Molecular Markers in Mycology: Diagnostics and Marker Developments

قارچ‌های پادشاهی دارای تنوع عظیمی از گونه‌ها با اکولوژی‌های گسترده، چرخه‌های زندگی، و مورفولوژی‌هایی هستند که از کیتریدهای آبزی تک سلولی گرفته تا قارچ‌های بزرگ را شامل می‌شود. قبل از اینکه روش‌های مولکولی به وجود بیایند، طبقه‌شناسان این پادشاهی را به دلیل سبک‌های زندگی خاصی مانند بی‌حرکتی و زیستگاه‌های رشد، عضوی از پادشاهی گیاهان می‌دانستند. نشانگرهای مولکولی (همچنین به عنوان نشانگرهای DNA شناخته می‌شوند)، روش جایگزین بهتری را نسبت به روش‌های مورفولوژیکی سنتی تسهیل می‌کنند که برای شناسایی، خصوصیات و درک تکامل قارچ‌ها استفاده می‌شود. روش‌های مورفولوژیکی مورد استفاده برای شناسایی عمدتاً به رنگ اسپور یا ویژگی‌های میکروسکوپی وابسته هستند در حالی که نشانگرهای مولکولی بر اساس پلی‌مورفیسم DNA در سازمان ژنومی هستند. مطالعات فیلوژنتیک گزارش شده در دهه گذشته، بر اساس نشانگرهای مولکولی، سیستم طبقه بندی قارچ های پادشاهی را تغییر شکل داده است که به یک زیرمجموعه، هفت فیلا و ده زیر شاخه تقسیم می شود. پیشرفت های اخیر در قارچ شناسی مولکولی راه را برای محققان برای شناسایی و شناسایی گونه های قارچی جدید از محیط های منحصر به فرد باز کرده است. قارچ شناسی به مطالعه سیستماتیک قارچ ها از جمله خواص ژنتیکی و بیوشیمیایی آنها، استفاده از آنها برای انسان به عنوان منبع دارو و غذا و همچنین خطرات آنها مانند مسمومیت و عفونت می پردازد. در قرن بیست و یکم با توسعه فناوری های توالی یابی DNA و آنالیز فیلوژنتیکی بر اساس نشانگرهای مولکولی، بینش جدیدی در مورد طبقه بندی قارچ ها ارائه شد. این کتاب شامل بحث کاملی در مورد خصوصیات مولکولی و تشخیص گروه‌های مختلف قارچ‌ها با استفاده از نشانگرهای مبتنی بر PCR است و دید جامعی از کاربردها و کاربردهای نشانگرهای مولکولی مختلف در قارچ‌شناسی مولکولی ارائه می‌کند. همچنین نشانگرهای مولکولی اخیر مورد استفاده برای حل مشکلات شناسایی را مورد توجه قرار می دهد و رویکردهای فعلی مورد استفاده در خصوصیات مولکولی و تشخیص قارچ ها را مورد بحث قرار می دهد.

The Kingdom fungi encompass a massive diversity of taxa with wide-ranging ecologies, life cycles, and morphologies ranging from unicellular aquatic chytrids to large mushrooms. Before molecular methods came in existence, taxonomists considered this Kingdom to be a member of the plant kingdom due to certain life styles like immobility and growth habitats. Molecular markers (also known as DNA markers), facilitated a better alternative method over traditional morphological methods, employed for the identification, characterization, and to understand the evolution of fungi. The morphological methods used for identification are mainly dependent on spore color or microscopic features whereas molecular markers are based on DNA polymorphism in the genomic organization. Phylogenetic studies reported in last decade, based on molecular markers, have reshaped the classification system of Kingdom fungi, which divided into one subkingdom, seven phyla, and ten subphyla. Recent advances in molecular mycology have opened the way for researchers to identify and characterize novel fungal species from unique environments. Mycology is concerned with the systematic study of fungi, including their genetic and biochemical properties, their use to humans as a source of medicine and food, as well as their dangers, such as poisoning and infections. In the 21st century with the development of DNA sequencing technologies and phylogenetic analysis based on molecular markers, new insights into fungal taxonomy were provided. This book contains a thorough discussion of molecular characterization and detection of different groups of fungi by using PCR-based markers and provides a comprehensive view of the applications and uses of different molecular markers in molecular mycology. It also addresses the recent molecular markers employed to solve the problems of identification and discusses current approaches used in molecular characterization and detection of fungi.