ورود به حساب

نام کاربری گذرواژه

گذرواژه را فراموش کردید؟ کلیک کنید

حساب کاربری ندارید؟ ساخت حساب

ساخت حساب کاربری

نام نام کاربری ایمیل شماره موبایل گذرواژه

برای ارتباط با ما می توانید از طریق شماره موبایل زیر از طریق تماس و پیامک با ما در ارتباط باشید


09117307688
09117179751

در صورت عدم پاسخ گویی از طریق پیامک با پشتیبان در ارتباط باشید

دسترسی نامحدود

برای کاربرانی که ثبت نام کرده اند

ضمانت بازگشت وجه

درصورت عدم همخوانی توضیحات با کتاب

پشتیبانی

از ساعت 7 صبح تا 10 شب

دانلود کتاب R Bioinformatics Cookbook: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning

دانلود کتاب کتاب آشپزی بیوانفورماتیک R: از بسته‌های R برای بیوانفورماتیک، ژنومیک، علم داده و یادگیری ماشین استفاده کنید

R Bioinformatics Cookbook: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning

مشخصات کتاب

R Bioinformatics Cookbook: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning

دسته بندی: نرم افزار: سیستم ها: محاسبات علمی
ویرایش: 2 
نویسندگان:   
سری:  
ISBN (شابک) : 9781837634279 
ناشر: Packt Publishing Pvt Ltd 
سال نشر: 2023 
تعداد صفحات: 0 
زبان: English 
فرمت فایل : EPUB (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 9 مگابایت

قیمت کتاب (تومان) : 60,000



ثبت امتیاز به این کتاب

میانگین امتیاز به این کتاب :
       تعداد امتیاز دهندگان : 9


در صورت تبدیل فایل کتاب R Bioinformatics Cookbook: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning به فرمت های PDF، EPUB، AZW3، MOBI و یا DJVU می توانید به پشتیبان اطلاع دهید تا فایل مورد نظر را تبدیل نمایند.

توجه داشته باشید کتاب کتاب آشپزی بیوانفورماتیک R: از بسته‌های R برای بیوانفورماتیک، ژنومیک، علم داده و یادگیری ماشین استفاده کنید نسخه زبان اصلی می باشد و کتاب ترجمه شده به فارسی نمی باشد. وبسایت اینترنشنال لایبرری ارائه دهنده کتاب های زبان اصلی می باشد و هیچ گونه کتاب ترجمه شده یا نوشته شده به فارسی را ارائه نمی دهد.


توضیحاتی در مورد کتاب کتاب آشپزی بیوانفورماتیک R: از بسته‌های R برای بیوانفورماتیک، ژنومیک، علم داده و یادگیری ماشین استفاده کنید

