Image-J 1.44 - User Guide

Foreword......Page 2
Contents......Page 3
Release Notes For ImageJ 1.44......Page 8
Noteworthy......Page 9
Macro Listings......Page 10
Conventions Used in This Guide......Page 11
Installation......Page 12
Maintaining ImageJ......Page 13
Getting Help......Page 15
Shortcuts and Modifier Keys......Page 17
Finding Commands......Page 18
Image Types and Image Formats......Page 19
Stacks, Virtual Stacks and Hyperstacks......Page 22
Color Images......Page 24
Selections......Page 27
Settings and Preferences......Page 29
Macros......Page 31
Scripts......Page 32
Plugins......Page 33
Scripting in Other Languages......Page 34
Running ImageJ From the Command Line......Page 35
ImageJ Interoperability......Page 36
IV The ImageJ User Interface......Page 37
Oval Selection Tool......Page 39
Freehand Selection Tool......Page 40
Wand Tool......Page 41
Arrow Tool......Page 42
Point Tool......Page 43
Text Tool......Page 44
Color Picker......Page 45
Contextual Menu......Page 46
The Results Table......Page 48
The ImageJ Editor......Page 49
New......Page 52
Open Next [O]......Page 53
Open Recent......Page 54
Import......Page 55
Save As......Page 60
Revert [r]......Page 64
Quit......Page 65
Paste [v]......Page 66
Fill [f]......Page 67
Selection......Page 68
Options......Page 73
Type......Page 81
Adjust......Page 82
Properties… [P]......Page 90
Color......Page 91
Stacks......Page 93
Hyperstacks......Page 104
Crop [X]......Page 106
Scale… [E]......Page 107
Transform......Page 108
Zoom......Page 109
Overlay......Page 110
Lookup Tables......Page 113
Find Edges......Page 114
Find Maxima…......Page 115
Noise......Page 117
Binary......Page 119
Math......Page 125
FFT......Page 128
Filters......Page 132
Batch......Page 135
Image Calculator…......Page 137
Subtract Background…......Page 139
Repeat Command [R]......Page 140
Measure… [m]......Page 141
Analyze Particles…......Page 142
Summarize......Page 144
Distribution…......Page 145
Set Measurements…......Page 146
Calibrate…......Page 150
Histogram [h]......Page 152
Plot Profile [k]......Page 153
Surface Plot…......Page 154
Gels......Page 155
Tools......Page 157
Macros......Page 166
Shortcuts......Page 167
Utilities......Page 169
New......Page 170
Compile and Run…......Page 172
Tile......Page 173
Dev. Resources…......Page 174
About Plugins......Page 175
About ImageJ…......Page 176
VI Keyboard Shortcuts......Page 177
Alt Key Modifications......Page 179
Space Bar......Page 180
Keyboard Shortcuts for ImageJ Tools......Page 181
Credits......Page 183
ImageJ Related Publications......Page 185
List of Abbreviations and Acronyms......Page 193
Index......Page 194
About This Guide......Page 198