Functional and Phylogenetic Ecology in R

اکولوژی عملکردی و فیلوژنتیکی در R طراحی شده است تا به خوانندگان آموزش دهد تا از R برای تجزیه و تحلیل صفات فیلوژنتیکی و عملکردی استفاده کنند. در دهه گذشته، مجموعه ای گیج کننده از ابزارها و روش ها برای ترکیب اطلاعات فیلوژنتیکی و عملکردی در تجزیه و تحلیل های بوم شناختی سنتی تولید شد. این ابزارها به طور فزاینده ای در R پیاده سازی می شوند، بنابراین تأثیر آنها را به شدت گسترش می دهد. محققانی که در R شروع به کار می کنند می توانند از این جلد به عنوان ورودی گام به گام به تجزیه و تحلیل های فیلوژنتیک و عملکردی برای بوم شناسی در R استفاده کنند. کاربران پیشرفته تر می توانند از این جلد به عنوان یک مرجع سریع برای درک تحلیل های خاص استفاده کنند. این جلد با مقدمه‌ای بر محیط R و مدیریت داده‌های مربوطه در فصل‌های R آغاز می‌شود و سپس معیارهای فیلوژنتیکی و عملکردی تنوع زیستی را پوشش می‌دهد. مدل سازی صفر و تصادفی سازی برای تجزیه و تحلیل صفات فیلوژنتیک و عملکردی. ادغام اطلاعات صفات فیلوژنتیکی و عملکردی؛ و رابط محیط R با یک برنامه محبوب مبتنی بر C. این کتاب با تمرکز بر تحلیل‌های بوم‌شناختی و نه تحلیل‌های کلان تکاملی، رویکردی منحصربه‌فرد را ارائه می‌کند. نویسنده کد خود را ارائه می دهد، به طوری که خواننده از طریق مراحل محاسباتی برای محاسبه معیارهای مورد نظر هدایت می شود. این رویکرد هدایت‌شده کار تعیین بسته‌ای را که برای هر تحلیل مشخص استفاده شود، ساده می‌کند. مجموعه داده‌های نمونه برای کمک به تمرین خوانندگان به اشتراک گذاشته می‌شوند و خوانندگان می‌توانند به سرعت به مجموعه داده‌های خودشان روی آورند.

Functional and Phylogenetic Ecology in R is designed to teach readers to use R for phylogenetic and functional trait analyses. Over the past decade, a dizzying array of tools and methods were generated to incorporate phylogenetic and functional information into traditional ecological analyses. Increasingly these tools are implemented in R, thus greatly expanding their impact. Researchers getting started in R can use this volume as a step-by-step entryway into phylogenetic and functional analyses for ecology in R. More advanced users will be able to use this volume as a quick reference to understand particular analyses. The volume begins with an introduction to the R environment and handling relevant data in R. Chapters then cover phylogenetic and functional metrics of biodiversity; null modeling and randomizations for phylogenetic and functional trait analyses; integrating phylogenetic and functional trait information; and interfacing the R environment with a popular C-based program. This book presents a unique approach through its focus on ecological analyses and not macroevolutionary analyses. The author provides his own code, so that the reader is guided through the computational steps to calculate the desired metrics. This guided approach simplifies the work of determining which package to use for any given analysis. Example datasets are shared to help readers practice, and readers can then quickly turn to their own datasets.