Data and Text Processing for Health and Life Sciences

ویرایش: 1st ed. 
نویسندگان: Francisco M. Couto  
سری: Advances in Experimental Medicine and Biology 1137 
ISBN (شابک) : 9783030138448 
ناشر: Springer International Publishing 
سال نشر: 2019 
تعداد صفحات: 107 
زبان: English 
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 3 مگابایت 

قیمت کتاب (تومان) : 44,000



این کتاب دسترسی آزاد، مقدمه‌ای گام به گام در مورد اینکه چگونه اسکریپت‌نویسی پوسته می‌تواند به حل بسیاری از وظایف پردازش داده‌ها که متخصصان Health و Life روزانه با حداقل وابستگی‌های نرم‌افزاری با آن‌ها مواجه هستند، کمک کند. مثال‌های ارائه‌شده در کتاب نشان می‌دهند که چگونه می‌توان از ابزارهای خط فرمان ساده برای بازیابی داده‌ها و متن از منابع وب، فیلتر کردن و استخراج ادبیات، و کشف معناشناسی رمزگذاری‌شده در هستی‌شناسی‌های زیست‌پزشکی استفاده و ترکیب کرد. برای ذخیره داده‌ها، این کتاب به فرمت‌های فایل متنی استاندارد باز، مانند TSV، CSV، XML، و OWL تکیه دارد که می‌تواند توسط هر ویرایشگر متن یا برنامه صفحه‌گسترده باز شود.

دو مورد اول. فصل‌های مقدمه و منابع، مقدمه‌ای مختصر بر اسکریپت‌نویسی پوسته ارائه می‌کنند و منابع داده‌ای محبوب در علوم بهداشت و زندگی را توصیف می‌کنند. فصل سوم، بازیابی داده ها، با معرفی یک وظیفه پردازش داده رایج که شامل منابع داده های متعدد است، آغاز می شود. سپس، این فصل نحوه خودکارسازی هر مرحله از آن کار را با معرفی ابزارهای خط دستورات مورد نیاز یک به یک توضیح می‌دهد. فصل چهارم، پردازش متن، نحوه فیلتر کردن و تجزیه و تحلیل متن را با استفاده از تکنیک های تطبیق رشته ها و عبارات منظم نشان می دهد. فصل آخر، پردازش معنایی، نشان می دهد که چگونه پرس و جوهای XPath و اسکریپت نویسی پوسته قادر به پردازش داده های پیچیده، مانند نمودارهای مورد استفاده برای مشخص کردن هستی شناسی ها هستند. بیش از چهار دهه و در دسترس بودن در اکثر رایانه‌های شخصی ما، یادگیری اسکریپت‌نویسی پوسته توسط متخصصان Health and Life به عنوان دنباله‌ای از دستورات مستقل، نسبتاً آسان است. درک آنها مانند انجام یک پروتکل آزمایشگاهی جدید با آزمایش و درک مراحل و متغیرهای رویه ای آن و ترکیب نتایج میانی آنهاست. بنابراین، این کتاب به ویژه برای متخصصان بهداشت و زندگی یا دانش‌آموزانی که می‌خواهند به راحتی یاد بگیرند که چگونه داده‌ها و متن را پردازش کنند، مرتبط است و در ازای آن ممکن است آنها را برای کسب مهارت‌های بیوانفورماتیک عمیق‌تر در آینده تسهیل و الهام بخشد.

This open access book is a step-by-step introduction on how shell scripting can help solve many of the data processing tasks that Health and Life specialists face everyday with minimal software dependencies. The examples presented in the book show how simple command line tools can be used and combined to retrieve data and text from web resources, to filter and mine literature, and to explore the semantics encoded in biomedical ontologies. To store data this book relies on open standard text file formats, such as TSV, CSV, XML, and OWL, that can be open by any text editor or spreadsheet application.

The first two chapters, Introduction and Resources, provide a brief introduction to the shell scripting and describe popular data resources in Health and Life Sciences. The third chapter, Data Retrieval, starts by introducing a common data processing task that involves multiple data resources. Then, this chapter explains how to automate each step of that task by introducing the required commands line tools one by one. The fourth chapter, Text Processing, shows how to filter and analyze text by using simple string matching techniques and regular expressions. The last chapter, Semantic Processing, shows how XPath queries and shell scripting is able to process complex data, such as the graphs used to specify ontologies.Besides being almost immutable for more than four decades and being available in most of our personal computers, shell scripting is relatively easy to learn by Health and Life specialists as a sequence of independent commands. Comprehending them is like conducting a new laboratory protocol by testing and understanding its procedural steps and variables, and combining their intermediate results. Thus, this book is particularly relevant to Health and Life specialists or students that want to easily learn how to process data and text, and which in return may facilitate and inspire them to acquire deeper bioinformatics skills in the future.

Front Matter ....Pages i-xv
 Introduction  (Francisco M. Couto)....Pages 1-8
 Resources  (Francisco M. Couto)....Pages 9-15
 Data Retrieval  (Francisco M. Couto)....Pages 17-43
 Text Processing  (Francisco M. Couto)....Pages 45-60
 Semantic Processing  (Francisco M. Couto)....Pages 61-91
Back Matter ....Pages 93-98