بیش از 80 دستور العمل برای مدل‌سازی و مدیریت داده‌های بیولوژیکی واقعی با استفاده از کتابخانه‌های مدرن از اکوسیستم R کشف کنید\r\nویژگی‌های کلیدی\r\n\r\nاز بسته‌های مدرن R برای پردازش داده‌های بیولوژیکی با استفاده از نمونه‌های واقعی استفاده کنید\r\nبازنمایی بیولوژیکی داده ها با تجسم های پیشرفته و گردش کار مناسب برای تحقیق و انتشارات\r\nحل مشکلات بیوانفورماتیک در دنیای واقعی مانند رونویسی، ژنومیک و فیلوژنتیک\r\nخرید کتاب چاپی یا Kindle شامل یک کتاب الکترونیکی PDF رایگان است\r\n\r\ nشرح کتاب\r\n\r\nویرایش دوم به روز شده کتاب آشپزی R Bioinformatics رویکردی مبتنی بر دستور العمل دارد تا به شما نشان دهد چگونه می توانید تحقیق و تجزیه و تحلیل عملی را در زیست شناسی محاسباتی با R انجام دهید. شما یاد خواهید گرفت که چگونه یک ابزار مفید و مدولار ایجاد کنید. محیط کاری R، همراه با بارگیری، تمیز کردن و تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از به روزترین ابزارهای Bioconductor، ggplot2 و tidyverse.\r\n\r\nاین کتاب شما را با ابزارهای Bioconductor آشنا می کند که برای درک آن ضروری است. و پروتکل هایی را در RNA-seq و ChiP-seq، فیلوژنتیک، ژنومیک، جستجوی ژن، حاشیه نویسی ژن، تجزیه و تحلیل آماری، و تجزیه و تحلیل توالی انجام دهید. با پیشروی، خواهید فهمید که چگونه از Quarto برای ایجاد گزارش‌ها، ارائه‌ها و وب‌سایت‌های غنی از داده استفاده کنید، و همچنین درک روشنی از نحوه استفاده از تکنیک‌های یادگیری ماشین در حوزه بیوانفورماتیک به دست خواهید آورد. فصل‌های پایانی به شما کمک می‌کند مهارت‌های کلیدی، مانند تجزیه و تحلیل حاشیه‌نویسی ژن و برنامه‌نویسی عملکردی در purrr و پایه R را توسعه دهید. در نهایت، نحوه استفاده از جدیدترین ابزارهای هوش مصنوعی، از جمله ChatGPT، برای تولید، ویرایش، و کد R و پیش نویس گردش کار برای تجزیه و تحلیل های پیچیده را درک کنید.\r\n\r\nدر پایان این کتاب، شما به درک کاملی از مهارت ها و تکنیک های مورد نیاز برای تبدیل شدن به یک متخصص بیوانفورماتیک و کار موثر با بزرگ و کارآمد خواهید رسید. مجموعه داده‌های پیچیده بیوانفورماتیک.\r\nآنچه یاد خواهید گرفت\r\n\r\nیک محیط کاری برای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک با R\r\nوارد کردن، تمیز کردن و سازماندهی داده‌های بیوانفورماتیک با استفاده از tidyr\r\nایجاد نمودارهای با کیفیت انتشار ایجاد کنید، گزارش‌ها و ارائه‌ها با استفاده از ggplot2 و Quarto\r\nتحلیل RNA-seq، ChiP-seq، ژنومیک و ژنتیک نسل بعدی با Bioconductor\r\nجستجوی ژن‌ها و پروتئین‌ها با انجام فیلوژنتیک و حاشیه‌نویسی ژن\r\nاز تکنیک‌های ML برای داده‌های بیوانفورماتیک با استفاده از mlr3\r\nکار برنامه‌نویسی را با استفاده از تکرارکننده‌ها و ابزارهای کاربردی در بسته‌های پایه R و purrr ساده کنید\r\nاز ChatGPT برای ایجاد، حاشیه‌نویسی و اشکال‌زدایی کد و گردش‌های کاری استفاده کنید\r\n\r\nاین کتاب برای چه کسانی است\ r\n\r\nاین کتاب برای بیوانفورماتیکان، تحلیلگران داده، محققین و توسعه دهندگان R است که می خواهند با یادگیری از طریق یک رویکرد مبتنی بر دستور العمل، به مشکلات بیولوژیکی و بیوانفورماتیکی متوسط ​​تا پیشرفته بپردازند. دانش کاری زبان برنامه نویسی R و دانش اولیه بیوانفورماتیک پیش نیاز است.


