دسترسی نامحدود
برای کاربرانی که ثبت نام کرده اند
برای ارتباط با ما می توانید از طریق شماره موبایل زیر از طریق تماس و پیامک با ما در ارتباط باشید
در صورت عدم پاسخ گویی از طریق پیامک با پشتیبان در ارتباط باشید
برای کاربرانی که ثبت نام کرده اند
درصورت عدم همخوانی توضیحات با کتاب
از ساعت 7 صبح تا 10 شب
دسته بندی: علم شیمی ویرایش: نویسندگان: Francesco L. Gervasio, Vojtech Spiwok, Raimund Mannhold, Helmut Buschmann, Jörg Holenz سری: Methods and Principles in Medicinal Chemistry ISBN (شابک) : 9783527342655, 9783527342655 ناشر: Wiley-VCH سال نشر: 2019 تعداد صفحات: 357 زبان: English فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) حجم فایل: 8 مگابایت
در صورت تبدیل فایل کتاب Biomolecular Simulations in Structure-Based Drug Discovery به فرمت های PDF، EPUB، AZW3، MOBI و یا DJVU می توانید به پشتیبان اطلاع دهید تا فایل مورد نظر را تبدیل نمایند.
توجه داشته باشید کتاب شبیه سازی بیومولکولی در کشف دارو بر اساس ساختار نسخه زبان اصلی می باشد و کتاب ترجمه شده به فارسی نمی باشد. وبسایت اینترنشنال لایبرری ارائه دهنده کتاب های زبان اصلی می باشد و هیچ گونه کتاب ترجمه شده یا نوشته شده به فارسی را ارائه نمی دهد.
راهنمای استفاده از قدرت ابزارهای شبیهسازی مدرن برای طراحی بهتر دارو شبیهسازیهای بیومولکولی در کشف دارو مبتنی بر ساختار، مروری بهروز و جامع از ابزارهای شبیهسازی مدرن و کاربردهای آنها در کشف دارو در زندگی واقعی را برای بهتر و سریعتر ارائه میدهد. منجر به طراحی دارویی مبتنی بر ساختار می شود. نویسندگان ابزارهای رایج مورد استفاده در شبیهسازی بیومولکولی داروها و اهداف آنها را توصیف میکنند و تحلیلی از دقت پیشبینیها ارائه میدهند. آنها همچنین نشان می دهند که چگونه می توان مدل سازی را با سایر داده های تجربی ادغام کرد. پر از مطالعات موردی متعدد از زمینه های مختلف درمانی، این کتاب به متخصصان کمک می کند تا به سرعت از این روش های جدید برای پروژه های فعلی خود استفاده کنند. کارشناسان صنعت داروسازی و مؤسسات دانشگاهی نمونههای واقعی را برای کلاسهای هدف مهم مانند GPCRs، کانالهای یونی و آمیلوئیدها و همچنین برای چالشهای رایج در کشف دارو مبتنی بر ساختار ارائه میکنند. شبیهسازیهای بیومولکولی در کشف داروی مبتنی بر ساختار منبع مهمی است که: -شامل مروری بر نسل فعلی ابزارهای شبیهسازی بیومولکولی است که از استحکام و سرعتی برخوردار هستند که به آنها اجازه میدهد تا بهعنوان ابزارهای معمول توسط افراد غیرمتخصص استفاده شوند - شامل اطلاعاتی در مورد روشها و استراتژیهای جدید برای مدلسازی تداخلات دارو-هدف در چارچوب کشف و توسعه دارو در زندگی واقعی - مطالعات موردی متعددی را از طیف گستردهای از زمینههای درمانی ارائه میدهد - یک مرجع کاربردی ارائه میدهد که برای کسانی که کار میکنند ایدهآل است. در زمینه های مختلف که برای شیمیدانان دارویی، متخصصان صنعت داروسازی و شیمیدانان دارویی نوشته شده است، شبیه سازی بیومولکولی در کشف داروی مبتنی بر ساختار منبعی جامع برای ابزارهای شبیه سازی مدرن است که مکمل و پتانسیل تکمیل یا جایگزینی سنجش های آزمایشگاهی برای نتایج بهتر است. در طراحی دارو
A guide to applying the power of modern simulation tools to better drug design Biomolecular Simulations in Structure-based Drug Discovery offers an up-to-date and comprehensive review of modern simulation tools and their applications in real-life drug discovery, for better and quicker results in structure-based drug design. The authors describe common tools used in the biomolecular simulation of drugs and their targets and offer an analysis of the accuracy of the predictions. They also show how to integrate modeling with other experimental data. Filled with numerous case studies from different therapeutic fields, the book helps professionals to quickly adopt these new methods for their current projects. Experts from the pharmaceutical industry and academic institutions present real-life examples for important target classes such as GPCRs, ion channels and amyloids as well as for common challenges in structure-based drug discovery. Biomolecular Simulations in Structure-based Drug Discovery is an important resource that: -Contains a review of the current generation of biomolecular simulation tools that have the robustness and speed that allows them to be used as routine tools by non-specialists -Includes information on the novel methods and strategies for the modeling of drug-target interactions within the framework of real-life drug discovery and development -Offers numerous illustrative case studies from a wide-range of therapeutic fields -Presents an application-oriented reference that is ideal for those working in the various fields Written for medicinal chemists, professionals in the pharmaceutical industry, and pharmaceutical chemists, Biomolecular Simulations in Structure-based Drug Discovery is a comprehensive resource to modern simulation tools that complement and have the potential to complement or replace laboratory assays for better results in drug design.
