État sanitaire entre Ancien Régime et révolution industrielle: Étude paléoépidemiologique de deux populations provençales

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Table des matières
Liste des figures
Liste des tableaux
Summary
	Introduction
	Material
	Methods
		Biological profile
		Dental health
		Stress markers and metabolic diseases
		The paleoepidemiological and contextualised approach
	Results and discussion
		Common features
			Characterisation of health status
			About rickets during the Industrial Revolution
		Differences between early and late modern samples
			Dental caries and wear : changes in diet
			Dental enamel hypoplasia : poor diet and infectious environment
	Conclusion
1. Introduction
	1.1. Vers une archéologie des périodes modernes et contemporaines ?
		1.1.1. Naissance et affirmation de l’archéologie des temps récents
		1.1.2. Archéologie et anthropologie de la mort récente
	1.2. Vers une anthropologie de la santé ?
		1.2.1. État de santé et état sanitaire
		1.2.2. État sanitaire, stress biologique et pathologie
	1.3. La problématique
2. Présentation des sites archéologiques
	2.1. Choix des contextes étudiés
	2.2. Le cimetière Saint-Jacques à La Ciotat : 1581–1831
		2.2.1. La ville de La Ciotat de la fin du Moyen Âge à la révolution industrielle
			2.2.1.1. Essor et prospérité des XVIe et XVIIe siècles
				2.2.1.1.1. Commerce maritime
				2.2.1.1.2. Chantier de construction navale
			2.2.1.2. Le déclin du XVIIIe siècle
			2.2.1.3. Le XIXe siècle : La reprise
		2.2.2. Le cimetière Saint-Jacques
			2.2.2.1. Le projet de fouille
			2.2.2.2. Implantation et évolution du cimetière
				2.2.2.2.1. Phase 1 : 1581-1640
				2.2.2.2.2. Phase 2 : 1640-1710
				2.2.2.2.3. Phase 3 : 1710-1831
	2.3. Le cimetière des Crottes à Marseille : 1784-1905
		2.3.1. La ville de Marseille de la veille de la Révolution au début du xxe siècle
			2.3.1.1. L’héritage du XVIIIe siècle
			2.3.1.2. Révolution française et Ier Empire : Période de crise
			2.3.1.3. Mutations et révolution industrielle
				2.3.1.3.1. De la ville de négoce a la ville industrielle
				2.3.1.3.2. L’expansion démographique et urbaine
		2.3.2. Du hameau au quartier des Crottes
			2.3.2.1. Évolution du quartier
			2.3.2.2. Le projet de fouille
			2.3.2.3. Implantation et évolution du cimetière des Crottes
				2.3.2.3.1. Phase 1 : 1784-1837
				2.3.2.3.2. Phase 2 : 1837-1852
				2.3.2.3.3. Phase 3 : 1852-1866
				2.3.2.3.4. Phase 4 : 1866-1905
	2.4. Constitution des échantillons
		2.4.1. L’échantillon retenu
		2.4.2. Des échantillons représentatifs de la population vivante et inhumée ?
			2.4.2.1. Biais de l’échantillon
			2.4.2.2. Biais de la paléoépidémiologie
			2.4.2.3. Des échantillons pertinents
3. Méthodes
	3.1. Le profil biologique des individus
		3.1.1. Les individus immatures : Estimation de l’âge au décès
			3.1.1.1. L’âge dentaire
			3.1.1.2. L’âge osseux
				3.1.1.2.1. La croissance osseuse
				3.1.1.2.2. La maturation osseuse
