Compendio de enzimología

Compendio de enzimología / Enrique Battaner Arias
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Índice
Introducción a la Enzimología
	Notas históricas
		I. Los orígenes
		II. La fermentación alcohólica
	El estudio de la Enzimología
	Bibliografía general
Capítulo 1
Las reacciones químicas: criterios de espontaneidad y cinética
	1.1. ¿En qué circunstancias tiene lugar espontáneamente una reacción?
		1.1.1. El calor absorbido o desprendido en reacciones químicas
		1.1.2. Orden o desorden introducido en un sistema: la entropía
		1.1.3. Trabajo útil potencial en una transformación: la Energía Libre
	1.2. La velocidad de las reacciones químicas
		1.2.1. Velocidad y concentración: orden de reacción y molecularidad
		1.2.2. Velocidad y temperatura: concepto de energía de activación
		1.2.3. Catálisis
			1.2.3.1. Los catalizadores no entran en la ecuación estequiométrica global
			1.2.3.2. Los catalizadores no alteran la posición de equilibrio de la reacción
			1.2.3.3. Los catalizadores modifican la energía de activación
			1.2.3.4. Catálisis homogénea y heterogénea
Capítulo 2
Catálisis enzimática: términos, conceptos y características generales
	2.1. Conceptos y términos
		2.1.1. Enzima
		2.1.2. Substrato
		2.1.3. Centro activo
		2.1.4. Protómero
		2.1.5. Actividad enzimática
		2.1.6. Actividad específica, actividad molecular, número de recambio
		2.1.7. Inhibidor
		2.1.8. Activador
		2.1.9. Coenzima
		2.1.10. Isoenzima
	2.2. Naturaleza química de las enzimas
	2.3. La especificidad de las enzimas
		2.3.1. Especificidad sobre estereoisómeros
		2.3.2. Proquiralidad
		2.3.3. Especificidad relativa
		2.3.4. Especificidad en enzimas multisubstrato
		2.3.5. Especificidad en secuencias de nucleótidos
	2.4. Otros aspectos de la catálisis enzimática
	2.5. Teorías sobre la acción enzimática
Capítulo 3
Clasificación y nomenclatura de las enzimas. Reacciones enzimáticas
	3.1. Principios generales de clasificación y nomenclatura de enzimas
		3.1.1. Nomenclatura
		3.1.2. Clasificación
	3.2. Reacciones enzimáticas
		3.2.1. Grupo 1: Oxidorreductasas
			3.2.1.1. Clasificación sistemática de las oxidorreductasas
			3.2.1.2. Nomenclatura alternativa (recomendada) para las oxidorreductasas
			3.2.1.3. Algunas reacciones enzimáticas catalizadas por oxidorreductasas
				(a) Deshidrogenasas
				(b) Oxidasas
				(c) Peroxidasas
				(d) Oxigenasas (no confundir con Oxidasas)
				(e) Hidroxilasas
				(f) Reductasas
		3.2.2. Grupo 2: Transferasas
			3.2.2.1. Clasificación sistemática de las transferasas
			3.2.2.2. Algunas reacciones enzimáticas catalizadas por transferasas
				(a) Subgrupo 2.1: Transfieren grupos monocarbonados
				(b) Subgrupo 2.4: Glicosil transferasas
				(c) Subgrupo 2.6: transfieren grupos nitrogenados
				(d) Subgrupo 2.7: Fosfotransferasas o kinasas
		3.2.3. Grupo 3: Hidrolasas
			3.2.3.1. Clasificación sistemática de las hidrolasas
				(a) Subgrupo 3.1. Hidrolizan enlaces éster
				(b) Subgrupo 3.2: Glicósido hidrolasas (glicosidasas)
				(c) Subgrupo 3.4: Péptido hidrolasas
					- Serin proteinasas
					- Tiol proteinasas
