مشخصات کتاب

Innovations in Biomolecular Modeling and Simulations. Vol. 1

ویرایش:  
نویسندگان: Tamar Schlick,  Stephen Neidle,  Harold Abraham Scheraga,  A  D MacKerell Jr,  David A Case  
سری: RSC Biomolecular Sciences Ser 
ISBN (شابک) : 9781849734615, 1849734615 
ناشر: Royal Society of Chemistry 
سال نشر: 2012 
تعداد صفحات: 381 
زبان: English 
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 6 مگابایت 

در صورت ایرانی بودن نویسنده امکان دانلود وجود ندارد و مبلغ عودت داده خواهد شد

در صورت تبدیل فایل کتاب Innovations in Biomolecular Modeling and Simulations. Vol. 1 به فرمت های PDF، EPUB، AZW3، MOBI و یا DJVU می توانید به پشتیبان اطلاع دهید تا فایل مورد نظر را تبدیل نمایند.

توجه داشته باشید کتاب نوآوری در مدل سازی بیوشیمیایی و شبیه سازی. جلد 1 نسخه زبان اصلی می باشد و کتاب ترجمه شده به فارسی نمی باشد. وبسایت اینترنشنال لایبرری ارائه دهنده کتاب های زبان اصلی می باشد و هیچ گونه کتاب ترجمه شده یا نوشته شده به فارسی را ارائه نمی دهد.

