Bioinformatics for Evolutionary Biologists: A Problems Approach

این کتاب درسی مستقل، جنبه‌های اساسی تحلیل توالی در زیست‌شناسی تکاملی، از جمله هم‌ترازی توالی، بازسازی فیلوژنی، و شبیه‌سازی ادغام را پوشش می‌دهد. این جنبه‌ها را از طریق مجموعه‌ای از بیش از 400 مشکل رایانه‌ای، از سطح ابتدایی تا سطح تحقیقاتی برای امکان‌پذیر کردن یادگیری از طریق انجام، بررسی می‌کند. دانش آموزان مسائل را در همان محیط محاسباتی مورد استفاده برای دهه ها در علم حل می کنند - خط فرمان یونیکس. این در هر سه سیستم عامل اصلی برای رایانه های شخصی موجود است: Microsoft Windows، Mac-OSX و Linux. برای یادگیری استفاده از این سیستم قدرتمند، دانش‌آموزان داده‌های توالی نمونه را با استفاده از ابزارهای عمومی، نرم‌افزار بیوانفورماتیک و بیش از 40 برنامه به‌طور اختصاصی برای این دوره تحلیل می‌کنند. راه‌حل‌هایی برای همه مشکلات گنجانده شده است، که کتاب را برای مطالعه شخصی ایده‌آل می‌کند. مسائل در بخش هایی با مقدمه و فهرستی از مفاهیم و برنامه های جدید دسته بندی می شوند. این کتاب با استفاده از محاسبات عملی برای کشف مفاهیم تکاملی و داده‌های توالی، خوانندگان را قادر می‌سازد تا با مشکلات محاسباتی خود مقابله کنند.

This self-contained textbook covers fundamental aspects of sequence analysis in evolutionary biology, including sequence alignment, phylogeny reconstruction, and coalescent simulation. It addresses these aspects through a series of over 400 computer problems, ranging from elementary to research level to enable learning by doing. Students solve the problems in the same computational environment used for decades in science – the UNIX command line. This is available on all three major operating systems for PCs: Microsoft Windows, Mac-OSX, and Linux. To learn using this powerful system, students analyze sample sequence data by applying generic tools, bioinformatics software, and over 40 programs specifically written for this course. The solutions for all problems are included, making the book ideal for self-study. Problems are grouped into sections headed by an introduction and a list of new concepts and programs. By using practical computing to explore evolutionary concepts and sequence data, the book enables readers to tackle their own computational problems.