Computer Simulation of Biomolecular Systems: Theoretical and Experimental Applications

جلد سوم از مجموعه شبیه‌سازی رایانه‌ای سیستم‌های بیومولکولی با قالبی که در جلد اول [1] معرفی شده و در جلد دوم توضیح داده شده است، ادامه می‌یابد. تاکید اولیه بر جنبه‌های روش‌شناختی شبیه‌سازی است، اگرچه برخی از فصل‌ها نتایج به‌دست‌آمده را برای سیستم‌های خاص مورد علاقه بیولوژیکی ارائه می‌کنند. تمرکز این جلد تا حدودی تغییر کرده است زیرا چندین فصل به طراحی لیگاند مبتنی بر ساختار اختصاص یافته است که تنها یک فصل در جلد دوم دارد. به نظر می رسد فراهم کردن زمینه برای این جلد با نقل قول از مقدمه من بر جلد 2 [2] مفید باشد. "هدف دوربرد رویکردهای مولکولی به زیست شناسی، توصیف سیستم های زنده از نظر شیمی و فیزیک است. در طول پنجاه سال گذشته پیشرفت های زیادی در به کارگیری معادلات نشان دهنده قوانین فیزیکی اساسی برای مسائل شیمیایی مربوط به ساختارها و واکنش‌های مولکول‌های کوچک. مطالعات مربوط به سیستم‌های مزوسکوپی اخیراً انجام شده است. شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی، که تمرکز اصلی این جلد است، نشان‌دهنده مهم‌ترین رویکرد نظری به ماکرومولکول‌های مورد علاقه بیولوژیکی است. /p>

The third volume in the series on Computer Simulation of Biomolecular Systems continues with the format introduced in the first volume [1] and elaborated in the second volume [2]. The primary emphasis is on the methodological aspects of simulations, although there are some chapters that present the results obtained for specific systems of biological interest. The focus of this volume has changed somewhat since there are several chapters devoted to structure-based ligand design, which had only a single chapter in the second volume. It seems useful to set the stage for this volume by quoting from my preface to Volume 2 [2]. "The long-range 'goal of molecular approaches to biology is to describe living systems in terms of chemistry and physics. Over the last fifty years great progress has been made in applying the equations representing the underlying physical laws to chemical problems involv­ ing the structures and reactions of small molecules. Corresponding studies of mesoscopic systems have been undertaken much more recently. Molecular dynamics simulations, which are the primary focus of this volume, represent the most important theoretical approach to macromolecules of biological interest." ...