توضیحاتی در مورد کتاب نوآوری در مدل سازی بیوشیمیایی و شبیه سازی. جلد 1

علوم شیمی و بیولوژیکی در قرن بیست و یکم با فرصت های بی سابقه ای روبرو هستند. مجموعه ای از عوامل از جهان های موازی - پیشرفت در تکنیک های تجربی در تعیین ساختار بیومولکولی، پیشرفت در مدل سازی نظری و شبیه سازی برای سیستم های بیولوژیکی بزرگ، و پیشرفت در فناوری کامپیوتر - راه های جدیدی از فرصت ها را باز کرده است. اکنون، داده‌های تجربی را می‌توان با مدل‌سازی تفسیر و تجزیه و تحلیل کرد، و پیش‌بینی‌ها از هر رویکردی را می‌توان از طریق روش‌شناسی و فناوری‌های همراه آزمایش و پیشرفته کرد. این مجموعه دو جلدی، نوآوری‌ها را در مدل‌سازی و شبیه‌سازی بیومولکولی، در هر دو جبهه الگوریتمی و کاربردی توصیف می‌کند. با مشارکت متخصصان در این زمینه، کتاب‌ها پیشرفت و نوآوری را در زمینه‌هایی از جمله: الگوریتم‌های شبیه‌سازی برای دینامیک و نمونه‌برداری پیکربندی پیشرفته، توسعه میدان نیرو، مدل‌های حل‌پذیری ضمنی، مدل‌های درشت دانه، شبیه‌سازی‌های مکانیکی کوانتومی، تاخوردگی پروتئین، DNA پلیمراز توصیف می‌کنند. مکانیسم‌ها، کمپلکس‌ها و شبیه‌سازی‌های اسید نوکلئیک، تحلیل و طراحی ساختار RNA و سایر موضوعات مهم در مدل‌سازی زیست‌شناسی ساختاری. هدف این کتاب ها دانشجویان تحصیلات تکمیلی و متخصصان زیست شناسی ساختاری و شیمی است و تاکید بر گزارش رویکردهای جدید نوآورانه به جای ارائه بررسی های جامع در مورد هر موضوع است. ادامه مطلب ... مطالب: جلد 1 آغازها; دیدگاه شخصی؛ مد کردن NAMD، تاریخچه ریسک و پاداش: کلاوس شولتن به یاد می آورد. به سوی شبیه‌سازی‌های بیومولکولی با گنجاندن صریح قطبش‌پذیری: توسعه میدان نیروی قطبی‌پذیر CHARMM بر اساس مدل نوسان‌ساز درود کلاسیک. نظریه معادلات انتگرال بیومولکول ها و الکترولیت ها. شبیه سازی مولکولی در علوم زیستی انرژی. نمونه گیری و نرخ ها؛ شبیه سازی دینامیک با قطعات مسیر. محاسبه نرخ‌های واکنش در سیستم‌های بیومولکولی با استفاده از ماکرواستات‌های گسسته. چالش ها در استفاده از نمونه برداری مونت کارلو در سیستم های بیومولکولی. مدل های درشت دانه و چند مقیاسی. مدل های پروتئین دانه درشت. شبیه سازی مولکولی درشت دانه چند سطحی تعمیم یافته و کاربرد آن در حرکت میوزین-V. مدل‌های مقیاس بالا به پایین و محاسبات انرژی آزاد برهمکنش‌های پروتئین-پروتئین و پروتئین-غشاء چند ظرفیتی در چسبندگی نانوحامل و قاچاق گیرنده. مطالعه پروتئین ها و پپتیدها در سطوح مواد. طراحی چند مقیاسی: از تئوری تا عمل. جلد 2 شبیه سازی اتمی اسیدهای نوکلئیک و مجتمع های اسید نوکلئیک. مدل سازی ساختار و انعطاف پذیری اسید نوکلئیک: از مقیاس اتمی تا مزوسکوپی. دینامیک مولکولی و روش های مبتنی بر میدان نیرو برای مطالعه اسیدهای نوکلئیک چهارگانه. موارد مخالف جذب می شوند: شکل و مکمل الکترواستاتیکی در مجتمع های پروتئین/DNA. حرکات ذاتی DNA پلیمرازها زمینه خاصیت و گزینش پذیری قابل توجه آنها را فراهم می کند و مکانیسم اتصال بستر هیبریدی را پیشنهاد می کند. پیش‌بینی ساختار دینامیک مولکولی یک مجتمع جدید پروتئین/DNA: دو پروتئین HU با یک اتصال چهار طرفه DNA. شبیه سازی دینامیک مولکولی مولکول های RNA; ساختار و تاخوردگی اتصالات حلزونی در RNA. تا کردن DNA، گره زدن، لغزش و پریدن. شبیه سازی گره های DNA و کاتنان ها. شبیه سازی مونت کارلو از زنجیره های نوکلئوزومی برای شناسایی عواملی که تراکم و دسترسی DNA را کنترل می کنند. دینامیک لغزشی در امتداد DNA: دیدگاه مولکولی. طراحی دارو؛ فناوری طراحی مبتنی بر ساختار: CONTOUR و کاربرد آن در کشف دارو. شبیه سازی مولکولی در طراحی دارو به کمک کامپیوتر: الگوریتم ها و کاربردها. کشف دارو به کمک رایانه: دو داروی ضد ویروسی برای HIV AIDS چکیده: این مجموعه دو جلدی نوآوری‌ها را در مدل‌سازی و شبیه‌سازی بیومولکولی، در هر دو جبهه الگوریتمی و کاربردی توصیف می‌کند. ادامه مطلب...