					- Proteinasas ácidas
					- Metaloproteinasas
				(d) Subgrupo 3.6: Acil anhídrido hidrolasas
		3.2.4. Grupo 4: Liasas
			(a) Subgrupo 4.1: Liasas C-C
				(b) Subgrupo 4.2: Liasas C-O
		3.2.5. Grupo 5: Isomerasas
			3.2.5.1. Clasificación sistemática de las isomerasas
			3.2.5.2. Algunas reacciones enzimáticas catalizadas por isomerasas
				(a) Subgrupo 5.1: Racemasas y epimerasas
				(b) Subgrupo 5.2: Isomerasas cis-trans
				(c) Subgrupo 5.3: Oxidorreductasas intramoleculares
				(d) Subgrupo 5.4: Transferasas intramoleculares (mutasas)
				(e) Subgrupo 5.99: Otras isomerasas
		3.2.6. Grupo 6: Ligasas o Sintetasas
			3.2.6.1. Clasificación sistemática de las ligasas
			3.2.6.2. Algunas reacciones enzimáticas catalizadas por ligasas
				(a) Subgrupo 6.1: Ligasas C-O
				(b) Subgrupo 6.3: Ligasas C-N
				(c) Subgrupo 6.4: Ligasas C-C
Capítulo 4
Coenzimas o cofactores
	4.1. Introducción
	4.2. Coenzimas asociadas a procesos redox
		4.2.1. Coenzimas piridínicas (NAD+, NADP+)
			4.2.1.1. Estructura química y modo de acción
			4.2.1.2. Significación metabólica y fisiológica
			4.2.1.3. Carácter vitamínico
		4.2.2. Coenzimas flavínicas
			4.2.2.1. Estructura química y modo de acción
			4.2.2.2. Flavoproteínas
			4.2.2.3. Carácter vitamínico
		4.2.3. Coenzimas hemínicas
			4.2.3.1. Estructura química y modo de acción
			4.2.3.2. Las peroxidasas
			4.2.3.3. Los citocromos
		4.2.4. Quinonas
			4.2.4.1. Ubiquinona o Coenzima Q
			4.2.4.2. Otras quinonas
		4.2.5. Ácido ascórbico (vitamina C)
			4.2.5.1. Estructura química
			4.2.5.2. Funciones biológicas
		4.2.6. Glutatión
		4.2.7. Otras coenzimas redox
	4.3. Coenzimas asociados a otras reacciones (no redox)
		4.3.1. Tiamina pirofosfato
			4.3.1.1. Estructura química y modo de acción
			4.3.1.2. Carácter vitamínico
		4.3.2. Piridoxal fosfato
			4.3.2.1. Estructura química y modo de acción; metabolismo de aminoácidos
			4.3.2.2. Otras reacciones dependientes de piridoxal fosfato
			4.3.2.3. Carácter vitamínico
		4.3.3. Coenzimas folínicas
			4.3.3.1. Estructura química y modo de acción
			4.3.3.2. Carácter vitamínico
			4.3.3.3. Farmacología asociada al ácido fólico
		4.3.4. Coenzimas cobamídicas
			4.3.4.1. Estructura química
			4.3.4.2. Modo de acción
			4.3.4.3. Carácter vitamínico
		4.3.5. Biotina
			4.3.5.1. Estructura química y modo de acción
			4.3.5.2. Avidina
		4.3.6. S-adenosil metionina
			4.3.6.1. Estructura química
			4.3.6.2. Función metabólica
		4.3.7. Panteteínas
			4.3.7.1. Estructura química
			4.3.7.2. Modo de acción
		4.3.8. Carnitina
		4.3.9. 3’-Fosfoadenosil 5’-fosfosulfato (PAPS)
		4.3.10. Adenosina 5’ trifosfato (ATP)
			(a) Reacciones de transferencia ligadas al ATP
				(b) Suministro de energía para otras reacciones
		4.3.11. Otros nucleótidos que operan como coenzimas
Capítulo 5
Cinética de las reacciones enzimáticas
	5.1. Introducción
		5.1.1. Interés de los estudios cinéticos
		5.1.2. Concepto de velocidad inicial
	5.2. Efecto de la concentración de enzima
	5.3. Efecto de la concentración de substrato
		5.3.1. Estudio cinético de la interacción enzima-substrato
