Ecological Census Techniques: A Handbook

Cover......Page 1
Half-title......Page 3
Title......Page 5
Copyright......Page 6
Contents......Page 7
List of contributors......Page 14
Conservationevidence.com......Page 16
Introduction: reverse planning......Page 19
What results are necessary to answer the questions?......Page 20
What protocol is required to obtain these data?......Page 22
Using a calendar......Page 23
Calendars with divisions......Page 24
Modifying the planning in response to time available......Page 25
Creating data sheets......Page 26
Types of data sheet......Page 27
Acknowledgements......Page 28
2 Principles of sampling......Page 29
Censuses and samples......Page 31
Optimisation of design......Page 32
Sources of bias......Page 33
General......Page 34
Keep thinking......Page 35
The need for replication......Page 36
Random sampling......Page 37
Precision in locating samples......Page 38
Regular sampling......Page 39
Points on grids......Page 40
Shape......Page 41
Size: constant or variable?......Page 42
Means and confidence intervals......Page 43
How many units to sample......Page 45
Unequal sample units......Page 47
When distributions are not normal......Page 48
What is cluster sampling?......Page 51
Considerations of cost and precision......Page 52
What is multi-level sampling?......Page 56
Optimal distribution of sampling......Page 58
What is stratified sampling?......Page 61
How to stratify......Page 65
Post-stratification......Page 66
Why adaptive sampling is needed......Page 69
How to take an adaptive cluster sample......Page 70
Analysis......Page 72
Improving precision......Page 76
Mean or peak population......Page 78
Basics......Page 80
Matters of design......Page 82
Stratification as modelling......Page 83
Using covariates......Page 84
What is adaptive management?......Page 85
Surveillance and research......Page 86
From research to action......Page 88
Unplanned loss of sample sites......Page 89
Short-term variation and long-term trends......Page 90
Data from a single site......Page 91
Generalised linear models......Page 92
Generalised additive models......Page 94
Why alert systems are needed......Page 95
Built-in adjustments: filters......Page 96
Statistical significance......Page 97
Indicators......Page 98
Reviewing......Page 101
Maintaining consistency......Page 102
References......Page 103
3 General census methods......Page 105
Introduction......Page 107
Sampling the habitat......Page 108
Complete counts (2): plotless sampling......Page 109
Marking......Page 112
Marking and resighting......Page 113
Other assumptions......Page 116
The two-sample method......Page 118
Various models......Page 120
General goodness-of-fit tests for mark–recapture data......Page 121
The pseudo-removal method......Page 125
The Schnabel method......Page 130
The Burnham and Overton method......Page 132
Choosing among methods......Page 136
The general approach......Page 137
The Jolly–Seber method......Page 138
Assumptions and biases......Page 143
Using ancillary information......Page 145
What area does a trapping grid cover?......Page 146
The removal method......Page 147
The change-in-ratio method......Page 148
Continuous captures and recaptures: the Craig and du Feu method......Page 150
Individual recognition without capture......Page 154
The double-observer method......Page 155
Sample counts (4): N-mixture models......Page 158
Field methods and principles......Page 159
Analysis......Page 161
General......Page 163
Mobile animals, stationary observer......Page 164
Trapping webs......Page 166
Point quadrats......Page 170
Line intercepts (counts)......Page 171
Continuous migration......Page 172
The ideal index......Page 173
Counts of a part of the population......Page 174
Cue counting......Page 175
The value of multiple, randomised observations......Page 176
Allowing for variation......Page 177
When the index ratio varies with population density......Page 179
Calibration......Page 181
Extrapolation: be cautious!......Page 185
Theory......Page 186
Practice......Page 189
Calibration......Page 190
Standardisation......Page 192
Comparisons across habitats......Page 193
The size of samples......Page 194
Frequency in subsamples......Page 195
McKinnon lists......Page 196
Estimating the true frequency of occurrence......Page 198
Capture–recapture: closed populations......Page 199
Ring-recovery models......Page 200
References......Page 201
Introduction......Page 204
Method......Page 206
Quadrats......Page 207
Method......Page 208
Advantages and disadvantages......Page 210
