Identification of Ligand Binding Site and Protein-Protein Interaction Area

این جلد مروری بر آخرین تکنیک‌های عددی مورد استفاده برای شناسایی محل‌های اتصال لیگاند و کمپلکس شدن پروتئین ارائه می‌کند. لازم به ذکر است که بسیاری از مطالعات نظری دیگر به پیش‌بینی فعالیت پروتئین‌های خاص اختصاص داده شده است و داده‌های مفید پروتئین را می‌توان در پایگاه‌های اطلاعاتی متعددی یافت. هدف از تکنیک‌های محاسباتی پیشرفته شناسایی مکان‌های فعال در پروتئین‌های خاص و به‌علاوه پیشنهاد مکانیسم تعمیم‌یافته‌ای است که بوسیله آن می‌توان چنین برهمکنش‌های پروتئین- لیگاند (یا پروتئین-پروتئین) را تحت تأثیر قرار داد. توسعه چنین ابزارهایی کار آسانی نیست - به تخصص گسترده ای در زمینه زیست شناسی مولکولی و همچنین درک دقیق روش های مدل سازی عددی نیاز دارد. بنابراین، اغلب به عنوان یک کاندیدای اصلی برای تحقیقات بین رشته ای در نظر گرفته می شود.

This volume presents a review of the latest numerical techniques used to identify ligand binding and protein complexation sites. It should be noted that there are many other theoretical studies devoted to predicting the activity of specific proteins and that useful protein data can be found in numerous databases. The aim of advanced computational techniques is to identify the active sites in specific proteins and moreover to suggest a generalized mechanism by which such protein-ligand (or protein-protein) interactions can be effected. Developing such tools is not an easy task – it requires extensive expertise in the area of molecular biology as well as a firm grasp of numerical modeling methods. Thus, it is often viewed as a prime candidate for interdisciplinary research.