			3.1.1.3. Les classes d’âge retenues
		3.1.2. Les individus adultes : Estimation de l’âge au décès
			3.1.2.1. La sénescence : Méthodes sélectionnées et démarche adoptée
			3.1.2.2. Maturation osseuse et adultes jeunes
			3.1.2.3. Les classes d’âge retenues
		3.1.3. Les individus adultes : Détermination du sexe
			3.1.3.1. La diagnose sexuelle primaire
			3.1.3.2. La diagnose sexuelle secondaire
				3.1.3.2.1. Principe et choix des données
				3.1.3.2.2. Préparation des données
				3.1.3.2.3. Les analyses discriminantes
				3.1.3.2.4. L’attribution du sexe
	3.2. Les indicateurs dentaires de l’état sanitaire
		3.2.1. L’usure
			3.2.1.1. Intérêt en anthropologie
			3.2.1.2. Protocole de cotation : Usure masticatoire
			3.2.1.3. Protocole de cotation : Usure para masticatoire
		3.2.2. Les pertes ante mortem
			3.2.2.1. Étiologies et intérêt en anthropologie
			3.2.2.2. Protocole de cotation
		3.2.3. Les caries
			3.2.3.1. Étiologies et intérêt en anthropologie
			3.2.3.2. Protocole de cotation
			3.2.3.3. Calcul des fréquences et calibration
		3.2.4. Les atteintes périapicales
			3.2.4.1. Étiologies et intérêt en anthropologie
			3.2.4.2. Protocole de cotation
		3.2.5. Le tartre
			3.2.5.1. Étiologies et intérêt en anthropologie
			3.2.5.2. Protocole de cotation
		3.2.6. La parodontose et la résorption de l’os alvéolaire
			3.2.6.1. Définition et intérêt en anthropologie
			3.2.6.2. Protocole de cotation
	3.3. Les marqueurs aspécifiques de stress biologique
		3.3.1. Les hypoplasies de l’émail dentaire
			3.3.1.1. Étiologies et intérêt en anthropologie
			3.3.1.2. Protocole de cotation
		3.3.2. L’hyperostose poreuse du crâne
			3.3.2.1. Étiologies et intérêt en anthropologie
			3.3.2.2. Protocole de cotation
		3.3.3. La cribra orbitalia
			3.3.3.1. Étiologies et intérêt en anthropologie
			3.3.3.2. Protocole de cotation
	3.4. Les maladies métaboliques
		3.4.1. Carences en vitamine D : Étiologies et intérêt en anthropologie
			3.4.1.1. Le rachitisme
				3.4.1.1.1. Le rachitisme chez l’enfant : Critères diagnostiques retenus
				3.4.1.1.2. Le rachitisme résiduel chez l’adulte : Critères diagnostiques retenus
			3.4.1.2. L’ostéomalacie
		3.4.2. Carences en vitamine C : Scorbut
			3.4.2.1. Étiologie et conséquences
			3.4.2.2. Intérêt en anthropologie
			3.4.2.3. Les critères diagnostiques retenus
	3.5. Orientation des analyses : La démarche paléoépidémiologique
		3.5.1. Les fréquences lésionnelles
			3.5.1.1. Calcul des fréquences
			3.5.1.2. Calcul des prévalences
			3.5.1.3. Comparaison des fréquences et prévalences lésionnelles
		3.5.2. La caractérisation des lésions
			3.5.2.1. Données qualitatives
			3.5.2.2. Données quantitatives
				3.5.2.2.1. Comparaison de moyennes
				3.5.2.2.2. Les tests de corrélation
4. Caractérisation de l’échantillon du cimetière Saint-Jacques à La Ciotat : 1581-1831
	4.1. L’usure dentaire
		4.1.1. Analyse par dent
		4.1.2. Analyse par individu
		4.1.3. Synthèse
	4.2. Les pertes ante mortem
		4.2.1. Analyse par dent