		5.3.2. Mecanismo de Michaelis y Menten
		5.3.3. Concepto de Km
		5.3.4. Concepto de Vmax
		5.3.5. Aproximación de estado estacionario
		5.3.6. Eficiencia catalítica de las enzimas
		5.3.7. Determinación experimental de Km y Vmax
			5.3.7.1. Transformaciones lineales de la ecuación de Michaelis-Menten
	5.4. Efecto del pH sobre la velocidad de las reacciones enzimáticas
		5.4.1. Bases moleculares
		5.4.2. Significado biológico del efecto del pH
	5.5. Efecto de la temperatura sobre las reacciones enzimáticas
		5.5.1. Bases moleculares
		5.5.2. Significado biológico del efecto de la temperatura
Capítulo 6
Inhibición enzimática
	6.1. Concepto e importancia
	6.2. Tipos de inhibidores
		6.2.1. Inhibidores reversibles
		6.2.2. Inhibidores irreversibles
	6.3. Inhibición competitiva
		6.3.1. Cinética de la inhibición competitiva
		6.3.2. Diagnóstico cinético de la inhibición competitiva
		6.3.3. Aspectos estructurales de la inhibición competitiva
		6.3.4. Análogos de estado de transición
		6.3.5. Anticuerpos catalíticos
		6.3.6. Importancia práctica de la inhibición competitiva
	6.4. Otras formas de inhibición reversible
		6.4.1. Inhibición no competitiva
		6.4.2. Inhibición acompetitiva o anticompetitiva
	6.5. Inhibición irreversible
		6.5.1. Generalidades
		6.5.2. Reactivos de grupo -SH
		6.5.3. Metales pesados
		6.5.4. Inhibidores que combinan con cationes esenciales
		6.5.5. Reactivos específicos de grupo y marcadores de afinidad
			6.5.5.1. Organofosfóricos
			6.5.5.2. Marcadores de afinidad
	6.6. Substratos suicidas
		6.6.1. Modo de acción de los antibióticos β-lactámicos
		6.6.2. Resistencia a los antibióticos β-lactámicos: la β-lactamasa
		6.6.3. Otros inhibidores suicidas
Capítulo 7
El Centro Activo enzimático. Mecanismos de la acción enzimática
	7.1. El centro activo
		7.1.1. Concepto
		7.1.2. Pruebas experimentales de la existencia del centro activo
		7.1.3. Número de centros activos
		7.1.4. Aminoácidos y grupos químicos implicados en el centro activo
	7.2. Mecanismos de la acción enzimática
		7.2.1. Efectos de proximidad y orientación
		7.2.2. Catálisis ácido-base
		7.2.3. Grupos nucleófilos y electrófilos
		7.2.4. Formación de intermediarios covalentes con la enzima
		7.2.5. Efectos mecanocuánticos
	7.3. Estudio del centro activo de la quimotripsina
Capítulo 8
Regulación de la actividad enzimática, 1
	8.1. Generalidades
		8.1.1. Tipos de regulación enzimática
			I. Controles sobre la concentración enzimática
				(a). Controles sobre la expresión genética
				(b). Controles sobre la degradación enzimática
			II. Controles sobre la actividad enzimática
				(a). Control alostérico o alosterismo
				(b). Modificación covalente de las enzimas
	8.2. Control por retroalimentación negativa
		8.2.1. Retroalimentación negativa en sistemas enzimáticos
		8.2.2. Características generales del control enzimático por retroalimentación negativa
	8.3. Alosterismo
		8.3.1. Definición
		8.3.2. Pruebas experimentales
		8.3.3. Alosterismo y cooperatividad
			8.3.3.1. Concepto de cooperatividad
			8.3.3.2. Implicaciones estructurales de la existencia de cooperatividad
