برای ارتباط با ما می توانید از طریق شماره موبایل زیر از طریق تماس و پیامک با ما در ارتباط باشید

09117307688
09117179751

در صورت عدم پاسخ گویی از طریق پیامک با پشتیبان در ارتباط باشید

دسترسی نامحدود

برای کاربرانی که ثبت نام کرده اند

ضمانت بازگشت وجه

درصورت عدم همخوانی توضیحات با کتاب

پشتیبانی

از ساعت 7 صبح تا 10 شب

دانلود کتاب Analysis and Enumeration: Algorithms for Biological Graphs

دانلود کتاب تجزیه و تحلیل و شمارش: الگوریتم برای نمودارهای بیولوژیکی

مشخصات کتاب

Analysis and Enumeration: Algorithms for Biological Graphs

دسته بندی: زیست شناسی
ویرایش:  
نویسندگان: Andrea Marino  
سری: Atlantis Studies in Computing 
ISBN (شابک) : 9462390967, 9789462390966 
ناشر: Atlantis Press 
سال نشر: 2015 
تعداد صفحات: 158 
زبان: English 
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 4 مگابایت

قیمت کتاب (تومان) : 37,000

کلمات کلیدی مربوط به کتاب تجزیه و تحلیل و شمارش: الگوریتم برای نمودارهای بیولوژیکی: تحلیل الگوریتم و پیچیدگی مسئله، داده کاوی و کشف دانش، زیست شناسی محاسباتی/بیوانفورماتیک

میانگین امتیاز به این کتاب :
تعداد امتیاز دهندگان : 16

در صورت تبدیل فایل کتاب Analysis and Enumeration: Algorithms for Biological Graphs به فرمت های PDF، EPUB، AZW3، MOBI و یا DJVU می توانید به پشتیبان اطلاع دهید تا فایل مورد نظر را تبدیل نمایند.

توجه داشته باشید کتاب تجزیه و تحلیل و شمارش: الگوریتم برای نمودارهای بیولوژیکی نسخه زبان اصلی می باشد و کتاب ترجمه شده به فارسی نمی باشد. وبسایت اینترنشنال لایبرری ارائه دهنده کتاب های زبان اصلی می باشد و هیچ گونه کتاب ترجمه شده یا نوشته شده به فارسی را ارائه نمی دهد.

توضیحاتی در مورد کتاب تجزیه و تحلیل و شمارش: الگوریتم برای نمودارهای بیولوژیکی

در این کار ما قصد داریم تکنیک‌های اصلی الگوریتم‌های شمارش را بازبینی کنیم و چهار نمونه از الگوریتم‌های شمارش را نشان دهیم که می‌توانند برای مقابله موثر با برخی مشکلات بیولوژیکی که با استفاده از شبکه‌های بیولوژیکی مدل‌سازی شده‌اند، به کار روند: شمارش گره‌های مرکزی و پیرامونی یک شبکه، شمارش داستان‌ها، شمارش مسیرها یا چرخه ها و شمارش حباب ها. توجه داشته باشید که مشکلات محاسباتی مربوطه که ما تعریف می‌کنیم، بیشتر مورد توجه قرار می‌گیرند و نتایج ما در مورد نمودارهای دلخواه صادق است. شمارش تمام بیشترین و کمتر رئوس مرکزی در یک شبکه با توجه به خروج از مرکز آنها نمونه ای از یک مسئله شمارش است که راه حل های آن چند جمله ای هستند و می توانند در زمان چند جمله ای، اغلب در زمان خطی یا تقریبا خطی در عمل فهرست شوند. شمارش داستان‌ها، یعنی تمام زیرگراف‌های غیر چرخه‌ای جهت‌دار حداکثری یک گراف G که منابع و اهداف آن متعلق به زیرمجموعه‌ای از پیش تعریف‌شده از رئوس هستند، از سوی دیگر نمونه‌ای از یک مسئله شمارش با تعداد نمایی راه‌حل است که می‌توان با استفاده از آن حل کرد. یک رویکرد brute-force غیر پیش پا افتاده. با توجه به یک شبکه متابولیک، هر داستان جداگانه باید توضیح دهد که چگونه برخی از متابولیت‌های جالب از طریق زنجیره‌ای از واکنش‌ها از برخی متابولیت‌های دیگر مشتق می‌شوند، با حفظ تمام مسیرهای جایگزین بین منابع و اهداف. شمارش چرخه ها یا مسیرها در یک گراف بدون جهت، مانند یک شبکه بدون جهت برهمکنش پروتئین-پروتئین، نمونه ای از یک مسئله شمارش است که در آن همه راه حل ها می توانند از طریق یک الگوریتم بهینه فهرست شوند، یعنی زمان مورد نیاز برای فهرست کردن همه راه حل ها غالب است. زمان خواندن نمودار به اضافه زمان لازم برای چاپ همه آنها. با گسترش این نتیجه به گراف های جهت دار، می توان به طور موثرتری با حلقه های بازخورد و تجزیه و تحلیل مسیرهای علامت دار در گراف های علامت دار یا دارای تعامل، مانند شبکه های تنظیم کننده ژن، برخورد کرد. در نهایت، شمارش دهانه ها یا حباب ها با منبع s در یک گراف جهت دار، که شامل شمارش تمام دو مسیر مستقیم رأس ناهمگون بین منبع s و همه اهداف ممکن است، نمونه ای از یک مسئله شمارش است که در آن همه راه حل ها می توانند فهرست شده از طریق یک الگوریتم تاخیر خطی، به این معنی که تاخیر بین هر دو راه حل متوالی خطی است، با تبدیل مسئله به یک مشکل شمارش چرخه محدود. چنین الگوهایی، در نمودار دی بروژن نمایش داده های بدست آمده توسط توالی یابی، به پلی مورفیسم در داده های DNA- یا RNA-seq مربوط می شوند.

