Serial Analysis of Gene Expression (SAGE): Methods and Protocols

تحلیل سریال بیان ژن (SAGE): پروفایل بیان ژن دیجیتال معرفی SAGE به آزمایشگاه را تسهیل می‌کند و چارچوبی برای تفسیر و مقایسه داده‌های حاصل از آزمایش‌های SAGE فراهم می‌کند. از چندین روش تعیین پروفایل ژنتیکی موجود، تنها SAGE بیان ژن های شناخته شده و ناشناخته را اندازه گیری می کند. مطالعات SAGE شامل 50000 برچسب است و می تواند دانش دقیقی از 2000 ژن با بیان بالا در نمونه بافت ارائه دهد. پروتکل های SAGE ارائه شده با جزئیات، به طور کامل حاشیه نویسی شده و آزمایش شده است و همه توسط محققان با تجربه SAGE از سراسر جهان نوشته شده است. بخش 1 به روش های تجربی SAGE و روش های مرتبط از جمله aRNA LongSAGE، SuperSAGE، DeepSAGE و GMAT اختصاص دارد. بخش 2 روش هایی را برای استخراج و فیلتر کردن برچسب ها، تجزیه و تحلیل جمعیت های دیتگ و تکمیل مقایسه های آماری صحیح پروفایل های بیان ژن ارائه می دهد.

ترنسکریپتومیکس مقایسه ای دانشمندان را قادر می سازد تا ژنتیک اساسی تغییرات بیولوژیکی مانند توسعه، بیماری، عملکرد محصول و مقاومت را درک کنند. تجزیه و تحلیل SAGE همچنین برای به دست آوردن برچسب های ناشناخته استفاده می شود، که می تواند به عنوان آغازگرهای اختصاصی ژن در واکنش های تقویت سریع cDNA Ends (RACE) برای تولید رونوشت های تمام طول برای شبیه سازی و تعیین توالی استفاده شود. این کتاب ابزاری ضروری برای هر آزمایشگاهی خواهد بود که درگیر پروفایل ژنتیکی و رونویسی مقایسه ای است و به بسیاری از آزمایشگاه ها کمک می کند تا روش ها و روش های توالی یابی مبتنی بر برچسب را با موفقیت پیاده سازی کنند و داده های جامع، مفید و تفسیری را به دست آورند.

Serial Analysis of Gene Expression (SAGE): Digital Gene Expression Profiling facilitates the introduction of SAGE into the laboratory, and provides a framework for interpreting and comparing data derived from SAGE experiments. Of the several methods of genetic profiling available, only SAGE measures the expression of both known and unknown genes. SAGE studies encompass 50,000 tags and can provide detailed knowledge of the 2000 most highly expressed genes in the tissue sample. The SAGE protocols presented are detailed, fully annotated, and tested, and are all written by experienced SAGE researchers from around the world. Part 1 is dedicated to experimental procedures of SAGE and related methods including aRNA LongSAGE, SuperSAGE, DeepSAGE, and GMAT. Part 2 provides methods for extraction and filtration of tags, analysis of ditag populations, and completing statistically correct comparisons of gene expression profiles.

Comparative transcriptomics enables scientists to understand the underlying genetics of biological changes such as development, disease, crop yield, and resistance. SAGE analysis is also used to obtain unknown tags, which can be used as gene-specific primers in Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE) reactions to generate full-length transcripts for cloning and sequencing. This book will be an indispensable tool for any lab engaged in genetic profiling and comparative transcriptomics, and will help many laboratories to successfully implement tag-based sequencing methods and procedures and obtain comprehensive, useful, and interpretative data.