Fototrampeo en R

Acerca de los autores
Prefacio
	Libros y manuales de foto-trampeo
	Objetivos del libro
	Estructura del libro
	Datos y códigos empleados en los ejemplos
	Paquetes R empleados en este libro
	Libro dinámico
	Agradecimientos
I Foto-trampeo y R
	Cámaras-trampas para monitorear la fauna
		Salvador Mandujano, Luz A. Pérez-Solano y Eva López-Tello
		Introducción
		¿Qué se quiere monitorear?
		Consideraciones para el uso de cámaras-trampa
			Adquisición
			Preparación del equipo
			Programación de las cámaras
			Colocación de cámaras
			Comprobación de funcionamiento
			Información colectada
			Tipo de datos
		Otras consideraciones
			Radio de acción de la cámaras
			Animales potencialmente detectables
			Número de cámaras versus estaciones
			Influencia de los movimientos y distancia entre cámaras
			Historias de detección
		Sumario
II Organización y gestión de fotos
	Etiquetado y organización de fotos: DigiKam
		Luz A. Pérez-Solano
		Introducción
		Instalación y configuración de digiKam
		Etiquetado de las imágenes
		Sumario
	Organización de fotos: camtrapR
		Eva López-Tello
		Introducción
		Instalación y datos iniciales
		Organización y manejo de las fotos
		Clasificación por especie
		Extracción de metadatos
		Exploración y visualización de datos
		Exportación de datos para análisis de ocupación
		Sumario
	Organización de fotos: Wild.ID
		Salvador Mandujano
		Introducción
		Instalación de Wild.ID
		Instrucciones generales
		Primer paso: crear un proyecto
		Segundo paso: capturar fotos y poner nombres científicos
		Tercer paso: crear informe en formatos Excel y/o .csv
		Sumario
III Análisis de riqueza, diversidad y abundancia relativa
	Estimación de riqueza y diversidad: vegan
		Luz A. Pérez-Solano
		Introducción
		Descripción del paquete
		Estimación de índices
			Riqueza específica (N0)
			Índice de Shannon-Wiener
			Equidad de Pielou
			Índice de Simpson
			Inverso de Simpson
			Serie de números de Hill
		Estadísticos simples
		Tabla final de resultados
		Sumario
	Inter/extrapolación de la diversidad: iNEXT
		Julio C. Hernández-Hernández
		Introducción
		Diversidad Hill
		Fuciones de iNEXT
		Formato de datos
		Ejemplos de rarefacción/extrapolación
			Datos de abundancia
			Interpretación de resultados
			Gráficos
			Datos de incidencia-frecuencia
		Sumario
	Curvas de acumulación: BiodiversityR
		Luz A. Pérez-Solano
		Introducción
		Descripción del paquete
		Proceso
		Gráfico final
		Interpretación de resultados
		Sumario
	Índice de abundancia relativa: RAI
		Salvador Mandujano
		Introducción
		Supuestos y limitantes del RAI
		Modelo RAI clásico o general
		Modelo RAI alternativo
		Descripción del paquete RAI
			Datos de campo
			Modelo general
			Ocupación naive y distribución de especies/cámara
			Modelo alternativo
			Comparación estadística entre especies
		Tabla general de resultados
		Importancia de la probabilidad de detección
		Sumario
IV Análisis de actividad y uso de recursos
	Análisis de actividad y traslape: overlap
		Eva López-Tello
		Introducción
		Descripción del paquete
		Pasos principales
		Gráficas de actividad
		Estimación de traslape
		Intervalos de confianza
		Sumario
	Análisis de la actividad: circular
		Mariano Avendaño
		Introducción
		Descripción del paquete
		Modificación de los registros y creación de objetos circulares
		Visualización de la actividad
		Estadística descriptiva
			Medidas de tendencia central
			Medidas de concentración y dispersión
			Otras medidas
		Estadística inferencial
			Uniformidad vs direccionalidad
			Comparando los periodos de actividad
		Intervalos y coeficiente de traslape
		Sumario
	Uso de bebederos: ggplot2, agricolae y effects
		Carlos Hernández-Gomez
		Introducción
		Cálculo de la tasa de visita
		Gráficos tasa visita por especie y año
		Análisis estadísticos
		Análisis por especie
		Análisis de variables relacionadas con la tasa de visita
		Efecto de las variables
		Sumario
	Interacciones fruto-mamífero: data.table, tidyverse, reshape2 y dplyr
		Angela A. Camargo-Sanabria y Carlos M. Delgado-Martínez
		Introducción
		Paquetes empleados
		ETAPA 1. Base de datos y tiempos de independencia
			Importación de datos
			Cálculo de independencia
		ETAPA 2. Generación de datos independientes
		ETAPA 3. Cálculo de la frecuencia de captura
			Duración promedio de la visita
			Cálculo de la moda
		ETAPA 4. Cálculo de índice de fuerza de la interacción
		Sumario
	Simulación de movimientos y efectos en la detección: sim_JK
		Salvador Mandujano
		Introducción
		Escenarios simulados
		Paquete sim_JW
		Datos
		Ejemplo 1
		Ejemplo 2
		Simulación general
		Gráfico final
		Sumario
Acerca de los autores
Prefacio
	Libros y manuales de foto-trampeo
	Objetivos del libro
	Estructura del libro
	Datos y códigos empleados en los ejemplos
	Paquetes R empleados en este libro
	Libro dinámico
	Agradecimientos
I Foto-trampeo y R
	Cámaras-trampas para monitorear la fauna
		Salvador Mandujano, Luz A. Pérez-Solano y Eva López-Tello
		Introducción
		¿Qué se quiere monitorear?