توضیحاتی درمورد کتاب به خارجی

Discover over 80 recipes for modeling and handling real-life biological data using modern libraries from the R ecosystem\r\nKey Features\r\n\r\nApply modern R packages to process biological data using real-world examples\r\nRepresent biological data with advanced visualizations and workflows suitable for research and publications\r\nSolve real-world bioinformatics problems such as transcriptomics, genomics, and phylogenetics\r\nPurchase of the print or Kindle book includes a free PDF eBook\r\n\r\nBook Description\r\n\r\nThe updated second edition of R Bioinformatics Cookbook takes a recipe-based approach to show you how to conduct practical research and analysis in computational biology with R. You’ll learn how to create a useful and modular R working environment, along with loading, cleaning, and analyzing data using the most up-to-date Bioconductor, ggplot2, and tidyverse tools.\r\n\r\nThis book will walk you through the Bioconductor tools necessary for you to understand and carry out protocols in RNA-seq and ChIP-seq, phylogenetics, genomics, gene search, gene annotation, statistical analysis, and sequence analysis. As you advance, you\'ll find out how to use Quarto to create data-rich reports, presentations, and websites, as well as get a clear understanding of how machine learning techniques can be applied in the bioinformatics domain. The concluding chapters will help you develop proficiency in key skills, such as gene annotation analysis and functional programming in purrr and base R. Finally, you\'ll discover how to use the latest AI tools, including ChatGPT, to generate, edit, and understand R code and draft workflows for complex analyses.\r\n\r\nBy the end of this book, you\'ll have gained a solid understanding of the skills and techniques needed to become a bioinformatics specialist and efficiently work with large and complex bioinformatics datasets.\r\nWhat you will learn\r\n\r\nSet up a working environment for bioinformatics analysis with R\r\nImport, clean, and organize bioinformatics data using tidyr\r\nCreate publication-quality plots, reports, and presentations using ggplot2 and Quarto\r\nAnalyze RNA-seq, ChIP-seq, genomics, and next-generation genetics with Bioconductor\r\nSearch for genes and proteins by performing phylogenetics and gene annotation\r\nApply ML techniques to bioinformatics data using mlr3\r\nStreamline programmatic work using iterators and functional tools in the base R and purrr packages\r\nUse ChatGPT to create, annotate, and debug code and workflows\r\n\r\nWho this book is for\r\n\r\nThis book is for bioinformaticians, data analysts, researchers, and R developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems by learning via a recipe-based approach. Working knowledge of the R programming language and basic knowledge of bioinformatics are prerequisites.



