Plant Proteomics: Methods and Protocols

هدف Plant Proteomics: Methods and Protocols ارائه روش‌ها و پروتکل‌های به‌روز است که توسط دانشمندان شناخته شده در دنیای پروتئومیکس گیاهی استفاده می‌شود. اگر این جهان بیست و پنج سال پیش زمانی که اولین مقالات منتشر شد، جهان بسیار کوچکی بود، از آن زمان به بعد رشد تصاعدی را تجربه کرده است، و در اکثر کشورهای جهان آزمایشگاه هایی وجود دارد که روی پروتئومیکس گیاهی کار می کنند. الکتروفورز ژل دو بعدی هنوز روش اساسی مورد استفاده است، اما با IPG در بعد اول (فصل 13) و با روش های جدید تشخیص با فلوروکروم (فصل 14 و 15) بسیار بهبود یافته است. پیشرفت قابل توجهی در استخراج پروتئین حاصل شده است، که به ویژه با بافت‌های گیاهی حاوی فنل‌ها، پروتئازها و سایر متابولیت‌های ثانویه که با پروتئین‌ها تداخل دارند دشوار است. روش های استاندارد (فصل 1 و 2) برای بافت های خاص (فصل 3، 4، و 5) و بخش های سلولی (فصل 6 تا 10) بهینه شده اند. این روش ها بر پیشرفت های انجام شده در حل شدن پروتئین ها از غشاها متکی هستند (فصل 11 و 12). طیف سنجی جرمی انقلابی بود که امکان شناسایی پرتوان پروتئین های جدا شده توسط ژل های دوبعدی (فصل 19 و 20) و همچنین از ژل های 1 بعدی بومی آبی (فصل های 27 و 28) را فراهم کرد، علیرغم این واقعیت که توالی یابی ادمن هنوز می تواند مفید باشد (فصل 18). در ارتباط با تکنیک های دیگر مانند 2DLC یا LC پروتئین های دست نخورده، طیف سنجی جرمی همچنین امکان شناسایی پلی پپتیدها از کمپلکس ها را فراهم می کند (فصل 21 و 22).

The aim of Plant Proteomics: Methods and Protocols is to present up-- date methods and protocols used by recognized scientists in the world of plant proteomics. If this world was a very small one twenty-five years ago when the first papers were published, it has since experienced exponential growth, and in most countries around the world there are laboratories working on plant proteomics. Two-dimensional gel electrophoresis is still the basic method used, but it has been improved greatly with IPG in the first dimension (Chapter 13) and with new detection methods with fluorochromes (Chapters 14 and 15). Signi- cant progress has been achieved in protein extraction, which is particularly difficult with plant tissues containing phenols, proteases, and other secondary metabolites that interfere with proteins. Standard procedures have been op- mized (Chapters 1 and 2) for peculiar tissues (Chapters 3, 4, and 5) and cellular compartments (Chapters 6 to 10). These methods rely on improvements made in the solubilization of proteins from membranes (Chapters 11 and 12). Mass spectrometry was a revolution that permitted the high throughput identifi- tion of proteins separated by 2D gels (Chapters 19 and 20) but also from blue native 1D gels (Chapters 27 and 28) despite the fact that Edman sequencing can still be useful (Chapter 18). Associated with other techniques such as 2DLC or LC of intact proteins, mass spectrometry also permits the identification of polypeptides from complexes (Chapters 21 and 22).