Compact handbook of computational biology

Cover Page......Page 1
Title: Compact Handbook of  Computational Biology......Page 2
ISBN 0824709829......Page 3
Foreword......Page 4
Contents......Page 6
Contributors......Page 8
Chapter 1: Introduction: Computational Biology in 14 Brief Paragraphs......Page 10
㄀⸀ 䤀一吀刀伀䐀唀䌀吀䤀伀一......Page 16
2. LEADING METAPHORS AND CONCEPTS BEHIND SEQUENCE ANALYSIS......Page 18
2.1. Sequence Hypothesis and the Central Dogma as Inspirations for Sequence Analysis......Page 20
2.2. A Paradigm of Biomolecular Cryptology: Its Strengths and Limitations......Page 22
㈀⸀㈀⸀㄀⸀ 䄀氀瀀栀愀戀攀琀猀......Page 23
2.2.2. Metaphor of Functional Codes is Too Esoteric to be Practical......Page 24
2.2.3. Classification Codes and Functionally Equivalent Sequences......Page 25
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3.3. Sequence Annotation “By Signal” vs. Annotation “By Content”......Page 29
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4.2.1. Discrete Uniform Distribution of Letter Frequencies and Bernoulli Text......Page 38
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6.1. Overlapping and Nonoverlapping Counts of k-Gram Frequencies......Page 45
6.2. Some Statistical Practices of Particular Importance in Sequence Analysis......Page 47
刀䔀䘀䔀刀䔀一䌀䔀匀......Page 49
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2.4.2. Expanding on the Idea of Models—Two more Possible Definitions of Similarity......Page 63
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4.1.2. A Powerful Algorithm for Identifying Dispersed Exact Repeats—KMR......Page 81
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5.2.3. Algorithms for the Special Case of a Known Interval of Distance......Page 94
5.2.4. Extending the Algorithms to Extract Structured Models Having p>2 Parts......Page 100
刀䔀䘀䔀刀䔀一䌀䔀匀......Page 102
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1.2.3. Iterative Multiple Alignment Optimization and Alternative Techniques......Page 124
1.2.4 Evaluation of Multiple Alignment Methods......Page 128
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2. PREDICTING SECONDARY STRUCTURAL FEATURES FROM PROTEIN SEQUENCES......Page 155
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3.1. Prediction of alpha-Helical TM Segments......Page 174
3.3. Prediction of beta-Strand Transmembrane Regions......Page 177
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1.5. Barrel Structures and Beta-Helices......Page 236
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4.2. Sequence-Structure Threading......Page 263
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4.3.2 Specificity Difference in Symmetrical and Asymmetrical Binding......Page 268
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4.1.2. Clusters of Orthologous Groups of Proteins......Page 365
㐀⸀㈀⸀ 䄀氀椀最渀洀攀渀琀 吀漀漀氀猀......Page 368
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6.1. Phylogenetic analysis based on the gene order differences of mitochondrial genomes......Page 427
6.2. Phylogenetic Inferences Based on the Evolutionary Analyses of mtDNA Supergenes......Page 430
7. EVOLUTION OF THE HUMAN MITOCHONDRIAL GENOME......Page 433
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刀䔀䘀䔀刀䔀一䌀䔀匀......Page 447
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B......Page 464
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U......Page 508
V......Page 509
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Appendix 2: A Dictionary of Programs for Sequence Analysis......Page 512
APPENDIX REFERENCES......Page 540
A......Page 546
B......Page 547
C......Page 548
D......Page 550
E......Page 551
F......Page 552
G......Page 553
H......Page 554
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