		4.2.2. Analyse par individu
			4.2.2.1. Prévalence des individus atteints de pertes ante mortem
			4.2.2.2. Proportion de dents perdues ante mortem par individu
		4.2.3. Synthèse
	4.3. Les caries dentaires
		4.3.1. Analyse par dent
			4.3.1.1. Les dents permanentes
				4.3.1.1.1. Fréquences
				4.3.1.1.2. Caractérisation des caries
			4.3.1.2. Les dents lactéales
				4.3.1.2.1. Fréquence
				4.3.1.2.2. Caractérisation des caries
		4.3.2. Analyse par individu
			4.3.2.1. Prévalence des individus atteints de caries
			4.3.2.2. Sévérité des caries par individu
		4.3.3. Synthèse
	4.4. Les lésions périapicales
		4.4.1. Analyse par dent
			4.4.1.1. Les dents permanentes
				4.4.1.1.1. Dénombrement
				4.4.1.1.2. Caractérisation des lésions
			4.4.1.2. Les dents lactéales
		4.4.2. Analyse par individu
			4.4.2.1. Prévalence des individus atteints de lésions périapicales
			4.4.2.2. Nombre de lésions périapicales par individu
		4.4.3. Synthèse
	4.5. Le tartre
		4.5.1. Analyse par dent
			4.5.1.1. Les dents permanentes
				4.5.1.1.1. Dénombrement
				4.5.1.1.2. Caractérisation des dépôts de tartre
			4.5.1.2. Les dents lactéales
				4.5.1.2.1. Dénombrement
				4.5.1.2.2. Caractérisation des dépôts de tartre
		4.5.2. Analyse par individu
			4.5.2.1. Prévalence des individus atteints de tartre
			4.5.2.2. Sévérité des dépôts de tartre par individu
		4.5.3. Synthèse
	4.6. La parodontose et l’alvéolyse
		4.6.1. Analyse par dent
			4.6.1.1. Les dents permanentes
				4.6.1.1.1. Dénombrement
				4.5.1.1.2. Caractérisation des atteintes
			4.6.1.2. Les dents lactéales
		4.6.2. Analyse par individu
			4.6.2.1. Prévalence des individus atteints de parodontose
			4.6.2.2. Sévérité de la parodontose par individu
		4.6.3. Synthèse
	4.7. Analyses croisées des différentes pathologies dentaires
	4.8. Les hypoplasies de l’émail dentaire
		4.8.1. Analyse par dent
			4.8.1.1. Dénombrement
			4.8.1.2. Caractérisation des hypoplasies de l’émail dentaire
			4.8.1.3. Caractérisation des épisodes de stress : les hypoplasies linéaires de l’émail dentaire
		4.8.2. Analyse par individu
			4.8.2.1. Prévalence des individus atteints d’hypoplasies de l’émail dentaire
			4.8.2.2. Caractéristiques des atteintes par individu
			4.8.2.3. Les hypoplasies linéaires de l’émail dentaire et épisodes de stress
		4.8.3. Synthèse
	4.9. L’hyperostose poreuse du crâne
		4.9.1. Analyse par os
			4.9.1.1. Dénombrement
			4.9.1.2. Caractérisation des lésions
		4.9.2. Analyse par individu
		4.9.3. Synthèse
	4.10. La cribra orbitalia
		4.10.1. Analyse par orbite
			4.10.1.1. Dénombrement
			4.10.1.2. Caractérisation des atteintes
		4.10.2. Analyse par individu
		4.10.3. Synthèse
	4.11. Le rachitisme
		4.11.1. Les individus immatures
			4.11.1.1. Les critères diagnostiques
			4.11.1.2. Prévalence des individus atteints de rachitisme
		4.11.2. Les adultes
		4.11.3. Les phases d’inhumation
	4.12. L’ostéomalacie
	4.13. Le scorbut
		4.13.1. Les individus immatures
			4.13.1.1. Les critères diagnostiques
