Modeling Biomolecular Networks in Cells: Structures and Dynamics

گرفتن ایده‌ها از طبیعت موضوع پیشرفت فن‌آوری بشر بوده است، اما این تنها تخصص جدید ما در دستکاری مولکولی و دینامیک غیرخطی پیچیده است که به ما امکان می‌دهد تا بلوک‌های ساختمانی زندگی را به عنوان ابزاری برای پیشبرد خود به خدمت بگیریم. توانایی‌ها در مدارها، سیستم‌ها و رایانه‌ها با کنترل شبکه‌های سلولی.

مدل‌سازی شبکه‌های بیومولکولی در سلول‌ها نشان می‌دهد که چگونه می‌توان تعامل بین اجزای مولکولی موجودات زنده پایه را به‌صورت ریاضی مدل‌سازی کرد و مدل هایی که برای ایجاد موجودات بیولوژیکی مصنوعی در سلول ها استفاده می شود. چنین مهندسی رو به جلو به دلیل ماهیت نامناسب مشکلات و به دلیل پیچیدگی اساسی تعاملات درون حتی ابتدایی ترین سلول بیولوژیکی، کار دشواری است. روش‌های دینامیکی غیرخطی مطرح شده در این کتاب، زیست‌شناسی را ساده می‌کند تا بتوان آن را با موفقیت درک کرد و سنتز نوسان‌گرهای بیولوژیکی ساده و مولدهای ریتم را امکان‌پذیر ساخت. سپس چنین واحدهای ساده اما از نقطه نظر مهندسی غیر متعارف را می توان با استفاده از بیومولکول های سیگنال بین سلولی هماهنگ کرد. شکل‌گیری چنین شبکه‌های چند سلولی ساخت بشر با هدف تولید حسگرهای زیستی، گیت‌های منطقی، اشکال جدید مدارهای مجتمع مبتنی بر «تراشه‌های ژنی» و حتی رایانه‌های بیولوژیکی گام مهمی در طراحی سریع‌تر و بیشتر است. \"الکترونیک\" انعطاف پذیر برای آینده. این کتاب همچنین چارچوب‌های نظری و ابزارهایی را برای تجزیه و تحلیل پدیده‌های دینامیکی غیرخطی، مانند رفتار جمعی، که از اتصال بلوک‌های سازنده در یک شبکه بیومولکولی ناشی می‌شود، ارائه می‌کند.

محققان و دانشجویان فارغ‌التحصیل از انواع مختلف رشته های مهندسی، ریاضیات کاربردی، علوم کامپیوتر و زیست شناسی کمی این کتاب را آموزنده و ارزشمند خواهد یافت. متن یک درک اساسی از معادلات دیفرانسیل را فرض می کند و زیست شناسی مولکولی لازم فصل به فصل به آن پرداخته شده است، بنابراین فقط زیست شناسی دبیرستان مورد نیاز است.

Taking ideas from nature has been a theme of humanity’s technological progress but it is only our newfound expertise in molecular manipulation and complex nonlinear dynamics that allows us the prospect of conscripting the building blocks of life as a means of furthering our abilities in circuits, systems and computers by the control of cellular networks.

Modeling Biomolecular Networks in Cells shows how the interaction between the molecular components of basic living organisms can be modelled mathematically and the models used to create artificial biological entities within cells. Such forward engineering is a difficult task because of the ill-posed nature of the problems and because of the fundamental complexity of the interactions within even the most primitive biological cell. The nonlinear dynamical methods espoused in this book simplify the biology so that it can be successfully understood and the synthesis of simple biological oscillators and rhythm-generators made feasible. Such simple but, from an engineering point of view, unconventional units can then be co-ordinated using intercellular signal biomolecules. The formation of such man-made multicellular networks with a view to the production of biosensors, logic gates, new forms of integrated circuitry based on "gene-chips" and even biological computers is an important step in the design of faster and more flexible "electronics" for the future. The book also provides theoretical frameworks and tools with which to analyze the nonlinear dynamical phenomena, such as collective behaviour, which arise from the connection of building blocks in a biomolecular network.

Researchers and graduate students from a variety of disciplines: engineering, applied mathematics, computer science and quantitative biology will find this book instructive and valuable. The text assumes a basic understanding of differential equations and the necessary molecular biology is dealt with chapter by chapter so only high-school biology is required.