DNA Fingerprinting: An Introduction (Breakthroughs in Molecular Biology)

CONTENTS......Page 8
DEFINITION......Page 18
HISTORY......Page 19
APPLICATIONS......Page 20
REFERENCES......Page 22
2. GENETIC PRINCIPLES......Page 24
Nuclear DNA......Page 25
Organelle DNA......Page 27
DNA FUNCTION......Page 28
REPRODUCTION......Page 30
LINKAGE......Page 36
MUTATION......Page 37
RESTRICTION ENDONUCLEASES......Page 40
CONCEPT OF POLYMORPHISM......Page 41
RECOMBINANT DNA......Page 43
BASE SEQUENCE DETERMINATION......Page 46
OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS......Page 47
REPETITIVE SEQUENCE ORGANIZATION......Page 48
REFERENCES......Page 50
3. LABORATORY ORGANIZATION......Page 52
Specimen Processing......Page 53
Hybridization and Radioisotope Handling......Page 56
Wash-up Area......Page 62
EQUIPMENT SUMMARY......Page 63
Personnel......Page 64
Work Flow......Page 65
Safety......Page 66
REFERENCES......Page 67
4. SPECIMENS......Page 68
COLLECTION......Page 69
Principles......Page 72
Manual System Organic Solvent Extraction......Page 73
Manual System Nonorganic Solvent Extraction......Page 82
DIALYSIS......Page 83
QUANTITATION......Page 84
DNA CONCENTRATION......Page 85
EFFECTS OF ENVIRONMENTAL FACTORS INCLUDING CONTAMINATING DNA ON DNA PROFILES......Page 86
ANALYSIS REAGENTS......Page 87
REFERENCES......Page 90
5. DNA AMPLIFICATION......Page 92
POLYMERASE CHAIN REACTION......Page 93
Amplified Fragment Length Polymorphisms (AMP-FLPs)......Page 94
Pitfalls in PCR......Page 95
PROBE AMPLIFICATION......Page 96
TISSUE CULTURE......Page 99
REFERENCES......Page 106
6. ANALYSIS TECHNIQUES......Page 108
RESTRICTION ENZYME CLEAVAGE......Page 111
Parentage......Page 112
ELECTROPHORESIS......Page 113
Reagents......Page 114
Procedure......Page 115
DNA RECOVERY......Page 117
Southern Blots......Page 118
RADIOISOTOPE PROBE LABELING......Page 121
NONRADIOISOTOPE PROBE LABELING......Page 126
HYBRIDIZATION......Page 127
Principles......Page 128
Procedures......Page 129
PRINT DETECTION......Page 132
Allele Fragment Size Determination......Page 133
The FBI System......Page 135
Interpretation of Profile Matches......Page 136
PROFILE REPORT......Page 142
DNA PROFILE DATA BASES......Page 143
POTENTIAL PITFALLS......Page 144
ANALYSIS REAGENTS......Page 147
REFERENCES......Page 148
7. PROBES, ALLELE MUTATIONS, AND RESTRICTION ENZYMES......Page 152
Polymorphism......Page 153
Tandem Repeat Single-Locus vs. Multilocus Probes......Page 154
Amplification and Stability......Page 156
Probes Used in Forensic Analysis......Page 158
Genotype Analysis......Page 159
Sensitivity to Inhibitors and Stability......Page 160
REFERENCES......Page 162
8. PROBABILITY AND STATISTICAL ANALYSIS......Page 166
Summary Statistics......Page 167
Statistical Inference......Page 170
Hypothesis testing......Page 177
Probability of Combined Events: Addition and Multiplication Rules......Page 181
Bayes\' Theorem and Revision of Probabilities......Page 182
Random Variables and Distributions......Page 184
Genetic Applications of Probability......Page 185
REFERENCES......Page 193
9. QUALITY CONTROL......Page 196
DNA TEST SYSTEM STANDARDS......Page 197
DNA QUALITY......Page 198
ANALYSIS CONTROL......Page 199
SHEWHART SYSTEM......Page 202
REFERENCES......Page 204
THE IMPACT OF DNA TYPING......Page 206
The Frye Test......Page 209
Ascertaining General Acceptance......Page 212
Proper Application of the Technique......Page 213
The Relevancy Test of Admissibility......Page 214
Another Approach......Page 215
Legislated Admissibility of DNA Typing......Page 216
DNA Data Banking......Page 217
LEGAL FOUNDATION FOR GENERAL ADMISSIBILITY......Page 218
Obtaining Known and Unknown Biological Samples......Page 219
Chain of Custody......Page 220
Proper Laboratory Procedures......Page 221
Procedural Safeguards......Page 224
Ethical Concerns......Page 226
NOTES......Page 227
11. CASE APPLICATIONS......Page 234
FORENSIC......Page 235
Cases......Page 238
Cases......Page 243
Applications......Page 246
ANIMAL SCIENCES......Page 250
Cases......Page 252
The Smoking Gun......Page 260
FUTURE......Page 269
REFERENCES......Page 270
APPENDIX I: GUIDELINES FOR A QUALITY ASSURANCE PROGRAM FOR DNA RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM ANALYSIS......Page 278
APPENDIX II: THE COMBINED DNA INDEX SYSTEM (CODIS): A THEORETICAL MODEL......Page 296
APPENDIX III: SUPPLIERS OF DNA ANALYSIS EQUIPMENT, PRODUCTS, OR SERVICES......Page 336
A......Page 342
B......Page 343
C......Page 344
D......Page 345
E......Page 347
G......Page 348
H......Page 349
I......Page 350
M......Page 351
P......Page 353
R......Page 355
S......Page 357
U......Page 358
Z......Page 359
ABBREVIATIONS AND SYMBOLS......Page 362
B......Page 368
F......Page 369
I......Page 370
M......Page 371
Q......Page 372
T......Page 373
Z......Page 374
A......Page 376
D......Page 377
H......Page 378
N......Page 379
R......Page 380
S......Page 381
Z......Page 382