Intelligent Strategies for Pathway Mining: Model and Pattern Identification

این کتاب در سیزده فصل سازماندهی شده است که شامل رویکردها و ابزارهای مربوطه در یکپارچه سازی داده ها، مدل سازی، تجزیه و تحلیل و کشف دانش برای مسیرهای سیگنالینگ است. با در نظر گرفتن این که کتاب برای دانش‌آموزان نیز مورد توجه قرار گرفته است، مشارکت‌کنندگان نتایج و تکنیک‌های اصلی را همراه با ارجاعات و نمونه‌های فراوان به روشی آسان و قابل درک ارائه می‌کنند. فصل 1 مقدمه ای بر مسیر سیگنالینگ، از جمله انگیزه ها، دانش پس زمینه و تکنیک های داده کاوی مربوطه برای تجزیه و تحلیل داده های مسیر ارائه می کند. فصل 2 انواع منابع داده و تجزیه و تحلیل داده ها را با توجه به مسیر سیگنالینگ، از جمله یکپارچه سازی داده ها و کاربردهای داده کاوی مرتبط ارائه می دهد. فصل 3 چارچوبی را برای اندازه گیری ناسازگاری بین پایگاه های داده بیولوژیکی ناهمگن ارائه می کند. یک استراتژی مبتنی بر GO (هستی شناسی ژنوم) برای مرتبط کردن منابع داده های مختلف پیشنهاد شده است. فصل 4 شناسایی تنظیم مثبت مسیرهای کیناز از نظر استخراج قانون انجمن را ارائه می دهد. نتایج به دست آمده از این پروژه می تواند هنگام پیش بینی روابط ضروری مورد استفاده قرار گیرد و درک جامعی از تعامل مسیر کیناز را امکان پذیر می کند. فصل 5 روش های مبتنی بر مدل گرافیکی را برای شناسایی شبکه تنظیمی پروتئین کینازها ارائه می کند. چارچوبی با استفاده از کاوی قوانین ارتباط منفی در فصل 6 برای کشف الگوهای تنظیم بازدارنده برجسته و روابط بین عوامل تنظیمی درگیر معرفی شده است. لازم است نه تنها اشیایی که نقش تنظیمی مثبتی را در مسیر کیناز از خود نشان می دهند، بلکه آن دسته از اجسامی که تنظیم را مهار می کنند نیز کشف شود. فصل 7 روش‌هایی را برای مدل‌سازی داده‌های ساختار ثانویه ncRNA بر حسب ساقه‌ها، حلقه‌ها و برچسب‌های علامت‌گذاری شده ارائه می‌کند و نحوه یافتن الگوهای ساختاری منطبق برای یک پرس‌وجو را نشان می‌دهد. فصل 8 یک متریک فاصله مبتنی بر فاصله را برای محاسبه فاصله بین ساختارهای ثانویه RNA حفظ شده نشان می دهد. فصل 9 چارچوبی را برای بررسی الگوهای ساختاری و عملکردی ساختار گره کاذب RNA با توجه به ماتریس احتمال ارائه می‌کند. فصل 10 روش‌هایی را برای مدل‌سازی داده‌های miRNA و شناسایی تعامل miRNA بین گونه‌ها و درون گونه‌ها ارائه می‌کند. فصل 11 رویکردی را برای اندازه‌گیری اهمیت سایت miRNA و پایگاه مجاور با استفاده از افزونگی اطلاعات ارائه می‌کند و معیار جدیدی را برای شناسایی مجموعه‌های موارد نادر با همبستگی قوی ایجاد می‌کند. قوانین ارتباطی کشف نه تنها ویژگی های ساختاری مهمی را در miRNA ها ارائه می دهد، بلکه درک جامعی از نقش های تنظیمی miRNA ها را نیز ارتقا می دهد. فصل 12 تکنیک های بیوانفورماتیک برای مدیریت و تجزیه و تحلیل داده های پروتئین کیناز، مسیرهای کیناز و اهداف دارویی را ارائه می دهد و کاربرد بالقوه آنها را در صنعت داروسازی توصیف می کند. فصل 13 خلاصه ای از فصول را ارائه می دهد و به بحث مختصری در مورد برخی از مسائل نوظهور می پردازد.

This book is organized into thirteen chapters that range over the relevant approaches and tools in data integration, modeling, analysis and knowledge discovery for signaling pathways. Having in mind that the book is also addressed for students, the contributors present the main results and techniques in an easily accessed and understood way together with many references and instances. Chapter 1 presents an introduction to signaling pathway, including motivations, background knowledge and relevant data mining techniques for pathway data analysis. Chapter 2 presents a variety of data sources and data analysis with respect to signaling pathway, including data integration and relevant data mining applications. Chapter 3 presents a framework to measure the inconsistency between heterogenous biological databases. A GO-based (genome ontology) strategy is proposed to associate different data sources. Chapter 4 presents identification of positive regulation of kinase pathways in terms of association rule mining. The results derived from this project could be used when predicting essential relationships and enable a comprehensive understanding of kinase pathway interaction. Chapter 5 presents graphical model-based methods to identify regulatory network of protein kinases. A framework using negative association rule mining is introduced in Chapter 6 to discover featured inhibitory regulation patterns and the relationships between involved regulation factors. It is necessary to not only detect the objects that exhibit a positive regulatory role in a kinase pathway but also to discover those objects that inhibit the regulation. Chapter 7 presents methods to model ncRNA secondary structure data in terms of stems, loops and marked labels, and illustrates how to find matched structure patterns for a given query. Chapter 8 shows an interval-based distance metric for computing the distance between conserved RNA secondary structures. Chapter 9 presents a framework to explore structural and functional patterns of RNA pseudoknot structure according to probability matrix. Chapter 10 presents methods to model miRNA data and identify miRNA interaction of cross-species and within-species. Chapter 11 presents an approach to measure the importance of miRNA site and the adjacent base by using information redundancy and develops a novel measure to identify strongly correlated infrequent itemsets. The discover association rules not only present important structural features in miRNAs, but also promote a comprehensive understanding of regulatory roles of miRNAs. Chapter 12 presents bioinformatics techniques for protein kinase data management and analysis, kinase pathways and drug targets, and describes their potential application in pharmaceutical industry. Chapter 13 presents a summary of the chapters and give a brief discussion to some emerging issues.