		Consideraciones para el uso de cámaras-trampa
			Adquisición
			Preparación del equipo
			Programación de las cámaras
			Colocación de cámaras
			Comprobación de funcionamiento
			Información colectada
			Tipo de datos
		Otras consideraciones
			Radio de acción de la cámaras
			Animales potencialmente detectables
			Número de cámaras versus estaciones
			Influencia de los movimientos y distancia entre cámaras
			Historias de detección
		Sumario
II Organización y gestión de fotos
	Etiquetado y organización de fotos: DigiKam
		Luz A. Pérez-Solano
		Introducción
		Instalación y configuración de digiKam
		Etiquetado de las imágenes
		Sumario
	Organización de fotos: camtrapR
		Eva López-Tello
		Introducción
		Instalación y datos iniciales
		Organización y manejo de las fotos
		Clasificación por especie
		Extracción de metadatos
		Exploración y visualización de datos
		Exportación de datos para análisis de ocupación
		Sumario
	Organización de fotos: Wild.ID
		Salvador Mandujano
		Introducción
		Instalación de Wild.ID
		Instrucciones generales
		Primer paso: crear un proyecto
		Segundo paso: capturar fotos y poner nombres científicos
		Tercer paso: crear informe en formatos Excel y/o .csv
		Sumario
III Análisis de riqueza, diversidad y abundancia relativa
	Estimación de riqueza y diversidad: vegan
		Luz A. Pérez-Solano
		Introducción
		Descripción del paquete
		Estimación de índices
			Riqueza específica (N0)
			Índice de Shannon-Wiener
			Equidad de Pielou
			Índice de Simpson
			Inverso de Simpson
			Serie de números de Hill
		Estadísticos simples
		Tabla final de resultados
		Sumario
	Inter/extrapolación de la diversidad: iNEXT
		Julio C. Hernández-Hernández
		Introducción
		Diversidad Hill
		Fuciones de iNEXT
		Formato de datos
		Ejemplos de rarefacción/extrapolación
			Datos de abundancia
			Interpretación de resultados
			Gráficos
			Datos de incidencia-frecuencia
		Sumario
	Curvas de acumulación: BiodiversityR
		Luz A. Pérez-Solano
		Introducción
		Descripción del paquete
		Proceso
		Gráfico final
		Interpretación de resultados
		Sumario
	Índice de abundancia relativa: RAI
		Salvador Mandujano
		Introducción
		Supuestos y limitantes del RAI
		Modelo RAI clásico o general
		Modelo RAI alternativo
		Descripción del paquete RAI
			Datos de campo
			Modelo general
			Ocupación naive y distribución de especies/cámara
			Modelo alternativo
			Comparación estadística entre especies
		Tabla general de resultados
		Importancia de la probabilidad de detección
		Sumario
IV Análisis de actividad y uso de recursos
	Análisis de actividad y traslape: overlap
		Eva López-Tello
		Introducción
		Descripción del paquete
		Pasos principales
		Gráficas de actividad
		Estimación de traslape
		Intervalos de confianza
		Sumario
	Análisis de la actividad: circular
		Mariano Avendaño
		Introducción
		Descripción del paquete
		Modificación de los registros y creación de objetos circulares
		Visualización de la actividad
		Estadística descriptiva
			Medidas de tendencia central
			Medidas de concentración y dispersión
			Otras medidas
		Estadística inferencial
			Uniformidad vs direccionalidad
			Comparando los periodos de actividad
		Intervalos y coeficiente de traslape
		Sumario
	Uso de bebederos: ggplot2, agricolae y effects
		Carlos Hernández-Gomez
		Introducción
		Cálculo de la tasa de visita
		Gráficos tasa visita por especie y año
		Análisis estadísticos
		Análisis por especie
		Análisis de variables relacionadas con la tasa de visita
		Efecto de las variables
		Sumario
	Interacciones fruto-mamífero: data.table, tidyverse, reshape2 y dplyr
		Angela A. Camargo-Sanabria y Carlos M. Delgado-Martínez
		Introducción
		Paquetes empleados
		ETAPA 1. Base de datos y tiempos de independencia
			Importación de datos
			Cálculo de independencia
		ETAPA 2. Generación de datos independientes
		ETAPA 3. Cálculo de la frecuencia de captura
			Duración promedio de la visita
			Cálculo de la moda
		ETAPA 4. Cálculo de índice de fuerza de la interacción
		Sumario
	Simulación de movimientos y efectos en la detección: sim_JK
		Salvador Mandujano
		Introducción
		Escenarios simulados
		Paquete sim_JW
		Datos
		Ejemplo 1
		Ejemplo 2
		Simulación general
		Gráfico final
		Sumario