توضیحاتی درمورد کتاب به خارجی

In this work we plan to revise the main techniques for enumeration algorithms and to show four examples of enumeration algorithms that can be applied to efficiently deal with some biological problems modelled by using biological networks: enumerating central and peripheral nodes of a network, enumerating stories, enumerating paths or cycles, and enumerating bubbles. Notice that the corresponding computational problems we define are of more general interest and our results hold in the case of arbitrary graphs. Enumerating all the most and less central vertices in a network according to their eccentricity is an example of an enumeration problem whose solutions are polynomial and can be listed in polynomial time, very often in linear or almost linear time in practice. Enumerating stories, i.e. all maximal directed acyclic subgraphs of a graph G whose sources and targets belong to a predefined subset of the vertices, is on the other hand an example of an enumeration problem with an exponential number of solutions, that can be solved by using a non trivial brute-force approach. Given a metabolic network, each individual story should explain how some interesting metabolites are derived from some others through a chain of reactions, by keeping all alternative pathways between sources and targets. Enumerating cycles or paths in an undirected graph, such as a protein-protein interaction undirected network, is an example of an enumeration problem in which all the solutions can be listed through an optimal algorithm, i.e. the time required to list all the solutions is dominated by the time to read the graph plus the time required to print all of them. By extending this result to directed graphs, it would be possible to deal more efficiently with feedback loops and signed paths analysis in signed or interaction directed graphs, such as gene regulatory networks. Finally, enumerating mouths or bubbles with a source s in a directed graph, that is enumerating all the two vertex-disjoint directed paths between the source s and all the possible targets, is an example of an enumeration problem in which all the solutions can be listed through a linear delay algorithm, meaning that the delay between any two consecutive solutions is linear, by turning the problem into a constrained cycle enumeration problem. Such patterns, in a de Bruijn graph representation of the reads obtained by sequencing, are related to polymorphisms in DNA- or RNA-seq data.

فهرست مطالب

Front Matter....Pages i-xvii
Introduction....Pages 1-9
Front Matter....Pages 11-11
Enumeration Algorithms....Pages 13-35
An Application: Biological Graph Analysis....Pages 37-44
Front Matter....Pages 45-45
Telling Stories: Enumerating Maximal Directed Acyclic Graphs with Constrained Set of Sources and Targets....Pages 47-63
Enumerating Bubbles: Listing Pairs of Vertex Disjoint Paths....Pages 65-77
Enumerating Cycles and (s, t)-Paths in Undirected Graphs....Pages 79-105
Front Matter....Pages 107-107
Enumerating Diametral and Radial Vertices and Computing Diameter and Radius of a Graph....Pages 109-138
Conclusions....Pages 139-140
Back Matter....Pages 141-151