Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols: Genetic, Genomic and System Analyses of Pure Cultures

ویرایش: 1 
نویسندگان: Terry J. McGenity,  Kenneth N. Timmis,  Balbina Nogales (eds.)  
سری: Springer Protocols Handbooks 
ISBN (شابک) : 9783662504352, 9783662504338 
ناشر: Springer-Verlag Berlin Heidelberg 
سال نشر: 2017 
تعداد صفحات: 260 
زبان: English 
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 7 مگابایت 

قیمت کتاب (تومان) : 34,000



این جلد مجموعه ای جامع از پروتکل های عمومی را برای تجزیه و تحلیل ژنتیکی و ژنومی ایزوله های پروکاریوتی ارائه می دهد. روش‌های ژنتیکی برای آنالیزهای عملکردی از جدیدترین وکتورهای شبیه‌سازی، روش‌های همجوشی ژن و سیستم‌های جهش‌زایی ترانسپوزون، و همچنین سیستم‌هایی برای معرفی توالی‌های برش پروتئاز به سایت‌های مجاز در پروتئین‌های تحت بررسی استفاده می‌کنند. روش های ژنومی توصیف شده شامل پروتکل هایی برای ترانس کریپتومیکس، پروتئومیکس شاتگان، اینتراکتومیک، پروفایل متابولیک و لیپیدومیکس می باشد. ابزارهای بیوانفورماتیک برای حاشیه نویسی ژنوم، نمایش رونوشت و ادغام داده های رونویسی در بازسازی های متابولیکی در مقیاس ژنوم توضیح داده شده است. پروتکل هایی برای ¹³ تعیین شار متابولیک مبتنی بر C و تجزیه و تحلیل تنظیم سلسله مراتبی و متابولیکی شارها از طریق مسیرها گنجانده شده است. بنابراین، این حجم محققین را قادر می سازد تا به طور عملکردی یک ایزوله را در کل محدوده سلولی که شامل ژن، ژنوم، مجموعه رونوشت، پروتئوم، اینتراکتوم، شبکه متابولیک با گره های آن و سلسله مراتب تنظیمی آنها، و شارهای متابولیک و فیزیولوژیکی آنها است، تجزیه و تحلیل کنند. کنترل‌ها.

پروتکل‌های میکروبیولوژی هیدروکربن و لیپید

ده‌ها هزار هیدروکربن، مشتقات هیدروکربنی و لیپیدهای ساختاری مختلف و مجموعه وسیعی از این مولکول‌ها وجود دارد. برای عملکرد سلول ها مورد نیاز است. چرخه جهانی هیدروکربن، که عمدتا توسط میکروارگانیسم ها هدایت می شود، تأثیر زیادی بر محیط زیست و آب و هوای ما دارد. میکروب ها مسئول پاکسازی آلودگی های زیست محیطی ناشی از بهره برداری از مخازن هیدروکربنی هستند و همچنین در کاهش اتکای ما به سوخت های فسیلی با ارائه سوخت های زیستی، پلاستیک ها و مواد شیمیایی صنعتی نقش اساسی دارند. به دست آوردن درک درستی از عملکردهای مربوط به طیف وسیعی از میکروب ها که هیدروکربن ها و ترکیبات مرتبط را تولید، مصرف و اصلاح می کنند، کلید پاسخگویی به این چالش ها خواهد بود. این مجموعه جامع از پروتکل‌های فعلی و در حال ظهور، کسب این درک و بهره‌برداری از فعالیت‌های مفید این گونه میکروب‌ها را تسهیل می‌کند.

This Volume presents a comprehensive series of generic protocols for the genetic and genomic analysis of prokaryotic isolates. Genetic methods for functional analyses employ the latest cloning vectors, gene fusion methods and transposon mutagenesis systems, as well as systems for introducing protease-cleavage sequences into permissive sites in proteins under investigation. Genomic methods described include protocols for transcriptomics, shotgun proteomics, interactomics, metabolic profiling, and lipidomics. Bioinformatic tools for genome annotation, transcriptome display and the integration of transcriptomic data into genome-scale metabolic reconstructions are described. Protocols for ¹³C-based metabolic flux determinations and analysis of the hierarchical and metabolic regulation of fluxes through pathways are included. The Volume thus enables investigators to functionally analyse an isolate over the entire cellular range spanning the gene, the genome, the transcript repertoire, the proteome, the interactome, the metabolic network with its nodes and their regulatory hierarchies, and the metabolic fluxes and their physiological controls.

Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols

There are tens of thousands of structurally different hydrocarbons, hydrocarbon derivatives and lipids, and a wide array of these molecules are required for cells to function. The global hydrocarbon cycle, which is largely driven by microorganisms, has a major impact on our environment and climate. Microbes are responsible for cleaning up the environmental pollution caused by the exploitation of hydrocarbon reservoirs and will also be pivotal in reducing our reliance on fossil fuels by providing biofuels, plastics and industrial chemicals. Gaining an understanding of the relevant functions of the wide range of microbes that produce, consume and modify hydrocarbons and related compounds will be key to responding to these challenges. This comprehensive collection of current and emerging protocols will facilitate acquisition of this understanding and exploitation of useful activities of such microbes.

Front Matter....Pages i-x
....Pages 1-7