Progress and Prospects in Evolutionary Biology: The Drosophila Model (Oxford Series in Ecology & Evolution)

Contents......Page 12
The Problem......Page 18
History......Page 19
The Origin of the Flies......Page 23
Some Basic Biology......Page 27
Sources of Information......Page 30
2. Population Genetics—Genes......Page 32
The Epistemological Paradox......Page 33
Morphological Mutants......Page 34
Fitness Variation......Page 38
Selection Experiments......Page 45
Allozymes......Page 49
DNA Variation......Page 57
Mutation......Page 58
Epilog......Page 62
General Features......Page 63
Geographic Distributions......Page 68
Temporal Changes......Page 88
Other Inversions......Page 96
Allozymes and Inversions......Page 100
DNA Studies......Page 103
Theory of the Origin of Inversions......Page 105
Further Information......Page 108
Genes......Page 109
Inversions......Page 117
Fitness Components......Page 129
The Rare Male Effect......Page 134
Sex Ratio and Segregation Distortion......Page 140
Heterogeneous Environments and Habitat Choice......Page 145
Migration......Page 150
Genetic Drift......Page 154
Epilog......Page 156
Breeding Sites......Page 158
Yeasts and Other Microbes......Page 171
Population Structure......Page 175
Interspecific Competition......Page 184
Life Histories, Phenotypic Plasticity, Acclimation, and Aging......Page 189
Parasites and Symbionts......Page 191
Epilog......Page 199
Habitat Choice......Page 200
Ephemeral and Newly Founded Populations......Page 208
Cactus-Breeding Drosophila......Page 211
Flower-Breeders in South America......Page 221
Mycophagous Drosophila......Page 223
Population Growth and Size......Page 225
7. Speciation......Page 228
The Taxonomy of Species and Speciation......Page 229
Three Caveats......Page 230
The First Effects......Page 231
Reinforcement......Page 234
Genetic Divergence......Page 238
Genetics of Premating Isolation......Page 245
Genetics of Postmating Isolation......Page 256
Symbionts......Page 270
Laboratory Studies......Page 272
Population Processes......Page 278
Sexual Selection and Isolation......Page 280
8. Phylogenetics......Page 282
Background......Page 283
Basics of Phylogenetics......Page 285
The Larger Context......Page 288
Genus Drosophila......Page 291
Individual Groups......Page 300
Gene Trees-Species Trees......Page 308
Conclusions......Page 313
Drosophila Genome Structure......Page 314
Genome Size Evolution......Page 318
Karyotype Evolution......Page 319
Linkage......Page 325
Global View of scDNA Evolution......Page 328
Heterochromatin......Page 335
The Y Chromosome......Page 342
Recombination......Page 345
Transposable Elements......Page 347
Genome Projects......Page 358
Measures of Variation......Page 359
Levels of Nuclear DNA Variation......Page 361
Pattern of Polymorphism......Page 368
Insertion/Deletions (Indels)......Page 374
An Historical Aside......Page 375
Recombination and Hitchhiking......Page 376
Rates of DNA Evolution......Page 382
Codon Usage Bias and Effects on Rates......Page 386
Between Versus Within......Page 393
Mitochondrial DNA......Page 396
Out of Africa: A Reevaluation of D. melanogaster......Page 406
DNA Variation and Inversions: Ancestry and Gene Conversions......Page 410
Gene Duplications......Page 413
Gene Structure......Page 419
Adh: The Center of Attention......Page 422
Other Genes......Page 430
11. Development......Page 436
Gene Regulation......Page 437
Morphology and Embryogenesis......Page 448
Development and Phylogeny......Page 465
Canalization and Genetic Assimilation......Page 470
Integration of Information......Page 474
Genetic Loads......Page 476
Whither the Selectionist/Neutralist Debate?......Page 477
Scales of Analysis......Page 479
Development......Page 481
Speciation......Page 482
Conservation......Page 483
The Model......Page 484
References......Page 486
Index......Page 15
C......Page 568
I......Page 569
S......Page 570
Y......Page 571
B......Page 572
M......Page 573
N......Page 574
P......Page 575
V......Page 576
Z......Page 577