Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols: Field Studies

این جلد روش‌هایی را برای بررسی میکروب‌ها در محیط طبیعی آن‌ها و نحوه به‌دست‌آوردن نمونه‌های معرف و نگهداری آن‌ها برای تجزیه و تحلیل‌های بعدی توضیح می‌دهد. فصل‌ها بر اساس محیط‌های مورد بررسی مرتب شده‌اند که عبارتند از: مخازن نفت، سیالات فرکینگ، سفره‌های زیرزمینی، بسترهای زغال سنگ، ماسه‌های نفتی و حوضچه‌های باطله آنها، دریاچه‌ها، رودخانه‌ها، برگ‌ها، دریاهای قطبی و یخ، ریزلایه سطح دریا، تخت‌های گلی. ، میکروب ها و جانوران اعماق دریا. انواع روش‌های تحلیلی پایین‌دستی شرح داده شده‌اند، از جمله: استخراج و آماده‌سازی نوکلئیک اسید برای توالی‌یابی بالا، هیبریداسیون فلورسانس در محل، و کشت میکروب‌های تجزیه‌کننده هیدروکربن‌های هوازی و بی‌هوازی. اگرچه بیشتر فصل‌ها بر محیط‌های غنی از هیدروکربن تمرکز دارند، بسیاری از رویکردهای مورد استفاده عمومی هستند و به همین دلیل برای محققانی که مطالعات میکروب‌ها و فرآیندهای آن‌ها را در این زمینه آغاز می‌کنند، ارزشمند خواهد بود.

هیدروکربن. و پروتکل های میکروبیولوژی لیپیدی ده ها هزار هیدروکربن، مشتقات هیدروکربنی و لیپیدهای ساختاری مختلف وجود دارد و مجموعه وسیعی از این مولکول ها برای عملکرد سلول ها مورد نیاز است. چرخه جهانی هیدروکربن، که عمدتا توسط میکروارگانیسم ها هدایت می شود، تأثیر زیادی بر محیط زیست و آب و هوای ما دارد. میکروب ها مسئول پاکسازی آلودگی های زیست محیطی ناشی از بهره برداری از مخازن هیدروکربنی هستند و همچنین در کاهش اتکای ما به سوخت های فسیلی با ارائه سوخت های زیستی، پلاستیک ها و مواد شیمیایی صنعتی نقش اساسی دارند. به دست آوردن درک درستی از عملکردهای مربوط به طیف وسیعی از میکروب هایی که هیدروکربن ها و ترکیبات مرتبط را تولید، مصرف و اصلاح می کنند، کلید پاسخگویی به این چالش ها خواهد بود. این مجموعه جامع از پروتکل‌های کنونی و در حال ظهور، کسب این درک و بهره‌برداری از فعالیت‌های مفید این گونه میکروب‌ها را تسهیل می‌کند.

This Volume describes methods for investigating microbes in their natural environment and how to obtain representative samples and preserve them for subsequent analyses. Chapters are arranged according to the environments under investigation, which include: oil reservoirs, fracking fluids, aquifers, coal beds, oil sands and their tailing ponds, lakes, rivers, leaves, polar seas and ice, the sea-surface microlayer, mud flats, microbialites, and deep-sea fauna. A variety of downstream analytical procedures are described, including: nucleic-acid extraction and preparation for high-throughput sequencing, fluorescence in-situ hybridisation, and cultivation of aerobic and anaerobic hydrocarbon-degrading microbes. Though most chapters focus on hydrocarbon-rich environments, many of the approaches used are generic, and as such will be of value to researchers embarking on studies of microbes and their processes in the field.

Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols There are tens of thousands of structurally different hydrocarbons, hydrocarbon derivatives and lipids, and a wide array of these molecules are required for cells to function. The global hydrocarbon cycle, which is largely driven by microorganisms, has a major impact on our environment and climate. Microbes are responsible for cleaning up the environmental pollution caused by the exploitation of hydrocarbon reservoirs and will also be pivotal in reducing our reliance on fossil fuels by providing biofuels, plastics and industrial chemicals. Gaining an understanding of the relevant functions of the wide range of microbes that produce, consume and modify hydrocarbons and related compounds will be key to responding to these challenges. This comprehensive collection of current and emerging protocols will facilitate acquisition of this understanding and exploitation of useful activities of such microbes.