			8.3.3.3. Efectores positivos y negativos y cooperatividad
			8.3.3.4. Modelo alostérico restringido
		8.3.4. Interpretación cuantitativa del alosterismo
			8.3.4.1. El modelo de Monod, Wyman y Changeux
		8.3.5. La aspartato transcarbamilasa
			8.3.5.1. Comportamiento alostérico de la aspartato transcarbamilasa
			8.3.5.2. Adecuación de la aspartato transcarbamilasa al modelo MWC
		8.3.6. La hemoglobina
			8.3.6.1. Comportamiento alostérico de la hemoglobina
			8.3.6.2. Adecuación de la hemoglobina al modelo MWC
Capítulo 9
Regulación de la actividad enzimática, 2. Modificación covalente de las enzimas. Activaciones proteolíticas
	9.1. Introducción
		9.1.1. Modificación covalente: su importancia biológica
		9.1.2. Formas de modificación covalente
		9.1.3. Concepto de segundo mensajero
			9.1.3.1 Concepto de activación en cascada
	9.2. Regulación de la glucógeno fosforilasa
		9.2.1. Reacción catalizada y formas moleculares de la glucógeno fosforilasa
		9.2.2. Cascada de activación en la glucógeno fosforilasa
		9.2.3. Mecanismos moleculares en el sistema de la glucógeno fosforilasa
			9.2.3.1. Glucógeno fosforilasa
			9.2.3.2. Fosforilasa kinasa
			9.2.3.3. Protein kinasa A
			9.2.3.4. Adenilato ciclasa
			9.2.3.5. Proteínas G
		9.2.4. Otras actividades ligadas al sistema de la glucógeno fosforilasa
			9.2.4.1. Protein fosfatasas
			9.2.4.2. cAMP fosfodiesterasa
			9.2.4.3. Glucógeno sintasa
	9.3. Otros sistemas de fosforilación de proteínas
		9.3.1. Protein kinasas A
		9.3.2. Protein kinasas G
		9.3.3. Protein kinasas C
		9.3.4. Protein kinasas dependientes de calcio-calmodulina
			9.3.4.1. El sistema calcio-calmodulina
			9.3.4.2. Inositolfosfátidos
		9.3.5. Protein tirosin kinasas
	9.4. Otras formas de modificación covalente
		9.4.1. ADP-ribosilación
		9.4.2. Adenilación y Uridilación
	9.5. Activaciones proteolíticas: Zimógenos digestivos
		9.5.1. Pepsina
		9.5.2. Tripsina
		9.5.3. Quimotripsina
	9.6. Activaciones proteolíticas: Coagulación de la sangre
		9.6.1. El proceso de coagulación: generalidades
		9.6.2. Polimerización del fibrinógeno
		9.6.3. Formación de trombina
		9.6.4. Formación del complejo protrombinasa
			9.6.4.1. La vía extrínseca
			9.6.4.2. La vía intrínseca
		9.6.5. Anticoagulantes fisiológicos
Capítulo 10
Enzimas en Medicina
	10.1. Las enzimas en el diagnóstico clínico
		10.1.1. Procedencia de las enzimas séricas
		10.1.2. Alteraciones en la concentración enzimática en suero
			10.1.2.1. Aumentos de la concentración enzimática
			10.1.2.2. Disminuciones en la actividad enzimática
		10.1.3. Estudio de las principales enzimas con interés diagnóstico
			10.1.3.1. Aminotransferasas
			10.1.3.2. Creatinkinasa
			10.1.3.3. Fosfatasa alcalina
			10.1.3.4. γ-Glutamil transferasa
			10.1.3.5. α-Amilasa
			10.1.3.6. Fosfatasa ácida
			10.1.3.7. Lactato deshidrogenasa
	10.2. Enzimas en Terapéutica
		10.2.1. Terapéuticas sustitutivas
		10.2.2. Enzimas en Cirugía
		10.2.3. Trastornos de la circulación
		10.2.4. Trastornos de la coagulación sanguínea
		10.2.5. Enzimas en terapéutica antineoplásica
		10.2.6. Otros usos terapéuticos de enzimas