Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols : Biochemical Methods

این جلد پروتکل‌هایی را برای تجزیه و تحلیل بیوشیمیایی محصولات مرتبط با هیدروکربن و لیپید، اجزای سلولی و فعالیت‌های میکروب‌هایی که با ترکیبات آبگریز در تعامل هستند، ارائه می‌کند. آنها شامل روش‌هایی برای استخراج، خالص‌سازی و شناسایی بیومولسیفایرهای کاهش‌دهنده تنش سطحی و بیوسورفکتانت‌ها هستند که سطح سطح و در نتیجه فراهمی زیستی بسترهای آبگریز را افزایش می‌دهند. پروتکل هایی برای جداسازی و تجزیه و تحلیل بیوشیمیایی لیپیدها و پلی هیدروکسی آلکانوات ها، محصولات ذخیره سازی مواد غذایی ساخته شده در طول فراوانی مواد مغذی که محصولات مهم بیوتکنولوژیکی را نشان می دهند، ارائه شده است. استخراج قایق‌های لیپیدی غشایی، ارگانل‌های فرعی که نقش‌های عملکردی مهمی را برای غشای سلولی انجام می‌دهند، و جداسازی و خصوصیات بیومارکرهای فسفولیپید غشایی نیز شرح داده شده‌اند. خالص‌سازی و خصوصیات آنزیم‌های اکسیدکننده هیدروکربن غشایی یکپارچه مورد بررسی قرار می‌گیرد. در نهایت، دو روش عمومی برای تجزیه و تحلیل ژنتیکی مسیرهای کاتابولیک و تجزیه و تحلیل اتصال لیگاند ارائه شده است. هیدروکربن ها، مشتقات هیدروکربنی و لیپیدها و مجموعه وسیعی از این مولکول ها برای عملکرد سلول ها مورد نیاز هستند. چرخه جهانی هیدروکربن، که عمدتا توسط میکروارگانیسم ها هدایت می شود، تأثیر زیادی بر محیط زیست و آب و هوای ما دارد. میکروب ها مسئول پاکسازی آلودگی های زیست محیطی ناشی از بهره برداری از مخازن هیدروکربنی هستند و همچنین در کاهش اتکای ما به سوخت های فسیلی با ارائه سوخت های زیستی، پلاستیک ها و مواد شیمیایی صنعتی نقش اساسی دارند. به دست آوردن درک درستی از عملکردهای مربوط به طیف وسیعی از میکروب هایی که هیدروکربن ها و ترکیبات مرتبط را تولید، مصرف و اصلاح می کنند، کلید پاسخگویی به این چالش ها خواهد بود. این مجموعه جامع از پروتکل های فعلی و در حال ظهور، کسب این درک و بهره برداری از فعالیت های مفید این گونه میکروب ها را تسهیل می کند.

This Volume provides protocols for the biochemical analysis of hydrocarbon- and lipid-relevant products, cell components and activities of microbes that interact with hydrophobic compounds. They include methods for the extraction, purification and characterisation of surface tension-reducing bioemulsifiers and biosurfactants that increase the surface area and hence bioavailability of hydrophobic substrates. Protocols for the isolation and biochemical analysis of lipids and polyhydroxyalkanoates, food storage products made during nutrient abundance that represent important biotechnological products, are presented. The extraction of membrane lipid rafts, sub-organelles that fulfil important functional roles for the cell membrane, and the isolation and characterisation of membrane phospholipid biomarkers, are also described. The purification and characterisation of integral membrane hydrocarbon-oxidising enzymes are addressed. Lastly, two generic methods for the genetic analysis of catabolic pathways and analysis of ligand binding are presented.
Hydrocarbon and Lipid Microbiology ProtocolsThere are tens of thousands of structurally different hydrocarbons, hydrocarbon derivatives and lipids, and a wide array of these molecules are required for cells to function. The global hydrocarbon cycle, which is largely driven by microorganisms, has a major impact on our environment and climate. Microbes are responsible for cleaning up the environmental pollution caused by the exploitation of hydrocarbon reservoirs and will also be pivotal in reducing our reliance on fossil fuels by providing biofuels, plastics and industrial chemicals. Gaining an understanding of the relevant functions of the wide range of microbes that produce, consume and modify hydrocarbons and related compounds will be key to responding to these challenges. This comprehensive collection of current and emerging protocols will facilitate acquisition of this understanding and exploitation of useful activities of such microbes.