			4.13.1.2. Prévalences des individus atteints de scorbut
		4.13.2. Les adultes
		4.13.3. Les phases d’inhumation
	4.14. Synthèse générale
5. Caractérisation de la série du cimetière
	5.1. L’usure dentaire
		5.1.1. Analyse par dent
		5.1.2. Analyse par individu
		5.1.3. Synthèse
	5.2. Les pertes ante mortem
		5.2.1. Analyse par dent
			5.2.1.1. Les dents permanentes
			5.2.1.2. Les dents lactéales
		5.2.2. Analyse par individu
			5.2.2.1. Prévalence des individus atteints de pertes ante mortem
			5.2.2.2. Proportion de dents perdues ante mortem par individu
		5.2.3. Synthèse
	5.3. Les caries dentaires
		5.3.1. Analyse par dent
			5.3.1.1. Les dents permanentes
				5.3.1.1.1. Dénombrement
				5.3.1.1.2. Caractérisation des caries
			5.3.1.2. Les dents lactéales
				5.3.1.2.1. Dénombrement
				5.3.1.2.2. Caractérisation des caries
		5.3.2. Analyse par individu
			5.3.2.1. Prévalence des individus atteints de caries
			5.3.2.2. Sévérité des caries par individu
		5.3.3. Synthèse
	5.4. Les lésions périapicales
		5.4.1. Analyse par dent
			5.4.1.1. Les dents permanentes
				5.4.1.1.1. Dénombrement
				5.4.1.1.2. Caractérisation des lésions
			5.4.1.2. Les dents lactéales
		5.4.2. Analyse par individu
			5.4.2.1. Prévalence des individus atteints de lésions périapicales
			5.4.2.2. Nombre de lésions périapicales par individu
		5.4.3. Synthèse
	5.5. Le tartre
		5.5.1. Analyse par dent
			5.5.1.1. Les dents permanentes
				5.5.1.1.1. Dénombrement
				5.5.1.1.2. Caractérisation des dépôts de tartre
			5.5.1.2. Les dents lactéales
		5.5.2. Analyse par individu
			5.5.2.1. Prévalence des individus atteints de tartre
			5.5.2.2. Sévérité des dépôts de tartre par individu
		5.5.3. Synthèse
	5.6. La parodontose et l’alvéolyse
		5.6.1. Analyse par dent
			5.6.1.1. Les dents permanentes
				5.6.1.1.1. Dénombrement
				5.6.1.1.2. Caractérisation des atteintes
			5.6.1.2. Les dents lactéales
		5.6.2. Analyse par individu
			5.6.2.1. Prévalence des individus atteints de parodontose
			5.6.2.2. Sévérité de la parodontose par individu
		5.6.3. Synthèse
	5.7. Analyses croisées des différentes pathologies dentaires
	5.8. Les hypoplasies de l’émail dentaire
		5.8.1. Analyse par dent
			5.8.1.1. Les dents définitives
				5.8.1.1.1. Dénombrement
				5.8.1.1.2. Caractérisation des hypoplasies de l’émail dentaire
				5.8.1.1.3. Caractérisation des épisodes de stress : les hypoplasies linéaires de l’émail dentaire
			5.8.1.2. Les dents lactéales
		5.8.2. Analyse par individu
			5.8.2.1. Prévalence des individus atteints d’hypoplasies de l’émail dentaire
			5.8.2.2. Caractéristiques des atteintes par individu
			5.8.2.3. Les hypoplasies linéaires de l’émail dentaire et épisodes de stress
		5.8.3. Synthèse
	5.9. L’hyperostose poreuse du crâne
		5.9.1. Analyse par os
			5.9.1.1. Dénombrement
			5.9.1.2. Caractérisation des atteintes
		5.9.2. Analyse par individu
		5.9.3. Synthèse
	5.10. La cribra orbitalia
		5.10.1. Analyse par orbite
