DNA Methylation Microarrays: Experimental Design and Statistical Analysis

پس از معرفی آمارهای اولیه، این کتاب فن‌آوری‌هایی را که داده‌ها را برای تجزیه و تحلیل تولید می‌کنند، توصیف می‌کند و نحوه پیش‌پردازش داده‌ها برای حذف مصنوعات سیستماتیک ناشی از عیوب اندازه‌گیری را توضیح می‌دهد. سپس متیلاسیون دیفرانسیل و آرایه های کاشی کاری ژنومی را بررسی می کند. با تمرکز بر تجزیه و تحلیل داده های اکتشافی، چندین فصل بعدی نشان می دهد که چگونه تحلیل های خوشه ای و شبکه می توانند عملکردها و نقش های عناصر DNA بدون حاشیه نویسی را با عناصر شناخته شده مرتبط کنند. این کتاب با بررسی نرم افزار منبع باز (R و Bioconductor)، پایگاه های داده عمومی و سایر منابع آنلاین موجود برای تحقیقات ریزآرایه به پایان می رسد.

این کتاب که فقط به دانش محدودی از آمار و برنامه‌نویسی نیاز دارد، به خوانندگان کمک می‌کند تا درک کاملی از مبانی روش‌شناختی تجزیه و تحلیل ریزآرایه DNA به دست آورند.

After introducing basic statistics, the book describes wet-bench technologies that produce the data for analysis and explains how to preprocess the data to remove systematic artifacts resulting from measurement imperfections. It then explores differential methylation and genomic tiling arrays. Focusing on exploratory data analysis, the next several chapters show how cluster and network analyses can link the functions and roles of unannotated DNA elements with known ones. The book concludes by surveying the open source software (R and Bioconductor), public databases, and other online resources available for microarray research.

Requiring only limited knowledge of statistics and programming, this book helps readers gain a solid understanding of the methodological foundations of DNA microarray analysis.