست شناسی سلولی معاصر برای خوانندگان عمل می کند و بینشی را نسبت به جهت های تحقیقاتی کلیدی در این زمینه ارائه می دهد. با مروری بر ابزارهای موجود برای یافتن، طراحی و بررسی پایگاه‌های داده‌های متابولیک، ژنتیکی، سیگنالینگ و دیگر شبکه‌ها آغاز می‌شود. این راهنمای عملی سپس Cell Illustrator® را معرفی می‌کند، ابزار نرم‌افزاری برای مدل‌سازی و شبیه‌سازی مسیر بیولوژیکی، که توسط نویسندگان توسعه یافته است. بحث عمیق نشان می‌دهد که چگونه می‌توان از این ابزار برای ایجاد، تجزیه و تحلیل و شبیه‌سازی مدل‌های بیولوژیکی استفاده کرد، در نتیجه درک فعلی فرآیندهای بیولوژیکی پایه را توضیح داد و آزمایش کرد. خوانندگان نیازی به دانش قبلی در مورد معادلات دیفرانسیل یا برنامه نویسی ندارند.
ویژگی ها:
• بسیاری از کمک های آموزشی مفید، مانند مثال های دقیق، تمرین ها و راه حل ها را ارائه می دهد
• طراحی و ساختار یافته برای بخشی از یک ترم -دوره طولانی
• در مورد عملکردهای محاسباتی مورد نیاز برای زیست شناسی سیستم ها بحث می کند
• به مسائل عملی پیرامون ابزارهای نرم افزاری می پردازد
• پایگاه های داده زیستی بزرگ فعلی مانند TRANSPATH® توسط Biobase را معرفی می کند، و توضیح می دهد که چرا و چگونه می توانند برای توسعه و پشتیبانی از تحقیقات زیست‌شناسی سیستم‌ها استفاده شود
• پایگاه‌های اطلاعاتی مسیرهای مهم و ابزارهای نرم‌افزاری، همراه با مفاهیم مرتبط با آن‌ها را توضیح می‌دهد
• خواننده را برای مدل‌سازی مسیرها به روشی گام به گام و واضح راهنمایی می‌کند
• حاوی پیشگفتاری است که توسط پروفسور آندریاس لباس، مدیر موسسه شریک CAS-MPG برای زیست شناسی محاسباتی، مؤسسه علوم زیستی شانگهای، آکادمی علوم چین نوشته شده است
این مقدمه خواننده پسند در زمینه زیست شناسی سیستم ها بینشی ارائه می دهد. و تخصص صدا در این موضوع را آموزش می دهد. همچنین برای دانشجویان فارغ التحصیل و متخصصانی که مایل به توسعه و حمایت از تحقیقات سیستمی-زیست شناسی خود هستند، ارزشمند خواهد بود.

Navigating safely through a wealth of genome, protein and metabolite information, as well as a host of information processing tools, without getting lost is crucial for successful research in – and teaching of - molecular biology.
This concise, easy-to-follow textbook/guide serves as a valuable introduction to contemporary cell biology for readers and offers insight into the key research directions in the field. It begins with an overview of existing tools for finding, designing and investigating metabolic, genetic, signalling and other network databases. This practical guide then introduces Cell Illustrator®, a software tool for biological pathway modelling and simulation, developed by the authors. In-depth discussion reveals how this tool can be used for creating, analyzing and simulating biological models, thereby explicating and testing current understanding of basic biological processes. Readers do not require prior knowledge of differential equations or programming.
Features:
• Provides many helpful learning aids, such as detailed examples throughout, and exercises and solutions
• Designed and structured to be part of a semester-long course
• Discusses the computational functionalities required for Systems Biology
• Addresses practical issues surrounding software tools
• Introduces the current big bio-databases such as TRANSPATH® by Biobase, and explains why and how they can be used to develop and support systems biology research
• Explains important pathway databases and software tools, together with their related concepts
• Guides the reader to model pathways in a step-by-step and clear manner
• Contains a Foreword written by Professor Andreas Dress, Director CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences
Written for undergraduates, this reader-friendly introduction to the field of Systems Biology offers insight and teaches sound expertise in the subject. It will also prove valuable to graduate students and professionals wishing to develop and support their systems-biology research.