The organic codes: an introduction to semantic biology

Cover......Page 1
Half-title......Page 3
Title......Page 5
Copyright......Page 6
CONTENTS......Page 7
FOREWORD......Page 11
DEDICATION......Page 15
ACKNOWLEDGEMENTS......Page 16
The organic codes......Page 17
A mathematical model of epigenesis......Page 19
A new theory of the cell......Page 21
About this book......Page 22
1 THE MICROSCOPE AND THE CELL......Page 25
The cell theory......Page 26
The problem of generation......Page 28
The problem of embryonic development......Page 31
The two versions of the cell theory......Page 33
Mechanism......Page 35
The chemical machine......Page 37
The computer model......Page 40
The autopoietic cell......Page 43
The epigenetic cell......Page 45
2 THEORIES OF EVOLUTION......Page 49
Traditional biology......Page 50
Lamarck’s contribution......Page 52
Darwin’s bet......Page 54
Natural selection......Page 56
Organs of extreme perfection......Page 57
Common descent......Page 60
The second mechanism of evolution......Page 65
The Modern Synthesis......Page 67
Molecular evolution......Page 70
The third mechanism of evolution......Page 73
Macroevolution......Page 76
Where is biology going to?......Page 79
The logic of embryonic development......Page 83
Reconstruction from incomplete projections......Page 85
A memory-building approach......Page 87
The algebraic method......Page 91
The theoretical limit......Page 95
ART: an iterative algebraic method......Page 96
The memory matrix......Page 98
Density modulation......Page 100
MRM: the family of memory algorithms......Page 102
The two general principles of MRM......Page 105
The characteristics of codes......Page 109
The organic codes’ fingerprints......Page 112
The bridge between genes and organisms......Page 115
The splicing codes......Page 117
The signal transduction codes......Page 121
Contextual information......Page 127
Determination and cell memory......Page 128
The other face of pattern......Page 130
Hints from developing neurons......Page 133
The key structures of embryonic development......Page 135
5 THE ORIGIN OF LIFE......Page 137
The primitive Earth......Page 138
Chemical evolution......Page 143
Postchemical evolution......Page 145
The metabolism paradigm......Page 147
The replication paradigm......Page 150
The RNA world......Page 154
Replication catastrophes......Page 156
Eigen’s paradox......Page 158
The ribotype theory......Page 161
The genetic code......Page 164
Evolution of the code......Page 171
The ribotype metaphor......Page 173
Copymakers and codemakers......Page 175
The handicapped replicator......Page 177
6 PROKARYOTES AND EUKARYOTES......Page 179
The potassium world......Page 180
Two forms of life......Page 182
Three primary kingdoms......Page 184
The last common ancestor......Page 189
The origins of bacteria......Page 191
The cytoskeleton......Page 194
The compartments......Page 196
Chromosomes......Page 198
The seven kingdoms......Page 201
Three thousand million years......Page 203
7 THE CAMBRIAN EXPLOSION......Page 207
The fossil record......Page 208
The experimental data......Page 209
Body plans and phylotypic stages......Page 212
The traditional explanations......Page 217
The Cambrian singularity......Page 218
The stumbling-block......Page 219
The reconstruction model......Page 220
Multicellular structures......Page 222
Biological memories......Page 225
A new model of the Cambrian explosion......Page 226
The conservation of the phylotypic stage......Page 229
8 SEMANTIC BIOLOGY......Page 233
The semantic theory of the cell......Page 235
The semantic theory of embryonic development......Page 237
The mind problem......Page 240
The semantic theory of mental development......Page 242
Artifacts and natural selection......Page 244
The semantic theory of evolution......Page 245
About organic codes......Page 250
The language model......Page 252
The Individuality Thesis......Page 253
The development of semantic biology......Page 256
9 A BRIEF SUMMARY......Page 259
The first principle......Page 260
The second principle......Page 261
The third principle......Page 262
The fourth principle......Page 263
The first model......Page 264
The second model......Page 265
The third model......Page 266
The fourth model......Page 267
Conclusion......Page 269
APPENDIX DEFINITIONS OF LIFE......Page 271
AFTERWORD......Page 281
REFERENCES......Page 295
INDEX......Page 311