			5.10.1.1. Dénombrement
			5.10.1.2. Caractérisation des atteintes
		5.10.2. Analyse par individu
		5.10.3. Synthèse
	5.11. Le rachitisme
		5.11.1. Les individus immatures
			5.11.1.1. Les critères diagnostiques
			5.11.1.2. Prévalences des individus atteints de rachitisme
		5.11.2. Les adultes
		5.11.3. Les phases d’inhumation
	5.12. L’ostéomalacie
	5.13. Le scorbut
		5.13.1. Les individus immatures
			5.13.1.1. Les critères diagnostiques
			5.13.1.2. Prévalences des individus atteints de scorbut
		5.13.2. Les phases d’inhumation
	5.14. Synthèse générale
6. Analyse comparative
	6.1. L’usure dentaire
		6.1.1. Prévalence de l’usure dentaire
		6.1.2. Sévérité de l’usure dentaire par individu
		6.1.3. Évolution de la sévérité de l’usure dentaire
	6.2. Les pertes ante mortem
		6.2.1. Analyse par dent
			6.2.1.1. Les dents définitives
			6.2.1.2. Les dents lactéales
		6.2.2. Analyse par individu
			6.2.2.1. Prévalence des pertes ante mortem
			6.2.2.2. Proportion de dents perdues ante mortem par individu
	6.3. Les caries dentaires
		6.3.1. Analyse par dent
			6.3.1.1. Fréquence des caries
				6.3.1.1.1. Les dents définitives
				6.3.1.1.2. Les dents lactéales
			6.3.1.2. Type de caries 
				6.3.1.2.1. Les dents permanentes
				6.3.1.2.2. Les dents lactéales
				6.3.1.2.3. Évolution du type de carie coronaire
		6.3.2. Analyse par individu
			6.3.2.1. Prévalences des caries
			6.3.2.2. Évolution de la prévalence de caries
			6.3.2.3. Sévérité des caries par individu
			6.3.2.4. Évolution de la sévérité des caries
	6.4. Les lésions périapicales
		6.4.1. Analyse par dent 
		6.4.2. Analyse par individu
			6.4.2.1. Prévalence des lésions périapicales
			6.4.2.2. Nombre d’atteintes périapicales par individu
	6.5. Le tartre
		6.5.1. Prévalence du tartre
		6.5.2. Sévérité du tartre par individu
	6.6. Alvéolyse et parodontose
		6.6.1. Prévalence de la parodontose
		6.6.2. Sévérité de la parodontose
	6.7. Les hypoplasies de l’émail dentaire
		6.7.1. Analyse par dent
			6.7.1.1. Les hypoplasies linéaires de l’émail dentaire
				6.7.1.1.1. Les dents permanentes des adules
				6.7.1.1.2. Les dents permanentes des individus immatures
			6.7.1.2. Autres types d’hypoplasies 
		6.7.2. Analyse par individu 
			6.7.2.1. Prévalence des hypoplasies
			6.7.2.2. Évolution diachronique de la prévalence des hypoplasies
			6.7.2.3. Nombre d’épisodes de stress par individu
			6.7.2.4. Évolution diachronique du nombre d’épisodes de stress par individu
		6.7.3. Caractérisation des épisodes de stress : Âge de formation des hypoplasies linéaires
	6.8. L’hyperostose poreuse du crâne
	6.9. La cribra orbitalia
	6.10. Le rachitisme
		6.10.1. Prévalence du rachitisme
		6.10.2. État du rachitisme
	6.11. Le scorbut
	6.12. Synthèse générale
7. État sanitaire à la péri ode moderne et contemporaine : Données biologiques, historiques et archéologiques
	7.1. En quoi les transformations liées à la révolution industrielle affectent-elles les différents indicateurs de l’état sanitaire ?
