Data Analytics for Protein Crystallization

ویرایش: 1 
نویسندگان: Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün (auth.)  
سری: Computational Biology 25 
ISBN (شابک) : 9783319589367, 9783319589374 
ناشر: Springer International Publishing 
سال نشر: 2017 
تعداد صفحات: 245 
زبان: English 
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 7 مگابایت 

قیمت کتاب (تومان) : 33,000



این متن/مرجع منحصربه‌فرد مروری بر جنبه‌های محاسباتی کریستالیزاسیون پروتئین ارائه می‌کند و نحوه ساخت سیستم‌های تجزیه و تحلیل تبلور و توان عملیاتی رباتیک را شرح می‌دهد. این پوشش شامل چرخه تجزیه و تحلیل کامل داده‌ها، از جمله تنظیم صفحه‌ها با تجزیه و تحلیل آزمایش‌های کریستالیزاسیون قبلی، طبقه‌بندی تصاویر آزمایشی تبلور با استخراج ویژگی موثر، تجزیه و تحلیل رشد کریستال در تصاویر سری‌های زمانی، تقسیم‌بندی نواحی کریستالی در تصاویر است. ، استفاده از روش های انباشته کانونی برای تصاویر کریستالیزاسیون، و تجسم آزمایشات.

موضوعات و ویژگی ها: اصول کریستالیزاسیون پروتئین، و امتیازدهی و طبقه بندی آزمایشات تصویر تبلور را شرح می دهد. گزیده ای از روش های محاسباتی برای غربالگری کریستالیزاسیون پروتئین و معماری سخت افزاری و نرم افزاری را برای یک سیستم پایه با توان عملیاتی بالا معرفی می کند. یک نمای کلی از ویژگی های تصویر مورد استفاده در طبقه بندی کریستالیزاسیون پروتئین و تجزیه و تحلیل مکانی-زمانی رشد کریستال پروتئین را ارائه می دهد. تکنیک‌های انباشتگی کانونی را برای جلوگیری از تار شدن تصاویر تبلور، و روش‌های مختلف آستانه‌گذاری برای دوتایی یا تقسیم‌بندی بررسی می‌کند. روش‌های تجسم و نرم‌افزار برای تجزیه و تحلیل تبلور پروتئین را مورد بحث قرار می‌دهد و روش‌های جایگزین پراش اشعه ایکس را برای به دست آوردن اطلاعات ساختاری مرور می‌کند. مروری بر چالش‌های فعلی و روندهای بالقوه آینده در تبلور پروتئین ارائه می‌کند. و اجزای تجزیه و تحلیل داده های تبلور پروتئین برای جامعه زیست شناسی ساختاری، علاوه بر دانشمندان کامپیوتری که مایل به ورود به حوزه تبلور پروتئین هستند.

This unique text/reference presents an overview of the computational aspects of protein crystallization, describing how to build robotic high-throughput and crystallization analysis systems. The coverage encompasses the complete data analysis cycle, including the set-up of screens by analyzing prior crystallization trials, the classification of crystallization trial images by effective feature extraction, the analysis of crystal growth in time series images, the segmentation of crystal regions in images, the application of focal stacking methods for crystallization images, and the visualization of trials.

Topics and features: describes the fundamentals of protein crystallization, and the scoring and categorization of crystallization image trials; introduces a selection of computational methods for protein crystallization screening, and the hardware and software architecture for a basic high-throughput system; presents an overview of the image features used in protein crystallization classification, and a spatio-temporal analysis of protein crystal growth; examines focal stacking techniques to avoid blurred crystallization images, and different thresholding methods for binarization or segmentation; discusses visualization methods and software for protein crystallization analysis, and reviews alternative methods to X-ray diffraction for obtaining structural information; provides an overview of the current challenges and potential future trends in protein crystallization.

This interdisciplinary work serves as an essential reference on the computational and data analytics components of protein crystallization for the structural biology community, in addition to computer scientists wishing to enter the field of protein crystallization.

Front Matter ....Pages i-xx
 Introduction to Protein Crystallization  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 1-20
 Scoring and Phases of Crystallization  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 21-32
 Computational Methods for Protein Crystallization Screening  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 33-56
 Robotic Image Acquisition  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 57-81
 Classification of Crystallization Trial Images  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 83-123
 Crystal Growth Analysis  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 125-149
 Focal Stacking for Crystallization Microscopy  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 151-176
 Crystal Image Region Segmentation  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 177-197
 Visualization  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 199-210
 Other Structure Determination Methods  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 211-222
 Future of Computational Protein Crystallization  (Marc L. Pusey, Ramazan Savaş Aygün)....Pages 223-226
Back Matter ....Pages 227-231