فهرست مطالب

R Bioinformatics Cookbook, Second Edition
Contributors
About the author
About the reviewer
Preface
   Who this book is for
   What this book covers
   To get the most out of this book
   Download the example code files
   Conventions used
   Get in touch
   Share Your Thoughts
   Download a free PDF copy of this book
1
Setting Up Your R Bioinformatics Working Environment
   Technical requirements
      Further information
   Setting up an R project in a directory
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Using the here package to simplify working with paths
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Using the devtools package to work with the latest non-CRAN packages
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Setting up your machine for the compilation of source packages
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
   Using the renv package to create a project-specific set of packages
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Installing and managing different versions of Bioconductor packages in environments
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Using bioconda to install external tools
      swGetting ready
      How to do it…
      How it works…
2
Loading, Tidying, and Cleaning Data in the tidyverse
   Technical requirements
      Further information
   Loading data from files with readr
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also
   Tidying a wide format table into a tidy table with tidyr
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
   Tidying a long format table into a tidy table with tidyr
      Getting ready
      How it works…
      There’s more…
   Combining tables using join functions
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Reformatting and extracting existing data into new columns using stringr
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Computing new data columns from existing ones and applying arbitrary functions using mutate()
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Using dplyr to summarize data in large tables
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Using datapasta to create R objects from cut-and-paste data
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
3
ggplot2 and Extensions for Publication Quality Plots
   Technical requirements
      Further information
   Combining many plot types in ggplot2
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Comparing changes in distributions with ggridges
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Customizing plots with ggeasy
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Highlighting selected values in busy plots with gghighlight
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Plotting variability and confidence intervals better with ggdist
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Making interactive plots with plotly
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
   Clarifying label placement with ggrepel
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Zooming and making callouts from selected plot sections with facetzoom
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also
4
Using Quarto to Make Data-Rich Reports, Presentations, and Websites
   Technical requirements
      Further information
   Using Markdown and Quarto for literate computation
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Creating different document formats from the same source
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Creating data-rich presentations from code
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Creating websites from collections of Quarto documents
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also
   Adding interactivity with Shiny
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also
5
Easily Performing Statistical Tests Using Linear Models
   Technical requirements
      Further information
   Modeling data with a linear model
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Using a linear model to compare the mean of two groups
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Using a linear model and ANOVA to compare multiple groups in a single variable
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Using linear models and ANOVA to compare multiple groups in multiple variables
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Testing and accounting for interactions between variables in linear models
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Doing tests for differences in data in two categorical variables
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Making predictions using linear models
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
6
Performing Quantitative RNA-seq
   Technical requirements
      Further information
   Estimating differential expression with edgeR
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Estimating differential expression with DESeq2
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more...
   Estimating differential expression with Kallisto and Sleuth
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Using Sleuth to analyze time course experiments
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Analyzing splice variants with SGSeq
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Performing power analysis with powsimR
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Finding unannotated transcribed regions
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Finding regions showing high expression ab initio using bumphunter
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Differential peak analysis
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Estimating batch effects with SVA
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Finding allele-specific expression with AllelicImbalance
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Presenting RNA-Seq data using ComplexHeatmap
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
7
Finding Genetic Variants with HTS Data
   Technical requirements
      Further information
   Finding SNPs and INDELs from sequence data using VariantTools
   Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also
   Predicting open reading frames in long reference sequences
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Plotting features on genetic maps with karyoploteR
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also
   Selecting and classifying variants with VariantAnnotation
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
   Extracting information in genomic regions of interest
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Finding phenotype and genotype associations with GWAS
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Estimating the copy number at a locus of interest
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
8
Searching Gene and Protein Sequences for Domains and Motifs
   Technical requirements
      Further information
   Finding DNA motifs with universalmotif
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Finding protein domains with PFAM and bio3d
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Finding InterPro domains
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also…
   Finding transmembrane domains with tmhmm and pureseqTM
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also
   Creating figures of protein domains using drawProteins
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Performing multiple alignments of proteins or genes
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Aligning genomic length sequences with DECIPHER
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Novel feature detection in proteins
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   3D structure protein alignment in bio3d
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
9
Phylogenetic Analysis and Visualization
   Technical requirements
      Further information
   Reading and writing varied tree formats with ape and treeio
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
   Visualizing trees of many genes quickly with ggtree
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Quantifying and estimating the differences between trees with treespace
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Extracting and working with subtrees using ape
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Creating dot plots for alignment visualizations
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Reconstructing trees from alignments using phangorn
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Finding orthologue candidates using reciprocal BLASTs
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
10
Analyzing Gene Annotations
   Technical requirements
      Further information
   Retrieving gene and genome annotations from BioMart
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Getting Gene Ontology information for functional analysis from appropriate databases
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Using AnnoDB packages for genome annotation
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
   Using ClusterProfiler for determining GO enrichment in clusters
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Finding GO enrichment in an Ontology Conditional way with topGO
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Finding enriched KEGG pathways
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Retrieving and working with SNPs
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
11
Machine Learning with mlr3
   Technical requirements
      Further information
   Defining a task and learner to implement k-nearest neighbors (k-NNs) in mlr3
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
      See also...
   Testing the fit of the model using cross-validation
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Using logistic regression to classify the relative likelihood of two outcomes
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
   Classifying using random forest and interpreting it with iml
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Dimension reduction with PCA in mlr3 pipelines
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Creating a tSNE and UMAP embedding
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Clustering with k-means and hierarchical clustering
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
12
Functional Programming with purrr and base R
   Technical requirements
      Further information
   Making base R objects “tidy”
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Using nested dataframes for functional programming
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      See also
   Using the apply family of functions
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Using the map family of functions in purrr
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Working with lists in purrr
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
13
Turbo-Charging Development in R with ChatGPT
   Technical requirements
      Further information
   Interpreting complicated code with ChatGPT assistance
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Debugging and improving code with ChatGPT
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Generating code with ChatGPT
   Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Writing documentation for R functions with ChatGPT
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
      There’s more…
   Writing unit tests for R functions with ChatGPT
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
   Finding R packages to build a workflow with ChatGPT
      Getting ready
      How to do it…
      How it works…
Index
   Why subscribe?
Other Books You May Enjoy
   Packt is searching for authors like you
   Share Your Thoughts
   Download a free PDF copy of this book




نظرات کاربران

تمامی حقوق معنوی و مادی وبسایت متعلق به اینترنشنال لایبرری می باشد