		7.1.1. Caries dentaires
			7.1.1.1. Susceptibilités différentielles selon le type de dent
			7.1.1.2. Omniprésence des caries
			7.1.1.3. Une différence selon le sexe ?
			7.1.1.4. Augmentation des taux de caries
		7.1.2. Usure dentaire et sa relation avec les caries
			7.1.2.1. Concurrence usure carie : Moins d’usure = plus de caries
			7.1.2.2. Concurrence usure carie : Moins d’usure = différent type de caries
			7.1.2.3. Des activités paramasticatrices ?
			7.1.2.4. Une différence selon le sexe ?
		7.1.3. Pathologies liées aux caries : Abcès et pertes ante mortem
			7.1.3.1. Des schémas analogues dans les fréquences
			7.1.3.2. Peu d’effets sur les fréquences ou prévalences entre les deux sites ?
		7.1.4. Des marqueurs peu performants : Parodontose et tartre ?
			7.1.4.1. La parodontose
				7.1.4.1.1. Parodontose et effet de l’âge
				7.1.4.1.2. Lien entre parodontose et perte ante mortem
				7.1.4.1.3. Lien entre parodontose, tartre et usure ?
				7.1.4.1.4. Pertinence de l’enregistrement de la parodontose ?
			7.1.4.2. Le tartre
				7.1.4.2.1. Hygiène dentaire et tartre
				7.1.4.2.2. Alimentation et tartre
				7.1.4.2.3. Lien entre carie et tartre
			7.1.4.3. Conclusion parodontose et tartre
		7.1.5. Synthèse des marqueurs de santé bucco-dentaire
		7.1.6. Les hypoplasies de l’émail dentaire : Un marqueur fiable, mais une interprétation toujours compliquée
			7.1.6.1. Chez les enfants
			7.1.6.2. Chez les adultes
			7.1.6.3. Conclusion hypoplasies
		7.1.7. Les marqueurs de stress osseux : Paradoxes des sites
			7.1.7.1. Hyperostose poreuse du crâne
			7.1.7.2. Cribra orbitalia
			7.1.7.3. Scorbut
				7.1.7.3.1. Chez les enfants
				7.1.7.3.2. Chez les adultes
				7.1.7.3.3. Conclusion scorbut
			7.1.7.4. Ostéomalacie
			7.1.7.5. Rachitisme
		7.1.8. Synthèse générale
			7.1.8.1. Analyse par type de dent ou os
			7.1.8.2. Caractérisation des populations modernes et contemporaines de La Ciotat et du quartier des Crottes à Marseille
			7.1.8.3. De la pertinence des marqueurs
				7.1.8.3.1. Stress et remodelage osseux
				7.1.8.3.2. Le caractère aspécifique des stress enregistrés
				7.1.8.3.3. Des marqueurs incomparables ?
	7.2. Les transformations de l’état sanitaire à la lumière du contexte historique
		7.2.1. Alimentation
			7.2.1.1. Alimentation riche en glucides 
			7.2.1.2. Apparition et consommation de nouveaux aliments : Pomme de terre et sucre raffiné
			7.2.1.3. Progrès technique et alimentation 
				7.2.1.3.1. Minoteries à vapeur et usure dentaire
				7.2.1.3.2. Révolution agricole et consommation de viande
			7.2.1.4. Paradoxes des stratégies alimentaires
				7.2.1.4.1. Sous-nutrition : Économie de subsistance VS économie de marché, disette et mortalité
				7.2.1.4.2. Malnutrition : Mono alimentation et carences alimentaires
			7.2.1.5. De nouvelles pratiques alimentaires chez les plus jeunes
				7.2.1.5.1. Pratiques de l’allaitement
				7.2.1.5.2. Le sevrage
		7.2.2. Environnement infectieux et carentiel, médecine, hygiène et soins
			7.2.2.1. Urbanisation, industrialisation et maladies infectieuses
				7.2.2.1.1. La période moderne
				7.2.2.1.2. Les changements de la période industrielle
			7.2.2.2. Progrès scientifique dans le domaine médical : Des effets visibles ?
				7.2.2.2.1. Inoculation et vaccination de la variole
				7.2.2.2.2. Rachitisme et recherche médicale : Les premières enquêtes épidémiologiques
				7.2.2.2.3. Hygiène et soins dentaires
			7.2.2.3. Vers une transition épidémiologique ?
			7.2.2.4. Une révolution ou une transition industrielle ?
	7.3. Quelles caractéristiques particulières au cimetière Saint-Jacques et au cimetière du quartier des Crottes pourraient entraîner des modifications de l’état sanitaire ?
		7.3.1. Le cimetière Saint-Jacques à La Ciotat : Du « cimetière des pauvres » au « cimetière communautaire »
			7.3.1.1. Les données par phase
			7.3.1.2. Recrutement funéraire et évolution de la ville
		7.3.2. Le cimetière des Crottes à Marseille : Quand la ville absorbe sa campagne
			7.3.2.1. Les données par phases
			7.3.2.2. Évolution de la ville et pratiques funéraires
	7.4. L’état sanitaire en France et en Europe à la période moderne et contemporaine
		7.4.1. Les séries de comparaison
			7.4.1.1. Des séries cohérentes d’un point de vue chronologique et géographique
			7.4.1.2. Des contextes et des méthodes d’analyses variés
		7.4.2. Les paramètres dentaires : Des tendances générales ?
			7.4.2.1. Les caries
				7.4.2.1.1. Les données ostéologiques issues de la population totale
				7.4.2.1.2. Les données ostéologiques issues de la population adulte
				7.4.2.1.3. L’augmentation des caries à la période moderne et contemporaine
			7.4.2.2. Les pertes ante mortem
		7.4.3. Les marqueurs de stress : Des particularités locales ?
			7.4.3.1. Les hypoplasies de l’émail dentaire
				7.4.3.1.1. La période moderne
				7.4.3.1.2. La période contemporaine
				7.4.3.1.3. Une réelle différence chronologique ?
			7.4.3.2. Industrialisation et explosion du rachitisme ?
				7.4.3.2.1. Avant l’industrialisation
				7.4.3.2.2. La transition industrielle
			7.4.3.3. Le scorbut
8. Conclusion
Bibliographie