Metagenomics for Microbiology

به طور خلاصه در مورد کاربرد تجزیه و تحلیل توان عملیاتی بالا برای پیشبرد درک ما از اصول میکروبی، متاژنومیکس برای میکروبیولوژی یک پایه محکم برای طراحی و تجزیه و تحلیل مطالعات omics برای توصیف کنسرسیوم های میکروبی فراهم می کند. مخاطبان مورد نظر شامل میکروبیولوژیست‌های بالینی و محیطی، زیست‌شناسان مولکولی، متخصصان بیماری‌های عفونی، آماردانان، آمارشناسان زیستی و دانشمندان بهداشت عمومی هستند. این کتاب بر پایه‌های تکنولوژیکی رویکردهای متاژنومیک و کاربردهای مفهومی و عملی آن‌ها تمرکز دارد.

با نسل بعدی انقلاب توالی‌یابی ژنومی که به طور فزاینده‌ای به محققان اجازه می‌دهد اطلاعات رمزگذاری میکروب‌هایی را که با ما زندگی می‌کنند رمزگشایی کنند، ما اکنون داریم یک ظرفیت منحصر به فرد برای مقایسه چندین سایت در درون افراد و با وضوح بالاتر و توان عملیاتی بیشتر از آنچه تاکنون ممکن بود. بیان اخیر این پارادایم به امکانات منحصربه‌فردی برای بررسی رابطه پویای ما با این جوامع سلولی و بررسی پتانسیل‌های درمانی آنها در پیشگیری از بیماری یا درمان آینده اشاره می‌کند.

• تخصصی کارشناسانه می‌دهد. آخرین روش‌ها و بهترین روش‌های متاژنومی، از جمع‌آوری نمونه گرفته تا تجزیه و تحلیل داده‌ها برای مطالعات طبقه‌بندی، متاژنومیک تفنگ ساچمه‌ای کامل، و مطالعات متاترانسکریپتومی
• شامل نشانگرهای واضح و شروع سریع برای هدایت تلاش‌های تحقیقاتی و افزایش اثربخشی مطالعه، اجتناب نثر سنگین
• موضوعات ارائه شده شامل جمع آوری و آماده سازی نمونه، تولید و کنترل کیفیت داده ها، توالی یابی نسل سوم، پیشرفت در تجزیه و تحلیل محاسباتی داده های توالی متاژنومی تفنگ ساچمه ای، پروفایل طبقه بندی داده های تفنگ ساچمه ای، آزمون فرضیه، و ریاضی و محاسباتی است. تجزیه و تحلیل داده های طولی و سری های زمانی. مثال‌ها و چشم‌اندازهای گذشته برای زمینه‌سازی برنامه‌ها ارائه شده است.

Concisely discussing the application of high throughput analysis to move forward our understanding of microbial principles, Metagenomics for Microbiology provides a solid base for the design and analysis of omics studies for the characterization of microbial consortia. The intended audience includes clinical and environmental microbiologists, molecular biologists, infectious disease experts, statisticians, biostatisticians, and public health scientists. This book focuses on the technological underpinnings of metagenomic approaches and their conceptual and practical applications.

With the next-generation genomic sequencing revolution increasingly permitting researchers to decipher the coding information of the microbes living with us, we now have a unique capacity to compare multiple sites within individuals and at higher resolution and greater throughput than hitherto possible. The recent articulation of this paradigm points to unique possibilities for investigation of our dynamic relationship with these cellular communities, and excitingly the probing of their therapeutic potential in disease prevention or treatment of the future.

• Expertly describes the latest metagenomic methodologies and best-practices, from sample collection to data analysis for taxonomic, whole shotgun metagenomic, and metatranscriptomic studies
• Includes clear-headed pointers and quick starts to direct research efforts and increase study efficacy, eschewing ponderous prose
• Presented topics include sample collection and preparation, data generation and quality control, third generation sequencing, advances in computational analyses of shotgun metagenomic sequence data, taxonomic profiling of shotgun data, hypothesis testing, and mathematical and computational analysis of longitudinal data and time series. Past-examples and prospects are provided to contextualize the applications.