توضیحاتی درمورد کتاب به خارجی

The chemical and biological sciences face unprecedented opportunities in the 21st century. A confluence of factors from parallel universes - advances in experimental techniques in biomolecular structure determination, progress in theoretical modeling and simulation for large biological systems, and breakthroughs in computer technology - has opened new avenues of opportunity as never before. Now, experimental data can be interpreted and further analysed by modeling, and predictions from any approach can be tested and advanced through companion methodologies and technologies. This two volume set describes innovations in biomolecular modeling and simulation, in both the algorithmic and application fronts. With contributions from experts in the field, the books describe progress and innovation in areas including: simulation algorithms for dynamics and enhanced configurational sampling, force field development, implicit solvation models, coarse-grained models, quantum-mechanical simulations, protein folding, DNA polymerase mechanisms, nucleic acid complexes and simulations, RNA structure analysis and design and other important topics in structural biology modeling. The books are aimed at graduate students and experts in structural biology and chemistry and the emphasis is on reporting innovative new approaches rather than providing comprehensive reviews on each subject. Read more... Content: Volume 1 Beginnings; Personal Perspective; Fashioning NAMD, a History of Risk and Reward: Klaus Schulten Reminisces; Towards Biomolecular Simulations with Explicit Inclusion of Polarizability: Development of a CHARMM Polarizable Force Field based on the Classical Drude Oscillator Model; Integral Equation Theory of Biomolecules and Electrolytes; Molecular Simulation in the Energy Biosciences; Sampling and rates; Dynamics Simulations with Trajectory Fragments; Computing Reaction Rates in Biomolecular Systems using discrete macrostates; Challenges in applying Monte Carlo sampling to biomolecular systems; Coarse graining and multiscale models; Coarse Grained Protein Models; Generalized Multi-Level Coarse-Grained Molecular Simulation and Its Applucation to Myosin-V Movement; Top-down Mesoscale Models and Free Energy Calculations of Multivalent Protein-Protein and Protein-Membrane Interactions in Nanocarrier Adhesion and Receptor Trafficking; Studying Proteins and Peptides at Material Surfaces; Multiscale Design: From Theory to Practice. Volume 2 Atomistic simulations of nucleic acids and nucleic acid complexes; Modeling nucleic acid structure and flexibility: from atomic to mesoscopic scale; Molecular dynamics and force field based methods for studying quadruplex nucleic acids; Opposites attract: Shape and Electrostatic Complementarity in Protein/DNA Complexes; Intrinsic motions of DNA polymerases underlie their remarkable specificity and selectivity and suggest a hybrid substrate binding mechanism; Molecular Dynamics Structure Prediction of a Novel Protein/DNA Complex: Two HU Proteins with a DNA Four-way Junction; Molecular Dynamics Simulations of RNA Molecules; The Structure and Folding of Helical Junctions in RNA; DNA folding, knotting, sliding and hopping; Simulations of DNA Knots and Catenanes; Monte Carlo Simulations of Nucleosome Chains to Idenitfy Factors that control DNA Compaction and Access; Sliding Dynamics Along DNA: a Molecular Perspective; Drug design; Structure-based design technology: CONTOUR and its aplication to drug discovery; Molecular simulation in computer-aided drug design: algorithms and applications; Computer-aided drug discovery: two antiviral drugs for HIV AIDS Abstract: This two volume set describes innovations in biomolecular modeling and simulation, in both the algorithmic and application fronts. Read more...

فهرست مطالب

Cover......Page 1
Innovations in Biomolecular Modeling and SimulationsVolume 1......Page 2
Preface......Page 6
Contents......Page 12
Beginnings......Page 26
CHAPTER 1:Personal Perspective......Page 28
CHAPTER 2:Fashioning NAMD, a Historyof Risk and Reward: KlausSchulten Reminisces......Page 33
CHAPTER 3:Towards BiomolecularSimulations with ExplicitInclusion of Polarizability:Development of a CHARMMPolarizable Force Field basedon the Classical DrudeOscillator Model......Page 48
CHAPTER 4:Integral Equation Theory ofBiomolecules and Electrolytes......Page 76
CHAPTER 5:Molecular Simulation in theEnergy Biosciences......Page 112
CHAPTER 6:Enhancing the Capacity ofMolecular Dynamics Simulationswith Trajectory Fragments......Page 142
CHAPTER 7:Computing Reaction Rates inBio-molecular Systems UsingDiscrete Macro-states......Page 163
CHAPTER 8:Challenges in ApplyingMonte Carlo Sampling toBiomolecular Systems......Page 232
CHAPTER 9:Coarse-grain Protein Models......Page 244
CHAPTER 10:Generalised Multi-levelCoarse-grained MolecularSimulation and its Applicationto Myosin-V Movement......Page 274
CHAPTER 11:Top-down Mesoscale Modelsand Free Energy Calculations ofMultivalent Protein-Protein andProtein-Membrane Interactionsin Nanocarrier Adhesion andReceptor Trafficking......Page 297
CHAPTER 12:Studying Proteins and Peptidesat Material Surfaces......Page 318
CHAPTER 13:Multiscale Design: From Theoryto Practice......Page 346
Subject Index......Page 370

نظرات کاربران

کتاب های تصادفی

دانلود کتاب Екзоти Карпат

دانلود کتاب Fundamental Research in Electrical Engineering

دانلود کتاب Isaac Asimov's Robot City: Robots And Aliens Book 3: Intruder

دانلود کتاب Military Airframe Acquisition Costs: The Effects of Lean Manufacturing

دانلود کتاب The Devil's Horsemen: The Mongol Invasion of Europe