Method......Page 212
Biases......Page 213
Method......Page 214
Mapping terrestrial vegetation......Page 215
Method......Page 216
Advantages and disadvantages......Page 217
Methods......Page 218
Method......Page 219
Biases......Page 221
Methods......Page 222
Advantages and disadvantages......Page 224
Method......Page 225
Methods......Page 227
Mapping......Page 228
Marking......Page 229
References......Page 230
Introduction......Page 232
Extraction from the substrate......Page 234
Storing, killing and preserving invertebrates......Page 237
Method......Page 238
Method......Page 240
Biases......Page 242
Advantages and disadvantages......Page 243
Method......Page 244
Biases......Page 245
Fogging......Page 246
Method......Page 247
Advantages and disadvantages......Page 248
Advantages and disadvantages......Page 249
Method......Page 250
Method......Page 252
Advantages and disadvantages......Page 254
Advantages and disadvantages......Page 255
Method......Page 256
Method......Page 257
Searching and direct observation (aquatic)......Page 258
Method......Page 259
Method......Page 260
Aquatic emergence traps......Page 261
Method......Page 262
Kick sampling......Page 263
Biases......Page 264
References......Page 265
Introduction......Page 268
Advantages and disadvantages......Page 269
Method......Page 271
Electric fishing......Page 272
Method......Page 273
Seine netting......Page 275
Method......Page 276
Trawling......Page 278
Method......Page 279
Methods......Page 281
Method......Page 283
Method......Page 284
Biases......Page 286
Method......Page 287
Method......Page 289
Biases......Page 290
Method......Page 291
Advantages and disadvantages......Page 292
References......Page 293
Introduction......Page 296
Recognising skin patterns......Page 298
Detection probability......Page 299
Method......Page 303
Scan searching......Page 304
Method......Page 305
Method......Page 306
Advantages and disadvantages......Page 307
Call surveys......Page 308
Using multiple methods......Page 309
References......Page 311
Method......Page 315
Biases......Page 318
Method......Page 319
Method......Page 320
Biases......Page 322
Advantages and disadvantages......Page 323
References......Page 324
Before you start counting......Page 326
Choice of census method......Page 327
Method......Page 329
Advantages and disadvantages......Page 330
Advantages and disadvantages......Page 331
Method......Page 332
Analysis of maps......Page 333
Biases......Page 336
Transects......Page 337
Method......Page 338
Line transects from the air......Page 340
Advantages and disadvantages of line transects......Page 341
Method......Page 342
Method......Page 344
Biases......Page 345
Method......Page 346
Method......Page 348
Method......Page 349
Burrows......Page 350
Colonies of ground-nesting species......Page 351
Tree colonies......Page 352
Method......Page 353
Advantages and disadvantages......Page 354
Diurnal migrants......Page 355
Biases......Page 356
Method......Page 357
Biases......Page 358
Method......Page 359
Vocal individuality......Page 360
Advantages and disadvantages......Page 361
References......Page 362
Method......Page 369
Biases......Page 370
Bat roosts and nurseries......Page 372
Method......Page 373
Method......Page 374
Advantages and disadvantages......Page 375
Biases......Page 376
Biases......Page 377
Trapping......Page 378
Method......Page 379
Biases......Page 380
Advantages and disadvantages......Page 381
Counting footprints and runways......Page 382
Method......Page 383
Advantages and disadvantages......Page 384
References......Page 385
How do I know which variables to measure?......Page 388
Wind and water flow......Page 389
Water flow......Page 390
Temperature......Page 392
Humidity......Page 393
Electronic determination......Page 394
Slope angles and height above shore......Page 395
Photon irradiance......Page 396
Photometers......Page 397
Water turbidity......Page 398
Conductivity......Page 399
Conductivity meters......Page 400
Safety......Page 401
Dissolved oxygen......Page 403
Winkler titration......Page 404
Nitrogenous compounds......Page 407
Ammonium ions......Page 409
Phosphorus compounds......Page 414
Soluble reactive phosphorus......Page 416
Soil profiles......Page 417
Sediment shear strength......Page 418
Particle-size measurements in aquatic sediments......Page 420
Soil moisture......Page 421
Soil organic content......Page 422
Oxygen in soils and sediments......Page 423
References......Page 424
12 The twenty commonest surveying sins......Page 426
Acknowledgements......Page 428
Index......Page 429