Systems Metabolic Engineering: Methods and Protocols

با هدف نهایی تعریف سیستماتیک و قوی اغتشاشات خاص لازم برای تغییر فنوتیپ سلولی، مهندسی متابولیک سیستم ها این پتانسیل را دارد که به یک مدل سلولی کامل منجر شود که قادر به شبیه سازی سلول و عملکرد متابولیک و همچنین پیش بینی فنوتیپ باشد. پاسخ به تغییرات در رسانه ها، حذف ژن/بیان بیش از حد، یا ادغام مسیرهای هترولوگ. در مهندسی متابولیک سیستم ها: روش ها و پروتکل ها، متخصصان در این زمینه روش ها و رویکردها را در زمینه مهندسی متابولیک سیستم ها توصیف می کنند و راهنمای گام به گام برای اجرای آنها ارائه می دهند. چهار مستأجر اصلی این رویکرد، از جمله مدل‌سازی و شبیه‌سازی، مهندسی ژنوم چندگانه، «فناوری‌های omics، و ترکیب و سنتز مجموعه داده‌های بزرگ، که همگی از طریق استفاده از ارگانیسم‌های میزبان مدل روشن شده‌اند، مورد توجه قرار گرفته‌اند. این فصل‌ها که با فرمت بسیار موفق روش‌ها در بیولوژی مولکولی™ نوشته شده‌اند، شامل مقدمه‌هایی در مورد موضوعات مربوطه، فهرستی از مواد و معرف‌های لازم، پروتکل‌های آزمایشگاهی گام به گام و قابل تکرار آسان و نکاتی در مورد عیب یابی و اجتناب از دام های شناخته شده.

With the ultimate goal of systematically and robustly defining the specific perturbations necessary to alter a cellular phenotype, systems metabolic engineering has the potential to lead to a complete cell model capable of simulating cell and metabolic function as well as predicting phenotypic response to changes in media, gene knockouts/overexpressions, or the incorporation of heterologous pathways. In Systems Metabolic Engineering: Methods and Protocols, experts in the field describe the methodologies and approaches in the area of systems metabolic engineering and provide a step-by-step guide for their implementation. Four major tenants of this approach are addressed, including modeling and simulation, multiplexed genome engineering, ‘omics technologies, and large data-set incorporation and synthesis, all elucidated through the use of model host organisms. Written in the highly successful Methods in Molecular Biology™ series format, chapters include introductions on their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.