Content: Cover
Title Page
Copyright
Contents
Foreword
Part I Principles
Chapter 1 Predictive Power of Biomolecular Simulations
1.1 Design of Biomolecular Simulations
1.2 Collective Variables and Trajectory Clustering
1.3 Accuracy of Biomolecular Simulations
1.4 Sampling
1.5 Binding Free Energy
1.6 Convergence of Free Energy Estimates
1.7 Future Outlook
References
Chapter 2 Molecular Dynamics-Based Approaches Describing Protein Binding
2.1 Introduction
2.1.1 Protein Binding: Molecular Dynamics Versus Docking
2.1.2 Molecular Dynamics --
The Current State of the Art 2.2 Protein-Protein Binding2.3 Protein-Peptide Binding
2.4 Protein-Ligand Binding
2.5 Future Directions
2.5.1 Modeling of Cation-p Interactions
2.6 Grand Challenges
References
Part II Advanced Algorithms
Chapter 3 Modeling Ligand-Target Binding with Enhanced Sampling Simulations
3.1 Introduction
3.2 The Limits of Molecular Dynamics
3.3 Tempering Methods
3.4 Multiple Replica Methods
3.5 Endpoint Methods
3.5.1 Alchemical Methods
3.6 Collective Variable-Based Methods
3.6.1 Metadynamics
3.7 Binding Kinetics
3.8 Conclusions
References
Chapter 4 Markov State Models in Drug Design 4.1 Introduction4.2 Markov State Models
4.2.1 MD Simulations
4.2.2 The Molecular Ensemble
4.2.3 The Propagator
4.2.4 The Dominant Eigenspace
4.2.5 The Markov State Model
4.3 Microstates
4.4 Long-Lived Conformations
4.5 Transition Paths
4.6 Outlook
Acknowledgments
References
Chapter 5 Monte Carlo Techniques for Drug Design: The Success Case of PELE
5.1 Introduction
5.1.1 First Applications
5.1.2 Free Energy Calculations
5.1.3 Optimization
5.1.4 MC and MD Combinations
5.2 The PELE Method
5.2.1 MC Sampling Procedure
5.2.2 Ligand Perturbation
5.2.3 Receptor Perturbation 5.2.4 Side-Chain Adjustment5.2.5 Minimization
5.2.6 Coordinate Exploration
5.2.7 Energy Function
5.3 Examples of PELE's Applications
5.3.1 Mapping Protein Ligand and Biomedical Studies
5.3.2 Enzyme Characterization
Acknowledgments
References
Chapter 6 Understanding the Structure and Dynamics of Peptides and Proteins Through the Lens of Network Science
6.1 Insight into the Rise of Network Science
6.2 Networks of Protein Structures: Topological Features and Applications
6.2.1 Topological Features and Analysis of Networks: A Brief Overview 6.2.2 Centrality Measures and Protein Structures6.2.3 Software
6.3 Networks of Protein Dynamics: Merging Molecular Simulation Methods and Network Theory
6.3.1 Molecular Simulations: A Brief Overview
6.3.2 How Can Network Science Help in the Analysis of Molecular Simulations?
6.3.3 Software
6.4 Coarse-Graining and Elastic Network Models: Understanding Protein Dynamics with Networks
6.4.1 Coarse-Graining: A Brief Overview
6.4.2 Elastic Network Models: General Principles
6.4.3 Elastic Network Models: The Design of Residue Interaction Networks