Plant Bioinformatics: Methods and Protocols

بیوانفورماتیک یک زمینه تحقیقاتی جدید و به سرعت در حال تکامل است که با توسعه و کاربرد فناوری‌های مختلف omics هدایت می‌شود. Bioinformatics گیاهی بر روی بیوانفورماتیک کاربردی با کاربردهای خاص برای محصولات و گیاهان مدل تمرکز دارد. هدف فصل‌های این جلد جدید، محققینی است که پایگاه‌های اطلاعاتی و ابزارهای بیوانفورماتیک را توسعه می‌دهند، فرمت‌های پایگاه‌داده معمولی کاربردی و زبان‌های برنامه‌نویسی متمرکز بر زیست‌شناسی را شرح می‌دهند. اینها هم برای مبتدیان و هم محققین باتجربه بیوانفورماتیک مهارت های لازم را برای توسعه و به کارگیری ابزارهای بیوانفورماتیک برای حوزه تخصصی تحقیقات گیاهی خود فراهم می کند. هر فصل شامل مثال‌های عملی است و مشکلات رایجی که در تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک با آن مواجه می‌شوند را برجسته می‌کند. پروتکل های موجود در این جلد، توالی نوکلئوتیدی EMBL، پایگاه داده TAIR، VarvEST، MIPS، BGI-RIS V2، BarleyBase/PLEXdb، SAGE، KEGG و موارد دیگر را به تفصیل شرح می دهند. زیست شناسان گیاهی که علاقه یا نیاز به دسترسی و دستکاری حجم عظیمی از داده های تولید شده توسط فناوری های توان عملیاتی بالا دارند، این حجم جدید را به عنوان کمکی بی اندازه در تحقیقات خود خواهند یافت.

Bioinformatics is a new and rapidly evolving field of research that is being driven by the development and application of various ‘omics technologies. Plant Bioinformatics focuses on applied bioinformatics with specific applications to crops and model plants. Chapters in this new volume are aimed at researchers developing bioinformatics databases and tools, detailing commonly applied database formats and biology-focused scripting languages. These will provide both beginners and experienced bioinformatics researchers with the necessary skills to develop and apply bioinformatics tools for their specialist area of plant research. Each chapter includes practical examples and highlight common problems encountered in bioinformatics analysis. Protocols in this volume detail EMBL Nucleotide Sequence, TAIR database, VarvEST, MIPS, BGI-RIS V2, BarleyBase/PLEXdb, SAGE, KEGG, and more. Plant biologists who have an interest in or requirement for the accessing and manipulation of the huge amount of data being generated by high throughput technologies will find this new volume to be an immeasurable aid in their research.