Computational Design of Ligand Binding Proteins

این جلد مجموعه‌ای از پروتکل‌ها و رویکردها را برای ایجاد پروتئین‌های اتصال لیگاند جدید ارائه می‌کند که توسط بسیاری از رهبران امروزی در زمینه مهندسی پروتئین گردآوری و توصیف شده است. فصل‌ها بر روی مدل‌سازی مکان‌های اتصال لیگاند پروتئین، مدل‌سازی دقیق نمونه‌برداری ساختاری پروتئین-لیگاند، امتیازدهی به راه‌حل‌های متصل به فرد، برنامه طراحی مبتنی بر ساختار مانند ROSETTA، مهندسی پروتئین، و رویکردهای روش‌شناختی دیگر تمرکز دارند. نمونه‌هایی از کاربردها عبارتند از طراحی پروتئین‌های اتصال‌دهنده فلزی و پروتئین‌های اتصال لیگاند ناشی از نور، ایجاد پروتئین‌های اتصال که فعالیت کاتالیزوری را نیز نشان می‌دهند، و اتصال لیگاندهای پپتید، پروتئین، DNA و RNA بزرگ‌تر. این فصل‌ها که با فرمت بسیار موفق «روش‌ها در زیست‌شناسی مولکولی» نوشته شده‌اند، شامل مقدمه‌ای بر موضوعات مربوطه، فهرستی از مواد و معرف‌های لازم، پروتکل‌های آزمایشگاهی گام به گام و به راحتی قابل تکرار و نکاتی در مورد عیب‌یابی است. و اجتناب از دام های شناخته شده.

This volume provides a collection of protocols and approaches for the creation of novel ligand binding proteins, compiled and described by many of today's leaders in the field of protein engineering. Chapters focus on modeling protein ligand binding sites, accurate modeling of protein-ligand conformational sampling, scoring of individual docked solutions, structure-based design program such as ROSETTA, protein engineering, and additional methodological approaches. Examples of applications include the design of metal-binding proteins and light-induced ligand binding proteins, the creation of binding proteins that also display catalytic activity, and the binding of larger peptide, protein, DNA and RNA ligands. Written in the highly successful Methods in Molecular Biology series format, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.